RnoINT0045997 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000013040 | Ddx31
Description
DEAD-box helicase 31 [Source:RGD Symbol;Acc:1304895]
Coordinates
chr3:7446459-7456483:+
Coord C1 exon
chr3:7446459-7446518
Coord A exon
chr3:7446519-7456432
Coord C2 exon
chr3:7456433-7456483
Length
9914 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACAGTAAGT
5' ss Score
9.49
3' ss Seq
ATATTCTCTTTGTTTTAAAGGAT
3' ss Score
9.67
Exon sequences
Seq C1 exon
GAAAGAACTTCTGTGTTTCATGAGTTCTCACATTCTGGAACTGGAGTCCTACTCTGCACA
Seq A exon
GTAAGTGTCCCTGCACGTTATCAGGTGGATTCCTGGGACAACAGTGGCAGTGGTTATTTTTTTGCTGCTCTTTTTTAAGACAACAGGGTCTTACTGTGTGGTCCTGTGGCCACACAGAGATCCTCCTGCCTCTGCCCTCTACCATGACCAGAGGTGGCTGACTGCTGATCCTCTGACATTTGTCCTGTGTCCAACCTCCTGGATAGTTGGCACATCCGGATCTCTTGGTGAGTCTGCTTTCTCTGCACCTCTGGATTGCCACCTGGCTGTGCACATGGTACTGGCTGCCACCGGTGAGAAGACTTGGCGATTTGCTCTCTAATAGTGGCAGCTGCTAGTGTGAAAAGGTGTGAATTTATCAACCAAAAACTTGTAAATTACAGCTATTGGGAGTGATTGGAGCTGAGGAAGTCTTTGCACAACAGGGGCCTGTGCTTTGCTCACGTCCTGAAGAAAAGTCACAGCGCTTGGCAGGTTCTGTCTGCTCTTGTCTGGGATTATCACTGTAGCACTGCTCTAGTTTAAAACCATGATTGTCTTAGGAGCTTCAGGCCAGTTCATATGCCTCCGTCTGCAGTGCTGTCCTGTGGCCTCCAACACATACCTCTCTAATGCTGTTTTGAGATTGAAAACACATGCCTTCCATATCCTCCACCTCCCTAGGGATCCACATTTCCTTAGCTGTTCCTTACTCCCTCCCAAGATTAAATGCCTTCTCCTCCTATGCATGCCATATGGGTGGCATAACTCACAAATGGCTATTGGAGAGACTCCTCTGAGTGTAATGAGGTACTAACTGTACTGTGAACCGAGTAATCTTGCAGGCCAGTGCTGGGTAGAGACAGTGACATTCAGCCATCCGAATGCCTCATTTACTGCAGCTACTTCTTAAGGAACTCCTACTCCATGTTTAATTCAAAAGTAATAGAGTCTGGTTTCCTTCAGAAACAGTTTGTAGGTAAGGTCAGCTTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTACACGCACATGCACACTTCCATCTACTATAAGGCCTACCCAGAAACCTTACCCCGATGCCATTTTCTTATGTTTATGTAAAAGTGACCCTGCACACATTTCTTCAGACCTGTACACGTTTAATTTCTTTAAACCACTTGCCTCCCAAGGAGACCTGTGTCTGAGCAAATAACTTTGCTGAAGCGAAGATTAAATCCAATCTGGCACTTAGTAAGGCAATGTCTAGTAGCCCTCACCACCAATAAGAATGCTCTGGATCTCACTGCACTTCTTTGTATGCCTCTTTATGCCTAGCATAGACCAGCTAGTTCACACTTAGAGCTCCAGTTCTCCAAGAAGACCGGGCTGCTTACTTTCAGTTCTATCCCAGTGGAGCATGGTAGGCCCACGGTATTTATGCAGAAGCTGAGTGGGTAGATAGGCCTCTGAGACTGATTAGACCTGCCTGTTTGTAAAAGACAGAGGTGCGGTTTTATGGACTTACTTATGAAGAATAAATTCTGAAAAGTGAACTTAAATAGTCCTTATTGAAATACGGATTAGTAGGAACCTTTATGCTGGAGTGGGAGGTAGGAGTCTGAATACTTAGGTTTACCATGTTTGGTTTGCTTTGACACCTCCTGTATGTAAAGAGTATCTTTCTAGATACTGGGGACCTTTGCATTCTAGAAAGTCCAGTTATCTGAAGCTGAATGTCTTAGAAGCTCTACATGGAGGGAAAGATCACTCTTCTGAAGTAAATCTTGTGGGGTCAAAAGCACGTGCTCACTTCCTGTTCTCTCTGGCTGCTACCTGCGAACAGTTGATGTCAGCTTGCCATTGTCCTGGCAAAACACAGAGCCTTCAGCTCCTGCCCACCATGAGTGAAGCAAACTCTTGTCTACATCTAATTTCTTGAACTCTCGGTCATGTTGGTCAGATTAATTCCGGCGTGTATGCTGTGTATACTGTGGGCTCAACTTTTCTCAGCGCTACAGAGACTGCGGAACTGAGTGGGACTCAGCTCAGGTTCCATGGTGCTATGTGCTGTGTCCCTCTAGGTCCCTGCTGCTACTGTTATATTTGTTTGCTCTCTTTCAGTACAATGTCTATGAGCCATAGGGTATGTGAGCCTTACCGGGATAGATGATGCTCAGGCTGGGGAGAATGTCACTCTAACTCCTTATAAGCAGCCTGTTGCTTACCAGACTATCTGAACACTCCAGGAGGCTCCGTGGTGTTAATGAGGAATGAGGGCCATGTCAGCACTAGGCAGATGGAGAGCTGGTCTCTCTTGATAAATCATGTTGTTAATTGTGTGGGATTTCCCCTTTATACCAAGCCTTTACCTTTAACTAACCACCCTAGATTCTTTTAATAAGGTTAGAGAAGACTGGGTGGATGTCTTCATGAAAATATGCAGGTGTTGGTATAACTACACAGTGTTCCTTATTGTTTGCAAGTTTCTCTACTTCATTTTTCCTTCCTGTAGTAACAGTTAAGGGTATGTAAGATGTGTGTTCGTCTTAATTGTACTCGTCTTACAAGCTAGGACCTTTGTAATGTCACGAGGTTTTCCCAGGACCAGATACGTATTAGGGCTCTTGGAGACTGGCTGTTTGATAGTATAGGGTTGTGGTAAGGGGTGGCCTGCAGAACTAAAGGACAGTTGGGACAGAAGCTTGCTGTGTACAAGAGAAGTCTTAACTGATGAGGAGTGGGTGATGTTTTGGTATATACCTCCCTGTAATCACAGCACTGGGGAAGTAGAAGCAGGAAGATAGACCTAGACCTCCAAATGCCCTGTTCCAAAACCACAAGTGAGGCAGAGTAAGGATGAGACAGGACAGCAAAGCTAAAGGCCTGACTTTTGTTTGTTGTTTGTTGTTGTTGTTTGTTTGCTTGTTTTAAATAGGATTGAAAAATCAAAGGAATTAGGTTTGGGATTTTGATTTATCTACAGAGCATTTTTTCTGCTGGTTGATTGTTTTGACCAGAACCAAGGCAGGAGGAGGTACTGTCCTTAGTTCATGCAAGAAGATGCCACTGGGTGACCACAGAATGATATTTCCGAGTCCCCTCTGGTTTTGAGGTGGGCACCTGGGTTTGTTCCTTGGTTGCCACTGGATGAGTAGGATGCAGTGCCTTCCTCAGAAAGGAGGAGCTTCAGGTTCCTGAGTTTGTTGGTTAAAAACACCAGGTAGGTTTCATACCTAAAAGATACACGTGTGAGTCAGCTGTGCTACCTCTCCATTGGCTCATTGCTTTTGCTTTGTTTTCTCTGACTGAAATACTGTTGTCTGCAGTTCTTAATGTCCTCTCCTCCTAGGGAATTTACTGTGCCAGCCAAGAGACTAAGGAGCAAGGACTGTACGTATCCCGAGCCTGGGTTCAGTGCCCGGCATGAGTGTGGTTCTTGTGCTCCTCTGGTCTTGCTTTTCAGGGGAAGTTTATCCTTAACACTGTTTCTTCTCTGCTAATGGAAGGCTCACTTGGAGATTGTTTGCTGTTTACTCAGTCACGCTAACTCATGTTGCCAGTTTTTTGGCGGCTCCAGCCAAGATCTCTCGCCTCTGACAGCTTCTGCACTCTCCCCTTCCTCCTCTGATTACGCAGCCCAATCTGTCACCCGGACAACGGGGGCCTGTACCCTGCTGATGGCTTTCCACACATGGCAATAATGACTTTTGGCAGGCCAGGAAGGCGTCAGAGGCGAGTCTGTGCGTCCCTTCTCAGAGAGATGGCAGGCCCCCTCTCCCTGTTAGTAAAAGCACTTTGTGAGGTTCTTGGGTAAATAAATGAGTCATTTTAATCCAACTGACAGGCTGGCACCTGAGCAAGCTGCCTTCCATCTGTACTCCTGGGTCTCGTGGAGGCTGCCAGTTGTCGAGCCCAGGGCCTTCAAGGCTTCACTGGTGAATGTCTTTCAGAGCTGACTTTAGTGATTCTTTTGCCCTAATTAGGTTAAAGGAATAAAATGAGGCTGTGATTAGGCTTAAGTTCTGAGAGCTGAGAGGACAGAACTGAAGCCTTTCCAGCAAGTCAGTTTTCTGTTGATGTAATGTAGGTGGCTAACACCTTCCTGGAAGATGGAGCCATTGTTGGTTTATCTCTGGTGCCTTTCCAGGGCCAAGCACGAAGTGGTACGGGAGTGTTACACTTGCCACCATTTCTTCATTATGAAGCAACACACTTGGGTTACAGTTCTAGGGTGGTTCCTGCATAGTCTGTCTCTTTTGTCCTTCATTAACAAGGCAGTTCTTAGCTACAGTAAAGGCTTAGTGCAGTGGGCTGACTGCCCTCCCCTGGCTGGCTGGCCCCCACTGCTGCCATGCTGATACCAGTCCTCCCTTGTGTGGACCAGGTCTGATTCCTTCCCTCTGGTGCCTAGGCAGGGCATGCAGAAAGTGTGGATTAAACCTAGGTGGAAGTGCCTGGCTATTCGCAAGCTCAACCCGACAAAAGAATCAGCCTGAGGTGACACATGCCAACAGCATAGCTTGAGAGGCTGAGATGGGAGGAATGGAGTTCAAGTTCAGCCTGGGCTCCTCAGCAAGTCTGCCAGAGGCAGTAAGTAGGTGCTTGCTGGAGTAGGGAAAGCAGTGGGGGATGTAGGGCTGCTGTGCCCCTCAGCACACACTGTCAGGACGTTTGGGCTCAGTGAGTGTCACAAGATCACACACCAGGTAAGTGCTGCACCAGGATGTATCTTCAGTCCTCTTGGAGAATGTAATCTCTCCTGGTTGAATTTACTAAGCTTGCTGTGTGGGGTGAAGTTTGCGATGGCCAAACATGGCCTTTCCAGCCTCAGTTTCATCTAGGTGCTGCTGTAGTTTTCTATGTCTATCCCAGGTAGCCAAGCATTGAGCTTTTCACCAAGCCTGTCTGTAAAGCTCAAGTAGCTTTAGTCCCCACAACAGAGCACGGAAAGCTAGTCATTTCTCTCCAGGCACTTAGCAGAGCCATTGGTCTTCCTAAGCATTAGCAGTGGATACTGCTGAGAGC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Seq C2 exon
GATGTTGCATCTCGAGGCTTGGATCTCCCACAAGTCACCTGGATTGTTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000013040:ENSRNOT00000064323:14
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0027126=Helicase_C=FE(25.7=100)
A:
NA
C2:
PF0027126=Helicase_C=FE(21.6=100)
Main Inclusion Isoform:
NA

Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
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F:
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R:
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INCLUSION PATTERN[edit]