MmuINT0045080 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000081362 | Cyp2j7-ps
Description
cytochrome P450, family 2, subfamily j, polypeptide 7, pseudogene [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2449816]
Coordinates
chr4:95884096-95894369:-
Coord C1 exon
chr4:95894209-95894369
Coord A exon
chr4:95884273-95894208
Coord C2 exon
chr4:95884096-95884272
Length
9936 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GTGGTAAGT
5' ss Score
10.36
3' ss Seq
TTTCTTATTTTCTTTATGAGCTC
3' ss Score
-4.69
Exon sequences
Seq C1 exon
GACAGCCTTTTGACCCTCACTTCAGGATCAACAGTGCAGTTTCCAATATCATTTGCTCCATCAATTTTGGGGAGCGTTTTGAGTATGGTGACAACAAGTTTCAGGAGCTACTGAAGATAACAAATGAAACCCTATCTGCTGAGACATCAATGATGTTAGTG
Seq A exon
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Seq C2 exon
CTCTACAATGCCCTTCCTTCCATAATGAAATATCTTCCTGGACCACATCAAACAGTTTTCAGAAATTGGGAAAGACTGAAAATGATTGTTTACCATATGATGGAGAGTCACCGGAAAGATTGGAACCCTGATGAACCGAGAGACTTCATTGATGCTTTCCTTACAGAAATGACAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000081362-Cyp2j7-ps:NM_001104926:4
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
NonCoding
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006717=p450=FE(11.6=100)
A:
NA
C2:
PF0006717=p450=FE(12.7=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
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Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
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R:
No suggested primer sequences
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
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