MmuINT0051108 @ mm9
Intron Retention
Gene
NA
Description
NA
Coordinates
chr1:46156263-46166185:+
Coord C1 exon
chr1:46156263-46156443
Coord A exon
chr1:46156444-46166109
Coord C2 exon
chr1:46166110-46166185
Length
9666 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTAAGT
5' ss Score
9.66
3' ss Seq
CTTTTCAATTTTTTTCTTAGTTG
3' ss Score
7.69
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
TTGACTTTGTTTTAAAAGATCCCAGAAAAAAAGACGATGATGGCAAGATAACTGAACTCCCACCTCACCGTGCTGA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
-Dnahc7b:NM_001160386:8
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
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Rat
(rn6)
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Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
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R:
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Band lengths:
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- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
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