MmuINT0041417 @ mm9
Intron Retention
Gene
NA
Description
NA
Coordinates
chr6:121974966-121986112:+
Coord C1 exon
chr6:121974966-121975053
Coord A exon
chr6:121975054-121985994
Coord C2 exon
chr6:121985995-121986112
Length
10941 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGT
5' ss Score
10.47
3' ss Seq
GCTTTTATCTTACATATCAGCTA
3' ss Score
4.74
Exon sequences
Seq C1 exon
ATATACCTATGGGAAGCCTGTTCCAGGACAGGTGAAGATAAGTATCTGCCATGAGACTGAAGCTGGATGCAAAGAAGTCAATTCCAAG
Seq A exon
GTGAGTGAATCCATTCTAAGGCCTGTTTTAAATATCCAAGACTGTCTAACAGGAATGCAGACAGCAAAGAGAAGAGAACACACATACCCACACATTGAAAGAAGATGTTCTGGGACCTTGGGCTGTAGCCCAGGGATGGAACACTAGCCAGGCTTGTGTGCAAACCCCAGAAACACATCTAAGCCCCTCACTGACAAAAGAGATAATTCTGGGATCCACTACTATTAAAGGAATATTTCAACAACTTTACTTGGCCACCAAATTTATTTTGTGTATATATTCATTGTATGAAATAGTAGGTTTATGACATATCCATACAAGAGTGTCACCTATTCCAACCATATCTCCCTGTCCCATTGCCACCTCTGCTCTCTTGAAGGTCCTCACTCTTATGTGTCCTTCTCCTCTTCCTATGTAACCTCTACTACTTCCATGCCTTATAGATTATTCTTAGAAAGTATATTTCAGTTAGCACATATAAAATATAAGTAAGTGGTTCAAAACAATAGGCTTCTTTATGATAAATTAATACAAGTATATCATGTACTGGGTTACCTCCTCCTTCATTACCTTCCCCATTCTCTCCATCCTTCCTCCTGCCAGACCCTTCTTCTTCCCAAATCGAACAACTTCTGTTTTGTTGTGTTCTGGTTCTGTTTTGATTTACCTCCTATATCAGAAAACATGCATTGTTGTATATAAGAGTCTGGTATATTTTGTAAATGGTGATAATCTCTGCACCCATAACATTCTCTTATTTGGTTTTGATTATCAGTATATCAGTTCATGGACTCACTTGTCTGTGACACACATAAATGACAAGCCATGCATGGGAACAGGTTTTGTTCTGCTGCTATAGATTCATTTTGTAGATTCCTGATGTGATGCCCTGAGTCTGCTGGAAACCCAGATGAGCACAAGGATTTCAAAGTCTGCTACAATTTGCAATTCTTTCTTATTATTATTTTTATTAGAAATTCTTTTCATTTACATTTCAAATGCTATCCCCTTTACTAGTTTCCTCTCCAAAAGTCCCCTGTACACTCTCCCTGCCCTGCTTCCCAAACCACCCATTCTTGCCTCTTGGCCCTGGCATTCCCTTATAATGGGACATATAATCTTCCCAAGACCAAGGGCCTCTTCTCCTATTGATGGCTGACTAGGCCGTCCTCTGCTACATATGCAGGTAGAGATATGGACTCTGGGGTGTACTGGTTAGTTAGCTCCTATAGGGTTGCAGACCCCCTCAGCTCCTTGGGTACTTTCTGTAGCTCTTCCATTGGGATCCCTGTGTTCCATCCAATAGATGACTGTGAGCATCCACTTTTGTATTTTCCTGGCACTGGCATAGCCTCACAAGAGATAGCTATATCAGGGTCCTTTTACCAATATCTTGTTGCCATATGCAATAGTGTCTAGGTTTGGTGGTTGGTCATGGGATGAACCCATGGGTGGAGAAGTCTCTGGAAGGTCCTTCCTTCCATCTCAGCTCTGACCTTTGTCTGTGTAACTCCTTCCATAGGTATTTTTTTCCCATTCTAAGAAGGAACGCAGTAACCACGCTTTGGTCTTCCTTCTTCTTGAGATTCAAGTGTTCTGCAAATTGTATCCTGAGTATTCTAAGTTTCTGGGCTAATATCCAGTGAGTGCATAACATGTGTGTTCTTTTGTGATTGGGTTATATCACTCAGGATGATATCCTCCAGATCCATCCATTAGCCTAAGAATTCCATTAATTCATTGTATTTAAGGACTGAGTAATACTTCATTGTATAAATGTACCATATTTTCTGTATCCATCTGGGTTCTTTAAAGTTTCTGCCTATTATAAATAAGGTTGCTATGACCATAGTGGAGCATGTGTCCTTATTACAAGTTGGAACATCTTCTGGGTATATGCCCAGGAGAGGTATTGCTGGATCTTCCAGTAGTACTATGTCCAGTTTTCAGAAAAACCACGAAACTGATTTCCAGAGTGGTTGTACCAGCTTGCAAACCCACCAGCAATGGAGGAGTGTTCCTCTTTCTCCACATCCTCATCAGCATCTGCAGTCACCTGAATATTTTATTTTAGCCATTCTGACTGGTGCGAGGTGAAATCTCAGGTTGTTTTGATTTGCATTTCCCTGATGATAAAGAATGTTGAACATTTTTTCAGGTGATTCTCAGCCCTTCGATATTCCTCAGTTGAGAAATCTTTGTTTAGTTCTGTACCCCATTTTAAAAGGGTTATTTGATTTTCTGGGGTCCATCTTCTTGTGTTCTTTGTATATATTTGATATTAGTCCACTATCAGATTTAGGATTGGTAAAGATCTTTTCCCAATCTGTTGGTGGCCTTTTTGTCTTATTGACAATGTCCTTTGCCTTACAGAAGCTATGCCATTCTTGATATTACAGCACAAGCAATTGGTGTTCTGTTCAGAAAATTTTCCCCCATACCCATATCTTCCTGGATCCCCCCCCCCCTTTCTTCTTTACAAGTTTCAGTGTCTCTGGTTTTATTTGGAGTTCCATGATCCACTTAGACTTGAGCTTTGTACACGGAGATAAGAATGGATCAATTCTGAGTCTTCCACACGATAACTTACTGTTGAGCCAGCACCAGTTGTTGAAAATGCTGTCTTTTTTCCACTCGATGGTTTTAGCTCCTTTGTCAAAGATCAAGTGACCATAGATGTGTGTGTTCATTTCTGGGTCTTCAATTCTATTCCATTGATCTACCTGTCTGTCCCTGTACCAGTACCATGCAGTCTTTATCACAACTGCTCTGTAGCACAGCTTGAGGTCAGGGATGGCAATTCTCCAAGAGTTCTTTTATTGTTGACAATGGTTTTTGCTATCCAAGGTTTTATATTATTTAAGATGAATTTGCAAATTGCCCATTGTAACTCAGTGAATAATTTAGTTGGAAATTTGATGGGGATTTGCATTGAATCTGTAGATTGCTTTCGGTAAAATAGCCATTAATCAAGTTATTAATTATATTAATCCTGCCAATCCATGAGCATGGGAGATCTTTCCATCTTTTGAGATCTTCCATTTCTTTCTTCATAGACTTGATGTTCTTATCATACAGATCTTTCACTTCCTTAGTTAGAGTCACACCAAGGTATGTTATAGTATTTGTGAATATTATGAAGGGTGTTGTTTCGCTAATTTGTTTCTCAGCGTGTTTATCCTTTGTTTAGAGAAAGGTCACTCATTTGTTTGAGTTAATTTTATATCCAGCTACTACACTGGAGCTGTTTATCAAGTTTAGGCATTCTCTGGTGAAATTTTTAGGGTCACTTATATATACTATCATATCATCTGCAAAAAGTGATATTTTGACTTCTTCCTTTCCAATTTGTGTCCACTTGATCTCCTTTTGTTGTCTAATTGCTCTGGCTAGGACTTCAAGTACTATATTGAACAGGTAGGGAGAAAGTGGGCAGCCTTGTCTAGTCCCTGATTTTGGTGGGTTTGCTTCTAGTTTCCCTTGATTTAGTTTGATGTTGGCTAGTGGTTTCTTTTATATTGCTTTTATTATGTTTAGGTATGGGCCTTGAATTCCTGATCTTTTCAAGACTTTTGTCATGAATGAGTGTTGGATTTTTTTCAAATGCTTTCTCAGCATCTAATGAGATGATCATGTGGTTTTGTCTTTGAGTTTGTTCATATAGTGGATTACATTGATGGTTTTCCATAGATTAAACCATCCCTGCATCCCTGAAATGTAGCGTACTTGATCATGATGGATGATCATTTTGATGTGCTCTTGGACACGATTTGCAAGACTTTTATTAAGTATTTTTGAGTAGATATTCATAAGGGAAATTCGTCTGGAGTTCTCTTCCTTAGTTGAGTCTTTGTGTGGTTTAAGCATCAGAGTAATTGTGGTTACATAGATTGAACTGGGTAGAATACCTTCTGTTTCTATTTTGTGGAATAGTTTGAGGACAATTGGAATTAGGTCTTCTTTGAAGGTCTGATAGAACTCTGCAATTAACCCATCTGGTCCTGGGCTTTTTTTTTAGTTGGGAGACTATTAATGACTGCTTCTATTTCTTTAGGGGATATGGGACTGTTTAAATCATTAATATGATCCTAAGTTAACGTTGGTACCTGGTATCTGTCTAGAAAAATTGTCCAATTCATAAATGTTTTCCAGTTTTGTTGGCCATAGGCTTTTTTAGTAGGATCTAATGATGTTTTGAATTTCCTCAGGTTCTGTTTTTATGTCTCCCTTTTCATTTCTGATTTTGTTAATTAGGATACTGTCCCTGTCTGTGCCCTCTAGTTAGTCTGGCTAAAGGTTTATCTATATTGTTGATTTTCTTAAAGAACCAGGTCCTGATTTTCTTGATTCTTTGTATAGTTCTTTATGTTTCTACTTGGTTGATTTCAGCCCTGAGTTTGATTATTTCCTGCCATCTACTTCTCTTAGGTGAATTTGCTTCTTTTCGTTCTAGAGCTTTTAGGTGTGCTATCAAGCTGCTAGTGTATGCTCTCTCTAGTTTCTTTTTGGTAGCACTCAGAGCTAGGAGTTTTCTTTCTAAGACTGCTTTAATTGTGTCCCATAAGTTTAGGTACGTGGCTTCATTTTCATGAAACTCTAAACACTCTTTATTTCTTCCTTAACCAAGTTAGCATTGAGTAGAGTGTTGTTCAGCTTCCATGTGAATATTGGCATTCTGTTATTTATGTTGTTATTGAAGATCAGCCTTAGTCCACGGTGATCTAATAGGATGCATGGGATAATTTCAATATTTTTGTATCTGTTGAGTCCTGTTTTTTAACCAATTATATGGTCTATTTTGGAAGAGGTATCATGAGGTGCCGAGAAACAGCCATATCCTTTTGTATTAAGATAAAACTTTCTGTAGATATCTGTTAAATCCATTTGGTTCATAACTTCTGTTAGTTTCCATATGTCTCTGTTTAGTTTCTATTTCCATGATCTATCCATTGATGAGAATGTGGTGTTAAAGTCTCCCAATATTATTGTGTGAGGTGCAA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Seq C2 exon
CTAGACAACAATGGCTGCAGTACACAAGAAGTGAACATCACTGAGCTCCAATCAAAGAAAAGGAATTATGAGGTTCAGCTTTTCCATGTGAATGCAACTGTTACAGAAGAAGGGACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
-Cpamd8:NM_008646:8
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
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F:
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R:
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INCLUSION PATTERN[edit]
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