MmuINT0042961 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000022311 | Csmd3
Description
CUB and Sushi multiple domains 3 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2386403]
Coordinates
chr15:47467870-47475873:-
Coord C1 exon
chr15:47475688-47475873
Coord A exon
chr15:47468044-47475687
Coord C2 exon
chr15:47467870-47468043
Length
7644 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TCAGTAAGT
5' ss Score
9.14
3' ss Seq
TCAAAATTTATGTATTGTAGTGA
3' ss Score
4.59
Exon sequences
Seq C1 exon
TGGTGAACTGTTCTGATCCTGGAATTCCAGCCAATTCCAAAAGAGAAAGCAAAATAGAACATGGAAATTTTACCTATGGCACTGTGGTATTCTATGACTGCAACCCAGGCTATTTTTTATTTGGCTCTTCAGTTTTGATATGTCAGCCAAATGGACAATGGGACAAACCTTTACCAGAATGTATCA
Seq A exon
GTAAGTAGATAATATGAATTGTTCCTACAAAAATATGTCATGGAAACAACATTCATGTTTATTGCCATATCTCAAACTATACACAGGAAGAAATTACCTTGACTTAATTGATCAGTTTCAAGATCACATATTCACATATTTCATTAATTCATTGACTTAATTGTTTTTCAGTAATATCACTTTACTTTTTAAAATGTAAACATTCTTCTATTATAGCTATAATACTATGGCTATTCCTAGAGATGATGGAAAGGACATCTACTTCTCCCAGATAAAGAATCCACAAATCATGGCAAGAACCCATGGGGTTATGTACAAGAAGTTGAATGAAAGGTTAAAGCAAGAATGACTAATAGACAGGTGGTTCACTCTAAGTCCACCATGCGTGTCAGTTCAAGAAAGCTAAAAACCCAGAGTGTACTGCACAACTTACTTAAGCTTAGACAATTATAGGCTGTCACTTTTAGGCAGCTTAGATGGTAGGAACCTCTTATAGTTCTCTGCATCTTTCAGTTGCTTGGCTGATGTGAACCTCTTTATCTCTTTGACAGTGTCTCTTGGCAGTCTTTAACTGCTCCTATTTACTCGGGAAGAGGGAGGTGTATAGAATCTGGTCATTTTCAGTTTTTGATTCCTCAGCAAAAGGAACTTCCATGATAAATAAAATGTGACTCAATAAGTTTCACTCCAAGATGCAGGTTTTAATTTAACACAAGAAATACTAATATGCCATAATATCATTCTTTGGCTATGGATGAAGGCAGCAGATAATGAGACACAAGTACAACAGTAATTTTTTAAACAATATTATTGTTTTAGAGACAAAAATATTTATATTTTGTATCAACTTTAAACTATTGTTTGATATACCTTATTGTTGATGTGAGCAACTATTGTTTCTTCAGATTATGTGATTTAAAGAGCTCCATTTCTTTTTTTTAAATGTTACATTTTTTCTTTTTTCAATTTATTTGTTTGTTTATTGTAAACTCTATATTTTATAACCCCCAACCCCTGTCCACTCTCCTACTGCTCCACATCCCATATTTCCTCCCCACTCCTCTGTCTCCACGGGGATGTCCCTACCCCCAACACCACCTGATCTCTAAATTCCCTGGGGCCTCCAGTCTTTTGCGCATAAGGTGCATCTCTACTGTCTGTGTGTTGGTGGCCTAATATCAGCTGTTGTATGCTGCCTGTTTTGTGGTTCAGGGTTTCAGAGATCTCAGGGGTACAGATTAACTGTGACTGCTGATCCACCTATAGCGTCTCCTCCTCAGCTTCTTTCAATCTTTCCCTAATTCAACAACAGGGGTCAGCTGCTTCTGTCCTTTGATTGGGTGCAGGTATCTGCATCTGACTCTCAGCTGCTCTCAGGTCCCTTCATTCCTCCACACTTGTGATTGCTTTCATCTCTCTTCCAGTGGGACTGAGGCATCCTCACTTGGGCCCTTCAGCTTGTTGAACTTTTGGAGTTGTGTGGACTGTATCTTGGGTATTCTGTACATTTTTTTCTGGCTAATGTCCACTTATTAGTGAGTAGATATCATGCATGTCCTGTTCAGTCTGAGTTACCTCACCCAGGATGATATTTTCTAGTTCTATCCATTCGCCTGCAAAACTCAGGGTGTGCTCATTCTCAAAAGCTGAGTAGTATTCCATTGTGTAAACAAACCACATTTTTGTATTCATTCTTCTGTCATATGTATCTAGGTTGTTTCCAGCTTCTGGCTATCACAAATAAGGCTGCTATGAACATAGTGCAACACGTGCCCATTTGGCATGGTGGGGAATCTTTTGGGTATATTCCCAAAAGTGGTATTGCTGGGTATTCAGGTAGATCTATTTCCAATTATTTGAGGAACCTCCAGATTGATTTCCAGAATGGTTGTGCCAGTTTGCAATCACACCAAAAATGGAGGAGTGTTCCTATTTTACCACATCCTCTCTAACATGTGTTGTTACCTGAAGTTTTGATCTTAGCCATTCTGATTGATCTAAGGTAGAATCTTAGGGTCATTCTGATTCTCAGCTATTTGAGATTCCACAGTTGTGAAATCTCGGTTTAATTCTATACTTCATTTTTTGATTGCATTGTTTGGGGTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTGGTTTTTTTGTTGTTGTTGTTGGTTTTTTTTTTGTTTTTTTGTTTTTTGTTTTTTGGTGACTAACTTCTTGAGTTCTTTCTATATTTTGGATATTAGCCCTCTATCACATGTGGGTTTAGTGAAGGTTTGTTCCCCAATCTGTAGGTTGTTGATTTGTCTCATTGACTATGTTCTTTGCCTTACAGAAGCTTTCCAGTTTCATGATTTATCACTTTTCCTATTTATCACTTCTTGATCTTAGAGCATGAGCAATTGGAGTTTTGTTTAGAAAATTTCTCCCAGTGCCAATGAGTTCAAGGCTCTTTCCTACTTTCTCTACTATTAGATTCAATGTATGTGCTTTTATGTTGATGTATCTGCTTTTATGTTGAGGTCTTTGATCCACTTGGACTTGAGCTTTGTGCAAGGTGACAAATATGGGTCTATTTTCATTCTTCTGCATACGACAGCACCATTTATTGAAGATGCTTTCTTTTATCCATTGTATATTTTTGGCGTCTTTGTCAAAGATCAAGAGATGGTAAGTGTGTGATTTTATTTCTGGGTCTTCAGTTCTATTCTATTGGTCAACTTGTCTGTCTCTGTACCAATGCAAAAATCACTATTGCCAGGTAGTAAAGCTTGAGGTCAGGGACCATGATTCCCCCAGCTGTTCTTGGATTTTTAAGAATTGTTTTCAGTATTCTGTTTTTGGTTTTTGGTTTTGGTTTTGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCCTTTCCAGATGAATTTGAGAATTGCTCTTTCAATGTCTTTGAACAATTGTGTTGGGATTTTGATGGGGATCGAATTGAATCTGTAGATTGCCTTTGGTAGGATGGTCACTTTTACTATGTTAATTCTACTAATACATGAGCATGGTCGATCTCTCCATTTTCGAGATCTTCTTCAATTTCTTTCTTGAGAGACTTGAAGTTATTGTCATACATATCTTTCACTTGTTTGATTAGAGTTACCACAAGATATTTTATATTATTTGTGGCTATTGTGAAAGAAGTTGTTTATCTAATTTCTTTCTCAGCCTGTTTATCATTTGTGTAAAAAAGGCTATATTTTTATTTGAGTTAATTTTATATCTGGCAACTTTGCTGAATTTATTTATCAGCTGGAGAAGTTCTCTGGTAGAATTTTTGGGGTTGCTTACGTTTACTATCATATCATCTCCAAATAGTGATACCTTTTTTTATTCTTTGCCAATTTATATTTCCTTGATATATTTTTATTGTCTTATTGTTTTCATGAACACTTTGAGTACTATATTGAATAGATATGTGGAGAGTGGGCTTCCTTGTCCATGATTTCAATGGGATTGCTTCAAATATGTCTCCATTTAATTTGATATTGGCTGTTGGTTTGCAGTAAATTGCTTTTATTATGTTTAGGTATGGGCCTTGAATTCCTGATCTCTCCAATACTTTTAACATGAAGGGGTGTTGGTTTTTGTCAAATGCTTTTTCATCATCTAAGGAGATGATCAAGTAAGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTCTATAGTGGATTAAGTTAATGGATTTCCATATATTAAAACAACTTTGCATCCCTGGGATGAAGCCTAATTGATTGGAATTAATGATGGTTTTGATGTGTTCTTGGATTTGGTTTGCAAGAGTTTTATTGAGTTTTTTTGCATCAATGTTTATAAGCGAGACTATTTTAGGTTGGGTCCTTATGTGGTTTAGTTATCAAGTAATTGTGGATTCATACAACAGGTTAGGTAGTGTTTCTTCTCTTTGTATTTTATGGAATAGTTTGAGGAAAATTGGCATCAAGTCTTCTTTGAAGGTCTGGAAGAATTCTGCCCTAAATCCATCTGGCCCTGGGCTTTTTTTGGTTGGGAGGTTTATAATGACTTCTATTTCCTTGTGAGATATCAGCCTCTTTAGGTAGTTTACCTGCTCTTGATTTAACTTTAGTATGTGGCATCTGTCTAGAAAACCATCCATTTCATCTAGATTTTCCACTTTTGTTGAGTATAGGCTTTTATAGTAGGATATGGTGATTTTTTTTTTTTTATTTCCTTGCTTTCTGTTGTCTCCCTTTTCATTTCTGATGTTCTTAATTTGGATACTGCCTCTCGGCACTTTAGTTAGGTTGGCTAGGGGTTTATCTATCTTGTTTTCAAAGAACCAGCTTCTGATTTTGTTGATTCTTTATATTGTTTTCTTTGTTTCTATTTGGTTGATTTTGGCCCTGAGCTTGACTATTTCTCCCTTCTAATCCTCTTTGGTGAGTTTGCTTCCTTTTGTTCTAGAGCTCTCAGGTGTGCTGTTAAGTTGTTAGTGTAAGATCTCTTCAGTTTCTTTACCAGGGCATTTAGTCCTATGAAATTTTCTCTTAGCACTGCTTTCATTGTGTCCCATAATTTTGGGTATGATGTGTCAAATTTGTCATTAAATTCCAGGAAGTCTTCAATTTTTTTCTATATTTCTTCTCTGACCAAGTTATCATTGAGTAAAGATTTGTATAGTTTTCATCTGTATTTGGGCTTTCTATAGTTTTTGCTGTTTTTGAAGACTACCCTCAGGCTATGATGATTCTGATAAGATGCATGGTATTATTTCAGTCTTTTTGTACTGGTTGAGGGTTGTTTTATGACCAATTATATGGTCGATTTTGGAGTAGGTACTGTGAGCTGCTGAGTAGAAGGTGTATGATTTGGTTTTAGGGAGAAATGTTCTGTAGATATCTGTTAAATCCATTTGGTTTATAACCTCTCTTAGTTTCATTGTGTCTCTGTTTAGTTTCTGTATCAATGATTGGTCCAATAGTGACAGTGGGGTGTTGAAATCTCCCAGTATTATTTTGTGGGGTTCAAT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Seq C2 exon
TGATTGACTGTGGACACCCTGGCATTCCTCCTAATGCTGTCCTGTCTGGAGAGAAGTATACTTTTGGGTCAACAGTTCACTATTCCTGCACAGGAAAGCGTTCTCTTCTAGGCCAGGCATCCAGGACTTGCCAGTTAAATGGACATTGGAGTGGATCTCAACCTCATTGTTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000022311-Csmd3:NM_001081391:56
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.032 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0008415=Sushi=WD(100=92.1)
A:
NA
C2:
PF0008415=Sushi=WD(100=91.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: