MmuINT0047708 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000026806 | Ddx31
Description
DEAD/H (Asp-Glu-Ala-Asp/His) box polypeptide 31 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2682639]
Coordinates
chr2:28863716-28874181:+
Coord C1 exon
chr2:28863716-28863775
Coord A exon
chr2:28863776-28874130
Coord C2 exon
chr2:28874131-28874181
Length
10355 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACGGTAAGT
5' ss Score
11.81
3' ss Seq
ATATTCTCTTTGTTTTAAAGGAT
3' ss Score
9.67
Exon sequences
Seq C1 exon
GAAAGAACATCCGTGTTTCATGAGTTCTCCCATTCTGAAACGGGAGTCTTGCTCTGCACG
Seq A exon
GTAAGTATCACTCCACTCTGTCAGGGTCGAGTCCTGTGATTACAGTGGCAGTGAGTATTTTGTTGCTGTTATTTAAGACAGGGTCTTCCCTGTAGTCCTGGCTGGCCACACAGAGACCCTCCTGCCTCTGCTCTCTAGCTGCTGTGATTCAAGGTGTGTGCCACCATGCCCAGAGGTAGCTGTGACTTCTGATCCTCTGACAGTTTGTCCTGTGTTCCACCTCCTGGGTAGTTGGCACACTTGGCCTCTTGGTGAATATGGTTTCTCTGCACCTCTGGATTGCCACCTGGCTGTGCCACATGGTACTGGCTGCCACTGTTGAAAAGACTTGGTGATTTGCTCACTAATAGTGGCAGCTGTTAGTCTGAAAAGGTGTGAATTTATCAACCAAAAACTTGTAAATTACAGCAATTGGGAGTAATTGGAGCTGAGAAAGTCTTTGCACAACAAGGTGCCTATGCTTGCTCACCTTCTCAAGGAAAAGTCTCGGCGCTTGGCAGGTTCTGTCTGCTCTTGTCTGCGATTATCACTGTGGCACTGGGATGGGTTCTGTCTGCTCTAGTTTAAAACTATCATTGTCTTAGGAGCTTCAGGCCAGTTCATTTGCCTCAGTCTGCAGTGCTGTCTTGTGGCCTCCAGCACATACCTCACTCACCTTTGTACTGTGCATCTCTAATGCTGTTTTGAGATTGAAAACGCATGCCTTCCACATTCCCCACCTCCCTAGGGATCCAGTGTTCCTTAGCTGTTACTTATTCCCGCCCGAGATTAAAATACCTTCTCCTGTGCTGTTTGAGTGATATGACTCACAGATGGCTGTTAGAGAAACTGTTTAGATAACTGTAAGGTAACTGTACCGTGAACTTAGGAAGTCTTGCAAGCCAGTGCTGGGTAGAAACAGTGACATTTAGCCTTTTGGATGCCTCATTTACTATAGTTACTTTTTAAGGAACTCCTACCCCATGTTTAGTTCAAAAGCAATAGAGTCTGTCTTCCTTCAGAAACAGTTTGTGGGTAAGGTCAGCTTCTCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGCGCGCGCGCGTGCACCCTTCCATCTACTATAAGACCTACCCAGAAACCTCACCCCAATGCCATTTTTTTATGTTTATGGCAAAGTGACCAACACATATTTCTTCAGACCTATACACATTGTTTATTTTCCCTTAAACATTTGCCTCCTAAGGAGACCTATGTCAGAGCAAATAACTTTTCTGAAACAAAGATTAAATTCAAATATGGTATTTAGTAAGGAAATGTCCAGTAGCCCTTCCCCCAGTGGGAATGTTCTGGAGCTCTCACTGCACTTGTTTGCACTCCTCTTTCCGCCTAGAATTGACTGGCCAGCTCCCACCTAGAGCTCCAGTTCCTTCTCACTAGGCACATGTTGTGTACTATACGTCTCTGATGTGCACACCTGTTCCAGATGTCATGTGCAGGAGCCTAAGCTCCAAGAAGACGGGTTTATTTTCAGTTCTATCCTAGTGGCAACACAGAGAGCAGCATAGCAGGCACCATGGTATTTATGCAGGAGCTGAGTGGGTAGATAGGCCTCCAAGACTGATTGGTGAGACCTGTTTTTAAAAGACAGAGGTGTGGTTTAATGTACTTGCTTATGAAGAATAAGTTCTGAAAAGTCAACTTAAACACTTTCTCTATTGAAACACAGAATAGTAAGAACCTTTATGCTAGAATGGGAGTTAGGAGTCTGAATGTCCTAGATTTACCATGTGGTGTGGTGTGGTGTGGTGTGGTTTGGTTTGGTTTGGTTTGGTTTGGTTTGGTTTGGTTTGGAGACCCCCTGTATTAAAAAATATGCTTTCCAGACAATGGGGATCTTTACATTTCAGAAAGTCCAGGTGTCTGAAGCTGAGTGTCTTAGAAGCCCTGCATGAAGGAAAAGATCACATTTTCTGAAGTAAATCTTGCTGGGATCAAAAGCATGTTCTCATTTCCTGTTGTATCCGACTGCTACCTGCAGGCAGTTGATGTCAGCTAGCCGTTGTCGTGGCGAAGCACAGAGCCTTCAGCTCCTGCCCACATCTAATTTCCTGAACTCTTGGTCGTGGTGCTTGGCTTGTTCAGATTGATTCCAGCATGAATACTGTGGTCTCAACTTTTCTCAGTGCTGCAGAGACTACGAAACTGAGTAGGACTCGCCTCTGAGCCAAGGTGCAGCTCAGGTTCCATGGTGAAAGGTTCTGTGTCCCTTTGTGTCCCTGCTGCTACTGTTATATTTGCTTTCTCTCTGTATTGTGTCTGTGAGCCATAGGGTATGAGAGCCATACTGGGATAGATGATGCTCGGGGTTGGGGAGATAATGTCACTCTGACTCCTTATAAGCAGCCTGTTGCTTGCCAGGCTATCTGAACACTCCAGGAGACTCCGTGGTGTTAATGAGGAATGAGGACCATGTCAGCATGAGGCAGATGGAGAGCTGGTTTCTCTTGATAAATCATGTTGTTAATGGTGTGGGGATTTTCCTCTTTATACCAAGCCTTTTACCTTTAACTAACCACCCTAGATTCTTTTAATAAGGCTAGGGAGGACTGGGTGGACGCCTTTATGAAAATATGGAGACTTTGTATAACTACACAGTGTTCCTTACTGTTTGCAAACTTCTCTACTTCATTTTCTCTTCCTGCTAGTAACAGTTAAGAGTATGTAAGATGTGTGTTCGTCTTAATTATACTCGTCTTACAAGCTAGGACCTTTGTAATTTCAGGAGGTTTCCCAGGACCAGATATGTATTAGGGCTCTTGTAGACTGACTCTTTGATAGGCTAGGGCTGTGGTAAGGGAATGGGCACGTAGAACTACAGGATAGTTGGGACAGAAGCTTGCTATGTACAAGAGAAGTCTTCACTGAGGAGAGATGGATGGTGGATTGGTCACCACCTCCCTGTAATCCCAGGATTGGGAAAGCAGACAGGAAGATCCAAACCTAGACCTCAGAACTCCCTGTCTCAAAAACATGAACGAGGCAGAGTAAGGATGAGACTTGAACCTTAAAACTTGAAACTTAAAGGCCTGGGTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTAAATAGGATTAAGAAATCAAAGGAATAAGGCTTGGGATTTTGATCTCAGAGCATTTTTCTGCCTGCTTGTTGTTATGAATTGCCCAGAGCCAAGGCAGAAGGAGGTACTGTCCTTAGTTCCATGCAGGAAAATGCCACTGGGTGACCACAAAAGTCCCCTCTGGTTTTAAGGTGGGCACCTGGGTTTTTCCCCGGCATGTTTATTCTCCTTGGTTACCCCTCCATGAGTGGGATGCAGTGCTTCCGATTCCTGAGTCTGTTGGTTAAAAACAGCTAGGATGGATGGCCCATGGATGTCTACCAGGTAGGTAGGTGTCTGCTTAAAAGATACAAGTGAGTCAGCTGTGCTGCCCCTACACTGGCTCATTGCTTTTGCTTTGTTTTCTCTGACCAAAATACACTGTGGTCTGCAGTTCTTAATTTCCTCTCCTCCTAGGGAATTTACTGTGCCAGCAGCCAAGAGACAAAGGAGCAAGGACTGTACGTGTCCTGAGACTGGGTTCAGTGCCTGCATGAGTGTAGTTCTTATGCTCCTCCGGTTGTGCTTTTCAGGGAAGTTTATCCTTAACGCTGCGTTTCTTCTCTGCTAATGGAAGGCTCATTTGGAGACTGTTTGCTGTTTACTCAGTCACGCTAACTCATGTTGCCAGTTTTTTGGCGACTCCAGCCAAGATCTCTTGCCTCTGACAGCTTCTGCACTCTCCCCTTCCTCCTCTGATTACGCAGCCCAATCTGTCACCCGGACAACAGGGGCCTGTACCCTGCTGATGGCTTTCCACACATGGCAATAATGACTTTTGGCAGGCCAGGAAGGCGTCAGAGGCGAGTCTATGCGTCCCCTCTCAGAGAGATGGCAGGCCCCCTCTCCCTGTTAGTAAAAGCACTTTGTGAGGTTCTTGGGTAAATAAATGAGTCATTTTAATCCAACTGACAGGCTGGCACCTGAGCAAGCTGCCTTCCATCTGTACTCCTGGGTCTCATGGAGGCTGCCAGTTGTCGAGCCCAGGGCCTTCAAGGCTTCATTGGTGAATGTCTTTCAGAGCTGACTTTAGTGATTCTTTTGCCCTAATTAGGTTAAAGGAATGAAATGAGGCTGTGATTAGGCTTAAGTTCTGAGAACTGAGAGGACAGAACTGAAGGCCTTCCAGCAAGTCAATTTCCTATTGACGTAGTGTAGGTAGCTAACATCTTCCTGGAAGATGGGGCCATTGTTGGTTTGTCTCTGGTGCCTGTCCAGGGCCGAGCACGAAGAGGTGAGGAGGAGTTACCCTTGCCACCATTTCTTCATTAAGAAGCAGCACACTTGGGTTACAGCTCTAGGGTGGTTCTCTTTTGTCCTTTATTAACAAGGCATTCTTAGCCACAGTACAGGTAGGTGCCTTGGTGCAGTGGGCTGACTGTCCTCTCCAGGCTGGCTGGCTCCCACTGCTGCCATACTGGAACCAGTCCTTCCTAGTATGGACCAGGTCTAATATCCTTCCCTCCGCCTCTGGTGCCTGGGCAGGGGATGCAGAAAGTGTCTGGATTAAACATAGGCGAAAAGTGCCCTGCTATTCAAAAGCTCTACCCAACAAAAGAAACGGCCTGAGGTGACACATGGCAACAGCCTTCGCTTGAGAGGCTGAGATGGGAGGAATGGAGTTCAGGATCAGCCTGCTCCTTAGCAAGGCTGCCAGAGACTGGGTAGATAGCTGGCTGAAGTAGAAGTGGTAGATGAGAAAACTGTCATACCAGTGCCTAGGGCTGCATGTGTCCTTCAGCACACCCTGCTTCAGCACATTTGGGTTCAGTAAGTGTCACGATATCAACTGTTGGTTTGGGTTGTTCTGTAGTGCTGGGAAGCTCACTCAAGGCCTCACACATACCAGGTAAGTGCTGCACCACTAGGCTGCACCTTCAGTCCTATTGTAGAAT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Seq C2 exon
GATGTTGCATCTCGAGGCTTGGATCTCCCACAAGTCACCTGGATTGTTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000026806:ENSMUST00000113853:14
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0027126=Helicase_C=FE(25.7=100)
A:
NA
C2:
PF0027126=Helicase_C=FE(21.6=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types