MmuINT0065308 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000039735 | Fnbp1l
Description
formin binding protein 1-like [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1925642]
Coordinates
chr3:122255054-122259488:-
Coord C1 exon
chr3:122259330-122259488
Coord A exon
chr3:122255069-122259329
Coord C2 exon
chr3:122255054-122255068
Length
4261 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GGGGTAAGT
5' ss Score
9.65
3' ss Seq
TTTTCCATTGAACTATTCAGTGG
3' ss Score
3.7
Exon sequences
Seq C1 exon
CCACAGTCCCCACCCTTAACCCCTACTAGTTTATTCACATCCAGTACTCCTAATGGGTCCCAGTTTCTCACACTCTCCATTGAGCCCGTGCATTATTGTATGAATGAAATAAAAACAGGGAAGCCCAGAATTCCTTCTTTCAGAAGCCTCAAAAGAGGG
Seq A exon
GTAAGTTTAATAATGGGTTGAAATGCATGATGGCCTAATTGTGTGTGTAGTGTGGCTTTTCAATACTCTCCACCCTCATTATAAGGCTCTCCTATAAAGACACAGTTTAAAATCACCACAGAATTAAGTATAGCTGCCCTCAAGTAAAAACAACTCCTCTTTATAACATTTGAAATGTTCAACCATAAAAAATGGTATTATAAAGAGGGTGCTGGGTACAGTCATATTTTAGCTTTTTTTGTTTATGTGAAATCATATGTCCACCATTGTCTTGTAATGTATTTACATTTTTAAGACTTTCAGTAATTTGTCACTGGAGTTGCTTTGTAATGATTTGTCACTAATGCTGACTTCAACAACTTTATAAAATCTTGTTTTGTTGACAGTAAAATGTCAAGCTTGTTTTTATGCCCTCTTATTTTCAGATGCATAAAATATAATTTCTAATACCTTAATAAAAAACTAAAAAGCCGATGTGAGTGAAACACAGCTTTATAATTCCAGTACCTGGAAGACTGAGGCAGGAGAATAGAATTTGAAGCTAATCTGGGTTACATATGAAGTTTAAAAGCAGTCTTGGTTATACAGAGAAATGATATCTCCAAAAGCAAAAATAATTTTAAAAAGATTAAGTATATTAAATACAGAATCTTATATATCAAATTAATATACTAAATGGTATTATTTAATTATAAGGCCTATAAAATACTTAGTTATTATTGAGCAATATTCATATGGAATTTATTTTCTTAAACTAAATATAAACCTTTTTACTGGAGTTTTCCTTTTGCTTTTTATTAATTGACCAGCCTTAGACATCTAGTTTTTTAATAGTACTCTGCAAATGAAAATGTATAGACTAGAAAAATTCAAGTGCATTGTCCCTTAGCAATGACTGTTACACTACTAATAAATTAATGGTACTTCATTATGCTAATAACTTTTGTTTTTCTTGGTTTTGAAGATTGAACCTAGGTCCTTGTGTATACGAAATACTTAATCATATCACTAAACTACTTGCCTGGCCTGCTACATTTTCACTTTTATGTTTGAATTTTAGGTAATGCTCTTAATTATACAGCTACAATTTAGATTAATTTATTGAAGTTTTTGGCCATTTGAAAGACAGGTGTGCTAACCATACATAGCATCAGATCATTAACAGTAATTAATATACGAATACTAACAGTAATATACAAATATTAACAGTAATACACAAATAGTGTGTTCTTTCTCTTTTCTTTTTGTAGCTTTTCCCAGAATTAAAGTGCATTTTAGACACCTGATGCTAGTAATAACAGACCAGCCCAGTGTATTAGCATCTCCTTCAACTTTTTTACCATTCAGCTTCACTAGCTGAGTGTGGATAATAGAGGCAAGTCATGACCCTTAGAAAGGCTCCTCACAGAGACGTTTATTCTTGTGTGAGAGGTTTATTTGGTATCTCTTTTGCCTTAGTTATGAGGTAGAAGTTTTAAGTTGCTTCTTATAGAGAGACATAGTAAATTTAATTATATGGAAAAAATAATGCAGTTTAAAACTATAAGGCCTGGAGAGAGAATCTTAAATGTGCAGTATTCTTATTGAACAATTTGCAGTTAGAATTTTACAACAGCAATACTTAAAAATGGTTAGCTTACCCATTATTAGGTTTATTTTCATATGTTGCTTTAAATTGTCACACATTGTTTTTATAATTCTGGAAAACTTAAATTTCCATGTCTTAGTTGCCATAGTAACTGACTAGCGGCTTAGAGGACAGAACAGGGAGGAAAGTGTTTATCTTTGGGATTGACATTTTTATATTTTGATTGATATTTCAAAGTTTACTGGATAATATTTGAAAACTAATGCTAGAGATAGAAATGTTTTCTTGGCATTCAAGAATTCCACAAAGAAAGTAGGCCTTAATAAACTGTTTTCTTAACATATATTTACATGGATTTTTTTAGTCCACTAAGCTTACAGTGTAGGTCTTTGGACAGCTTCTAGCTGCTGAGTTGTACTTTCAGTTCAGATGCTATTTTCTGTCTTGTTGGATATTATGTTTCCTAAGTAGCTTCTCTAAAACACATACATATAATAAACATATACATATGTTTACTTTTAAAGAAAAACTGGTATATGCAGTCTTATAATTACGGATTTGAAAAGTGTTCCATCAGAAGGATGAGTTTGAGTTTGACAGCTGTGCCCCTAGACCTGTTCCAAGGGGAAGGTTCTATAGTTGCCCTCTGAGCTCAACTTCTAAGTGGGGGTGTGGGAAATACACCCAAACTTGACTGCTTAATACACAAATTAGCCTTTTTCTAATCTCTATAACTACTTTCTTTTGTTTTCGTAGCCATTCCTTTTTAAAGTAATAGAATTACCTAGCTTATAATAGGAGTCCATATTTGTGTCTTAATTATACATAATCCTACAGAGTTCAGAATACAGCTCCCGGGGTTTTGGCCTTTGTTAAGATGACACAACCTGAGTGTTTTCATTCCTTTACTTAATGTTAGTTCTCCTGTATTTTGCACGACCTTAAGATGTAATGGTTATATGAAGTTTTCTAATTTGTAAACTATTTCTATAAGAAAGTCTGATACTTTTACATTGAACATGTATTAAAACCAGATTTATGTTGTTCTTCTTATAGAGAACTTTTTCAGTGAATTTAAATTTATTTTCTACTTAGTAAAACTAGATAAGCTAAAATAGAAACATATGCTATTTCAGCTATAACTACCCTATTTTCTCTAAAAGATTAAAATACAAATTAGGAAAGTAATTATATCACTCAGTAGTGAAAATTAGTGTAAAAGATAAGGCAACTCAGTTAACTATTTTATTCCTTGTCATATTCAGTTTTGTTAGTGTTTAATAATACTATTGATATCTTTCCTTAATTACCTGGTTTTCTTACTATGAATTTTGTGATAGCAAAATAAAATGATTTTTTCTTCTTTAAAGTACTGACAGTCTAAAGAATGTTAAGCGTAGTTTAGAAAGACAATGGATAGCAAATGTCATCTTTTTGTCATGATCATTAATAAACATGGCCAACTCATCAGAGATAAGGGGTAGATATTTTTGCTAGATATTAATTAAATTTCTTTAAATTTTTTATGTGAAAATTTTATCTGACATATATTATCTTTCTTTAAATAAATTATGATTTAGAAAATAGGGACTGTTTTATTTTTTTATGAGGGATACTGAGGATTAAACCCATGGCCTTGCACGTGTGAGGCGAACGTCCACCCCTGACGTGTGTCTCCAGAGCTCTGCATGAAGGCATTTTAAGACTAGCTAAATGTGCTGAGTGTGAAAATTTGTAAATTTTGATGAATATTCTAGGCCACTGTGTGTATGTGCACTTGTGTGTGTGTGGTCCTGTGTGATACATTCTGGGCCATTTGCAGAATCCTGGTGTCAGAATGGTGTGTGATATGTTGATTCATAAGAGGACCCATAGTTGATCTCTTCAGACTCTGCTCATGCCGTGTCTTCTGAAAGGGTAACTCTGGATTCTGGTTGCCAAAGGGTGAAATTGTAAATTTAGGGCAATTTTTCAGGCACGTTGATTTCAGAATAAAACCTAAAAAATAGAAAACTCAAAGCAAAACTCAATGTTTGAGCCTAATAATATAGAGAGAATTTGATACTGAGTACCTCATTTGTTATTTTTATTTTTTAAAAAACAACACCATAAGAATGTTACCGTTACCAAACTTTGATATATTTAAATCCAAAATAGTGTTTAGATAATGAAACTTCAGGAAATCATGCTTTCTGTGAGGCATTGAGAAGGACATTTTGGATTATAAAGATTTCATAAATTTCCTTTTAAATGGCTAACATACGATCTTTTTCAGTCAGCACATTTCAAATATCAGTGCTTCTGAAAATGAACAATCTGAGTAAGCAAACACCTTCACAACAGTCTCCTTAAAGAGAACACAGGACGGCAGGAGATGGACTTGGTTTTGAGTTTTAGTAAATTTAGAAAATATCTGCCCATTATCAGTGTGTGCTTTCCTTTTTTCTTCTTCTTCCTTTTTTTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTGCGTGTGTGTGTGCAAGCAATTTGCTTTCCCAAATGTGCTTACATTTTTTTTTCTGGCATAATTGTTTGGATTGTAAAGTGTACATAATTTATTTTAATACTGTAAAAAATATGGGTTATTGCATCTTCTGTATTATGATTTCATGTGAATAATTTACCATTTCTTTCTGTTTTCCATTGAACTATTCAG
Seq C2 exon
TGGTCGATGAAGATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000039735-Fnbp1l:NM_001114665:10
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.318 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs: