MmuINT0050119 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000090063 | Dlx6os1
Description
Dlx6 antisense RNA 1 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2443217]
Coordinates
chr6:6770546-6819533:-
Coord C1 exon
chr6:6819309-6819533
Coord A exon
chr6:6774568-6819308
Coord C2 exon
chr6:6770546-6774567
Length
44741 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTGGTAAGT
5' ss Score
10.47
3' ss Seq
CTTTCATTTATAATTTACAGAAC
3' ss Score
8.54
Exon sequences
Seq C1 exon
GCTTCAAATTGGATGGCACTGCAGCTGGAGGCTTTGTTCAGAATTGATCCTGGGGAGCTACGAACCCAAAGTTTCACAGTAGGAAGGGGGAAAAAAGAAAAGAAAACATTTTTCCTAATGTAACAATGCGAATGCTAGAAAATGACAAGACTGATCGGTTTTAAACCATTCTGAAGACTGACTGAGCGTGGAAGTTGCTCAACAAAAAAGGGAACGGGGATATTG
Seq A exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
NonCoding
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
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C2:
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Main Inclusion Isoform:
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Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs: