MmuINT0053445 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000061928 | Dsg1b
Description
desmoglein 1 beta [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2664357]
Coordinates
chr18:20557807-20563410:+
Coord C1 exon
chr18:20557807-20558145
Coord A exon
chr18:20558146-20563273
Coord C2 exon
chr18:20563274-20563410
Length
5128 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GATGTAAGT
5' ss Score
9.11
3' ss Seq
CTCACCCCTCTCTCCTTCAGTGG
3' ss Score
9.85
Exon sequences
Seq C1 exon
ATTCCCTTCAGAGGACCTGCACGGGGACAATCGTCATTGAACTTAGTGGCACTGGCTGGGTACCAGGTTCAGATGGTGGTGGCAGTTCCAGTGGCAGTGGTGGTAATCGTGACCCAGTGACTAATGGATATCAAGGCACTTCTACTGTGGGCCCGCAACGCGTCACAGGATCAGGGGGAGTCACTTCAAGTGGTGGAGGCAGTGGAGTTAACAACACTCCCGGTAGGCAAAATCCCTTAGACGAACCGGAACCCGAGCCCTTTGACATCACAGAAGACAACGTTCACTTCGGTCCTGCAGGCATCGGGCTGCTCATCATGGGGTTCCTAGTCTTAGGAT
Seq A exon
GTAAGTGTTTTAATCCTACTTTTGATATGTGTCTCTCAAACAATATGGCAAAAGAAATCAAACAGTCTATGTGTTCAGCTTAACAGTACGTGTCTGCAAGCATTGCCTAACCAGTTGTTCCAAGTTTTGCTATTGTTCGTTCTTATTTACCTCACAGCACCGCTAGGTGAGGAGAGGTCCCACAAGTGAAGGCTATGGCACATCTGGGGCCACTGAAGTAGCCTTAGTCGTGGACAGAAAGACAAACATAGAGTCCAAGAGATGTTCCTGGTGGAATTTAATGTTGCCCTAAATTATGACAGAAACTCAAGTGGAAATCGGGGAGTACCTTGGTGCCTATACACTGTTACTAAGTTAATATGAATAATGACAATTGCAGCTAAGCATGGTGGCACAAACCTACCATCTAAGCAGTTGGGAGGTTTCCTTTTTCAAATGTAGACTCATAAAATATTGGTAGTAAAACAAGCTTCAAATACTTAATTAATTAACCACAAAATGTACATTGAAAGAACTCACAAAATTTTAAAATATTTTTCTACCTTCATTTCTCTCTGTTTAAATATATTTATTTTTATTTTTATGTTTCTAAGTGGTTTTGCCTACATGAATGTGAACATAAGCATGTGCATGTGGGCCTGGTCCACAAACTCCTTGCAACTGAAGCTGTGGATTGTTGTGAGTCACAGTGCAGATGCTGGGAACAGAATCTTAACCCTGTGACAGCGCTTTGCCACTCCACCAGCCCCTCCTCGTTGGTCTCTTAACAAGTGACTAGATACTACTTCACTAGGTTTTCTCTGACTTTAAGTAACCCACCTTTTGGAACATTTCCTCAGCATACATCCATAAAAACCACAAAGAAATATGAACACACTGAGAACATAGTCTAAAGTGGAGCACTTTAGACTAGAATGGGAAATACACTTCAAAAAATGAATGTTCTGTGTTAAATAACAGGAACTCCCCCATATTGGCTCATAACAAATAGAAATAAGAACCAGGAAATGTCCTATGAGAAAAATCATGAGTTTGAAATGGATTTTTCTCATCAAAATAAACCCAATCAAGGACGATGCAAGAGTGCTAGCAAACTTGAGGAACCCAGTGTGAGCTACGTGGGAGCAGAGATATTCCTCTACACTTGGTAGCCAGGTCTTTGCTTTATTAAAGCAAACTAAACGTCAAAGAGTGATGACAATTGCTAGAAAGAACAGCTAGATTTCATTTTCACTTTCCCTAATATCAATGTCTATTATCATACACTGTGGCTAAAGAAGGCTTTCAATGTTGTATACAAGTCTTTGGGTCAATAACTTTACATTTAATTTCTTTGCTCTATCTTACAGATTTCCCCCCAAAAGCAAAGCTAGTTGGGGATTTTTGGGTTTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTTTCCTTCTTTTATCTCTGTCTCCCCTCTACTCTGCATGAATTTTTCCTTCAATTATTTACACATTCTTATTTCCTCTTTTCTTTCAGAATTATCTGGCCAGATTCTATTAAAATCTCAAACAGATTAGAAAGAAAAGACATTGCTAAAGTGTGATAATCTTTATATAAGGATTGTCTAAAGACAGATGTCTCTGTAGCAGAAAATAACGTTCCTAAGAATAACTGATAATTGAATGAGATTTTCCCTTAAAATGCAGGAAGAGAAATTTATGCAAACAAAAGTAAATGCAGGCAGGAGGGATCAGAACTGATGCCTGCCTTCAGCTTTCTTTAGTCTCTGCTGTTTCCTGAGTGATGATAGGGAAAAGAAACACCTATCTTTGTTGGGGTTTTTTTTATTCTTTATTTACATTTCAAATATTATCCCCTTTCCTAGATAACCCCTATCCCCACCCAACCCACTCCCCAGCCCACCCCCTCCCATTCCTGATGCTGGCATCCTCCTATACTGGGGCATAGAGCCTTCACAGGACCAAGGGCCTTTCCTCCCATTGAGGACCAACTAGGCCACCCTCTGCTACATATATAGCTAGAGACACAAGTTCCACCATGTGTTTTCTTTGATTGATGGTTTAGTTCCAAGGAGCTCTGGAGGTACTGGTTAGTTTATATTGATGTTCCTTCTATGGGACTTCAGACTTCTTCAACTCCCTGGGTATTTTCTCTGGCTCCTTCATTGGGGACCGTGTGCTCCATCCAATGGATGACTATGAGCATCCGTGTATTTGACAGGCACTGGCAGAGCCTCTAAGGAGAGAGATATATCATGCTCCTGTCAGCAAGCACTTGTTGGCATCCACAACAATGCCTGAGTTTGGCAATTGTATATGGGATGGATCCCCAGGTGGGGCAGTCTCTGGATGGTCATTCCTTCAGTGTCTCCTATACACTTTGTCTGTATAATTCCTTCAATGGGTACTTTGTTCCACATTCTAAGAAGGATTCCACACTTTGGGCTTCCTTCTTCTTGAGTTTCATGTGTTTTGCAAATTGTATCTTGGGTATTCTAAGTTTCTGGACTAATATCCACTTATCAGTGAGTACATACCATGTGTGTTCTTTTGTGATTGGGTTACATCACTCAGGATGATAGCCTCCAGTTCCATCCATTTGCCTAAGAATTTCATAAATTCATTGTTTTTCATAGCTGAGTAGTACTCCATTATGTAAATGTACCACATTTTCTGTATCCATTCCTCTGTTAAAGGAAATCTGAGTTCTTTCCAGCTTCTGGCTATTATAAATAAGGCTGCTATGAACATAGTGGAGCATGTGTCCTTATTACAAGTTGGAACATTTTCTGAGTATATGCCCAGGAGAGGTAGTGCTGGATCTTCCAGTAGTACTATGTCCAGTTTTCTGAGGAACCGCCAGACTGATTTCCAGAGTGGTTGTACCAGCTTGCAATGCCACCAACAATGGAGAAGTGTTCCTCTTTCTCCACATCCTCATCCGCATCTGCTGTCAACTGATTCTCTGATCTTAGCCATTCTGACTGGTGTGAGGTGAAATCTCAGGGTTGTTTTGATTTGCATTTCCCTGATGATTAAGGATGTTGAACATTTTTTTCAGTTGCTTCTCCGCCATTTGTATTCCTCAGTTGAGACTGCTTTGTTTAGTTCTATACCTCATTTCTCTCTGTTTTGTTTTTTAAGATTTATTTATTATTATATGTAAGTACACTGTAGCTGTCTTCAGATGTGCCAGAAGAGGGCATCCGATCTCATTACAGGTGGTTGCAAGCCACCATGTGGTTGCTGGGATTTGAACTCATGACCTTTGGAAGAGCAGTCAGTGCTCTTACCCACTGAGCCATTTCTCCAGCCCCTATACCCCATTTCTTAATAGGGTTATTTGATTTTCTGGAGTCCAGCTTCTTGAGTTCTTAAGATATATATATATATATATATATATATATATATATAGGATATTAGTCCCCTATCAGATTTAGGATTGGTAAAGACCCTTTCCCAAACTGTTGGTGGCCTTTTTGTCTTATTGACAGTATTTTTTGCCTTACAGAAGCTTTACAATTTTCTGAGTCCCTTTTGTCGATTCTTGATCTTACAGCACAAGCCATTGCTGTTCTTTTCAGGAATTTTTCCCCTGTGCCCATATCTTTGAGGCTTTCTCCTCCCCACTTTCTCTTCTATAAGTTTCAGTGTCTCTGGTTTTATGTGGAGTTCCTTGATCCACTTAGACTTGAGCTTTGTACAAGGAGATAAGAATGGATCAAATCACATTCTTCTACATGATAACCACCCGTTAAGCCAGCACAATTTTTTTTAATTGCTCTCTTTTTTCCACCAGATCATTTTAGATCCCTTGTCAAAGATCAAGTGACCATAGGTGTGTGGGTTTATTTCTGGGTTTTCAATTCTATTCCATTGATCTCCCTGTCTGTCGTTGTACCAGTACCATGCAGTTTTTATCACAATTGCTCTGTAGTACAGCTTGAGGTTAGGCATGGTTCTTTTATTGCTGAGAAGAGTTTTTGCTATTCTAGGTTTTTTGTTATTCCAGATGAATTTGCAAATTGCCCTTTCTAACTCAGTGAAAAATTGAGTTGGAATTTTGATAGGGATTGCATTGAATCTGTAGATTGCTTTCGGCAAGATAGCTATTTTTACTATATTAATCCTGCCAATCCATGAGCATGGGACATCTTTCCATCTTCTGAGATCTTCTTTGATTTCTTTCTTCAGAGACTTGAAGTCCTTATTATATAGATCTTTCACTTCCTTAGTTAGAGTCACACCCAGATATTTTATATTATTTGTGACTATTATGAAATGTGTTGTTTCCCTAATTTCTTTCTCAGCCTGTTTATCCTTTGTGTAGAGAAAGGCCACTGATTTGTTTGAGTTAATTTTATATCCAGCTACTGTGCTGACGCTGATTATCAGCTTTAGGGGTTCTCTGGTGGAATTTTTGGGGTCACTTATATATACTGTCTTATCATCTGCAAATAGTGATATTTTGACTTCTTCCTTTCCAATTTGCATCCCCTTGATCTTCTTTTGTTGTCTAATTGCTCTGGCTAGGACTTCAAGTGCTATATTGAATACGTAGGGAGAAAGTGAGCGTCCTTATCTAGTCCCTGATTTTAGTGGGATTGCTTCAAGTTTCTCTCCATTTAGATTGATGTTGGCTACTAGTTTGTTGTATATTGCTTTTATTAAGTTTAGGTATGGGGCTTGAATTCCTGATCTTTCCAAGACTTTTATCATGAATGGGTGTTGGATTTTGTCAAATGCTTTCTCAGCTTCTAAGGAGATGATCATGTGGTTTTTGTCTTTGAGTTTGTTTATAAGGTGGATTACGTTGATGGATTTCCAAATATTAAACCATCCCTGCATCCCAGGAATGAAGCCTACTTGATCGTGATGGATGATCATTGTGATGAAGAATCACCTATCTTAATTTATGATTTTTTTATAATTTCAACACTAATAAGCAAATTAAAATTCATGGCAGTCTAGTGTTTCTAAGTTCGTGATTTATGGGCATCCAACCAATATTAATTGGTTGTCCTGATATATTAAATAGCAATTTTAAACTCAGACAGCTCAGGAGTTCTCATTTAGCCAGTAAAAATCGGAGTGTTTTCTTTCAACATTGTGCACTGCTAACCCCTCACCCCTCTCTCCTTCAG
Seq C2 exon
TGGTTCCATTCCTGCTGATCTGCTGTGATTGTGGAGGGGCCCCTGGTGGTGGAGCTGGATTTGAACCTGTTCCAGAATGTTCTGATGGAGCAATTCACACGTGGGCCATAGAAGGGCCACAGCCTGAACCCCACGAT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000061928-Dsg1b:NM_181682:11
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.640 A=NA C2=0.413
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0002812=Cadherin=PD(15.8=13.2)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs: