MmuINT0050828 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000005237 | Dnahc2
Description
dynein, axonemal, heavy chain 2 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:107731]
Coordinates
chr11:69342885-69353066:-
Coord C1 exon
chr11:69352900-69353066
Coord A exon
chr11:69343056-69352899
Coord C2 exon
chr11:69342885-69343055
Length
9844 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTAAGC
5' ss Score
8.69
3' ss Seq
TGTCTCTCTGTTCTCCGCAGAAG
3' ss Score
11.84
Exon sequences
Seq C1 exon
TGCTGGGATTACAGGCATTTGCCAGCTGGAGATTGACCCCAGCGCTTCATGGAGAGGCTAACACTCCACCAACTCTGCTGCATCCCCAGCCCCTGTTTCACAGACGTCTTACAACTTTGAATCTTATTCTGTCCTGTTCTAGAGCTGGAACTCGGGATCTTGCTCTG
Seq A exon
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Seq C2 exon
AAGCCCTTCTTCCTCTCACGAACGATGTTGACCGGACTGGCAGATGCCACGTGGACGGGGGAGCACGACATGGTTCTGGAGCACTTTGTCCAGGATCCTGCGGTGCCTGCCCTCACCATCTTCATTGACCCCGTCTTTGGGTTGAAGCTGGAGCTGGGCATGCCTGTGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000005237-Dnahc2:NM_001081330:3
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.232 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: