RnoINT0006734 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000051264 | AABR07059679.2
Description
NA
Coordinates
chr4:32333356-32379773:-
Coord C1 exon
chr4:32379295-32379773
Coord A exon
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Coord C2 exon
chr4:32333356-32336637
Length
42657 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTGGTAAGT
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Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
CTGCTGAGAACCAGAGGGAAACCTCCTCCCAGAAGAACATTTCCATACACTGCTTCCCCACTGCTGTGGAGTCCCCTGAACACTGGTCCCTGGACACCAACTTCAAGAAGACTTCGTGATGGCTGTCCAGTCTTATGAACCACAGTTTTCCCTGTGTGTTTTCTCCAGTGATGCTCTCATCTGGGTCAGATTAGAGATGAACCAGCTGGAGAACAGATTGGAGCGCTGACCTCTTAGAGTGCTAACAGTCAACAGTTTGCTGTCAGACCCATAGAGAAATAATAAAAATACGTTCCATGCAAGGGAGTGGGATGTTTATAATTCCTTAAAGGCTGAAATCAAGGAACAATCAAAATATAGAGGAATGCGGACTTGTTTTACTGCAGGATTTTTGTTTTGTCCCTACTGGGATACATATTCTGGTGTTACTACTGCATCAGGACTCAGGCAAGGCTATGTATTCTAGTGGTGCTCCTACTTAGCTCTTGTGCTTTAGTAAGAGACACTAACTCATTAGACTTGGTATTACTGATCTGCACTGTAGGTCTGCACTCACGACCTGGGAGATATTGGCAATGATTCTCTTATATGATAAAGGTCAATGATAAAAGTACTTCAACTCCCCTCGAACTTTTTGTTTGTACACCAAGTGATGACACTGTGTATTGAACTAATTAGATCAGTGGAGTTACAGGGTGATACTGACCTCTAAAAATATTTGGCTGAAACCTGGCATTGCTAGTTATCTGTAGAAGAGGACGATATGGAACATGCAAACATCACAAAACATGGGATTACTGGTCAGACTTGGAAACCCAGCAACCAGGCAAGTTCAGCATAGAACCTGCAGAAACTAGCAGCAGGTAGACATGGTTCCTTTTCCATGGATCTTACAACCAAATGTCCCTGTAGAAAGCAGAGGCTATCATGTGTATGTGGCCACACAGATGTTCTTGAGCACAGCCTCTAGTCAGTGGGAGAGTTCCTACTGCTGTAGGCCATGGCTGTCTTCTCTAAGCCTGAATTTTACAAACACTTTGTGAACCTGGACTGCTTTTCTTTAGCAAGCCTTGAAAAGTTCCAGGATGTCAGGGAAGTGTCTTGGGGTTGGCAGGGCTTCTAGGGAGGGAAATATTAAATGATTTGGACCAGAAAAGAAAAAGGGGATGGGGTTCAGAACCAACAATTACCTCTATTCTATGTAGGAAACAATAATATGAAATACGCTGGGCACGGAAACTTTGATACTAAAACTTGGTTTTTGTCCCTTTTAAAAAGTAATACTTAAAAAGCTATGTGGTTGTAGGCAAGCCATTTCCCATCCCCTGTGGATGTCTCCTGAATGACTCTAAACCTGTTCTAGTTCTCAAAGGCCTTTAACATAAGTCCCCAGGCTACAGTGGCCACTTTAAAAATACCCTCCCTATGGTTGTTAGGTCTTAACGTTTCCAGCAGTTACATAAACATTTTTATTTTTGAGGGAGGGTCTATTCTTATCAACTTTTAAAAAACACACATCCGGTTCTTTTCTGGAATTAAGAAGATGCAAACTCCAAGTCCCCTGCCTTCCATACTGCCTGCCTTTCTTCCTGTTCGTCCCTTATTCCCATCCCTGTTGAGTTTGTGCTATGCACTGCATCAGGTATACCCTAGGTTTGGAGATACAGGATAAACCTGACTCAGAGGGGTCTTCCCTTTCTCTTCTGGTGCTTTCTTTGGAGGGAGTCTGTTGTATCTAGGCAGACTGTGCTGTGGCGCCCCTGAGGTAACCACCCAGGCGCTTCATTCTGCCTAAGCAATTTCATTGTGCACTAAGATACACATCCCAGTAACTGTCCAGATTACCACAAGAACTTTCTCCAAATATAAGGAAGAGGGAGATTTTACTTCTGAGATGTGTGTATGACAACCCTCCATCCTGGGAAGAACACTGAATACTGCCTGCACCTCATCCTAGCCTAAGGAGTGAGAGTGTTTTCCTGTATCATCCCGGTGGATTGCTACTTCTTTAAGAAGGAATGGGAAAAACACCAAACAGACAAACATGTTATCACAAATTCAGTCTGACCTCATTGGAAATCCTTTTAAAAATTAATCATTTCTATCTCTTCATTATCAACAAATCTACTGAATACTTCTCTCTTGAGTCCAGGGCATATTTTATAATACATAAAACAATGAAATTTCAAATTCAGAGCACTGACATATACTATTCGTTTTGAGTATTTTTATTATAGGGAATGACTTTAGACATTCCAATTTATGACTTAAGTGGTAAAATGGATAGCTCTTGACTTTCAACTTTCCTTTTCAGTTCAGGTCAAGGAATAGCTACCTCCAGGTAATGTCTACACTTTCCTATGACTAAGGACTCTAACTATTTCTGTTGCCTTTCTTTATGCAGGCATATGTTAGCATTTCTTTTCTATGTGACAAATGTACTAAAGAGAGTATAAAATTCATGAGATAAGCTTTTTGGATAGGAATTTAGAAAAACAAGGAGTCCAGATAAATGAGTGAAAAATCAACTTAAATAATCAACATATCCAAGATATGTATTGGAATAAATGTCTATTGTACCATTTTGGTTTTGTCTTGTTTTCTATTTTTGTTCTTATTGATGATGATGTTGTTTGTTTGTTATTTGAGAAAGAACAGAAGGTTGGGTGGATAGGAAGGTAGAGAGGATCTATCTGGATGGAGTTGGGAGGAGGGAAAAGTACATGATCAAATGTATTTTATGATGGGTGGAGCATAGTGGTGTATGTCTTTAATCCCAGCACTCAGGATGCAGAGGCAGGTGGATCTCTGTAAATTGGAGGCCAGCCTGGTAGACAAAGGAAGACCAGAACAGGGCTCTGTTACACAAAGAAATCCTATTTCAAATATATATGTGTGTGTGTGTGGGGGGGGTGTTGTGTAATTTTTAACTAAAACTGTTTATCTTTTGAGATAGTCACAGGTAACCCAAACTGGTCTTGTGACTGGTATAAACACACACAGTTAATGTTCAGATCCTGTAGGTAGCATGCCTCCCTTTGTGGAGAAGGCACCATTCCTCCCTCTGTGGTGCAGAAGTGGAATCAGTAAACCCATAGAATTCCAACCGTTCTAGTGAAAACGTTCTGCTGAGCACCTCACACTTCCAAGTGTGAAGCCTTTTGTGTGAAAGCTCCGAGCATCTGAGTGCTAGCCCTGTGAAGGTATGTATGTGTGAATGGTCTGGTGTGTTCTACTTCCAGCCATTGACCTTGAAGCAACGTCTATGTTTTCTTTATCCTT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000051264:ENSRNOT00000076124:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
NonCoding
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]