MmuINT0076142 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000026874 | Hc
Description
hemolytic complement [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:96031]
Coordinates
chr2:34905924-34912955:-
Coord C1 exon
chr2:34912763-34912955
Coord A exon
chr2:34906087-34912762
Coord C2 exon
chr2:34905924-34906086
Length
6676 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACAGTATGT
5' ss Score
6.05
3' ss Seq
GTTTGTTGTTACTTTTACAGCTA
3' ss Score
8.77
Exon sequences
Seq C1 exon
CTACGTCATTTCAGCACCCAAAATCCTCCGGGTCGGCTCGTCTGAAAATGTGGTAATTCAAGTCCATGGCTACACTGAAGCATTTGATGCAACTCTTTCTCTAAAAAGCTATCCTGACAAAAAAGTCACCTTCTCTTCAGGCTATGTTAATTTGTCCCCGGAAAACAAATTCCAAAACGCGGCACTGTTGACA
Seq A exon
GTATGTATTTATTCCTCATTTTTTTAAAAAAATATAATTTTTGGTAAAACTTATGCAGTCTGAGCATTGATAAAATTATATTCTTTAGCGTTCTTCTACAACTGTGGGGTTACAAGATGGTTAACAGTCATTAGTGATGAATGAAACACAAGGCTCTGAACAGAAAAATTATATTTGATTTTGTAATGTGCCCCATGTCCACGTCCTTAAAAATAAAATATTTTCTATGAGGACATCTGGAGATGAACTGAAAATACTTTTAAAGTAAAAATTAGAAATGGAAAAATAGGAATTGAACGTGCATATGACCTGTAGTATATTGCTGGATGCTTGTTGATTACTTGTTAAACTTTACCATTCTAAATTGTGCATATAGTTCCCCATGCTATGGGCTGTTGACGTCTGTAGCCAACAACTCTCACTGAAAACACAAAGAGTTAAAATAACAAACCAATCAAATAACTTTTCATTGAGACATTTTAGTCCTGATTGGTTAGAAGTAAGAGTTCAACTCTTTTTTTCTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTTTTGAGCATGTTCACTGTGGATACTGATGGGTTTATATAAACAAATTCTTTTAAGTATGTCATGTGCTTTGACCACCGAGATCTCTCTCAGCCTCTCCTCCTCCTCCCTTCTCCCCCTCCCACTCCTGCTAGCTTGCTTCCTTGCCAAGTCTCCCTTCTATTTCTTTATGTCAGTGTGTATGTATACCTGTGTATGCGTCAGTGTGTGTGCACATGTGCAATGTCCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGAGAGAGAGGGGGGGGGAGAAAGAGAGAGGGGGGGGGGAGGGAGGGAGGGAGGGAGGGAGGGAGGGAGGGAGGGAGGGAGGGAGGGAGGGAGGGAGGGAGGAAGAGAGAGCACGCACAAAATCTAGGACCCACAATAACAGAAAACATACAAACATGCATGTTTCTGAGTCTGGCTTATTTCATTTACTCTGAAGACCTCTAGATGAACCCATTTTCCGGCAGTTTTATCCTTTGTGGCTGATTAAAACTCCATTGTGTGTATATACTGAAGTTTCTGCATCCACTTATCTGTTGATGGACAAGCAGACTGGCTCTGAAGCTTGGGTACCGTGATTGGCGCAATGATAAAGGCGGACATGGAAGCACCTCTGTGGCATGTACCCCTCTTGGTATATACCAGAGCACTGTATCTGGTTATCCCCCTCATAACTCTGTTTTTAGGACCTTCCATACTGCCTTTCCTAGTGACTGCACCTATTCATGTCCCCACTGGCAATATCTAAGTTCCATTTCCATACACCGTCACCAGCACTGATTGCCTTTGTTATCGTTTGGATGATAGCTGTTCTTACTGGAGAGAGATGGACTCTCAATCTCATTGGCATCTCCAGATGGCCAAGGATGTTGAACAGATTTCCATAGGCTCATTAGTCACTTGTGCTCCATTGTTTATGAGCTGTGTCGTCATTTCAGTAGCCAGTTTATTGCTTAGGTTGTTTGGAGTGTTTTTGTTTTGTTTTAGTACTTAGTTTTAGAAAGTTCTTTTTTTTTAAGCTTTTTTAAAATTATTTATTTACTATATGTAAGTACACTGTAGCTGTCTTTAGACACCCCAGAAGAGGTTCAGATATTATTACAGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGATTTGAACCCAGGATCTTCAGAAGAGCAGTCGGTGGCTCTTAACCACTGAGCCATCTCTCCAGCCCCTGGAAGTTCTTTATTCTAGATGTTAATTCTCTGTCAAACAAATAGCAAAAAGATTTCTTCTGTTATGTAAGTCACTTTTTCTCTTGTTTTCTTTGTTCTACAGAAAAAAAATTAATTTTTCAACTATGTTTGTTAGTTCTGGGTATTGTTATTTCCTGAACTGTTGGGGTCAGTTTGTTTCTTGTTTTTCTGATTTATTGTAATACAGGTTTTCAAAGTTTATTCTAGTGGTCTCTGAAGTTTGTTAATATCTGTAGTAATGTCTGCACTTCATCTCTAGTTTTAGTTTGCCTATTATCTATCCATCATCTATCTATACCACCTACCTATGCATATGTGCATAATCTATCATCTATCTTTCATCTACCTATCTATATGTGCATAATCTATCATCTATCTTTCATCTACCTATCTATATGTGCATAATCTATCATCTATCTATAAGTATGTAATCTATCCTCTATCTATCTAATCTAATATAGCTAAGAGTTTATGAATCTTGTTTTTAGATTAATTTAATTTCAATTGCATGACTGCGTCTTTGGGAGTGGGTGTGTATGTAGCATGAATGCTGGAGCCCACGGAGGTCACAGGTGGCTGTGAGCCCCCTGACATGGGTGCAGGTGCCCATCAGGTCCTCTTGCAAAAGCACTCCCCGCTCTTTCCCCTGAGCAATGGCTCCATCTGAGGCTCATCTCTTCAGAGAAACAAGTCATTCATATTATTCATTTCTTTCCATCTGCTTATTTGAGGTTTGTCTTGTTTGTGTTCTTTAAGAATGTAAAGTGCATCGTTATTTGTGGTTTCTGGTGTTTTTTAATGTTGGCATTTATAACTCGAAAGTTCCCCTCAGAACTGCTCCTATGGGTATCCTCCAGGTTATTTTTTTATGCTTTATTTCTATTTGATTCTTGGAGCGTTTTCATTTCTCTCCTGGTCTTTGATGACTTGTTCACTAGTCAGTGATGTGTTGTTCAATCTCCGTAACTGTGTGTTTCCTATAATTTCTCCCACTACCAACTTGCCATTCGAGTCCACTGTCATTGGACAGAATACAAGAAATCATCTCAGCCTTTTTATTTGGCTAGATATGCTCCATGTCCTAAAAGTGGTGTGTTTCAGACAAATTTCTACGCGTTACTGCAAAAAAAAAAATAAGTTTTCTTCAGTGCTTGAGTCGAATATTCCATGGATGTTTTATTAAATCCATTTGACATAAAATACCATTTAAAAGCTGATGTTTCTCGGTTGATTTGGGGGCGGGCTCTGGTGAGGGTATGATACTGAAGACATCCTTATTACTGTCTTTATGTCGGTCTGTGCCTTCATGGGGGGTGCTTGGCTTATGTTTTGGGTGTGCTCATGTGCAGCGCACATATGTCTAGGACTGCAATGTCTTCCTACTAGATTGTTGCCTTAACTGATACCAAGTAACCTTCCCATCTTTTTGGCTGGTTTTTAAGTTTATTTGTTTCAGGTATCACGGTAGCTGCACTTGCTGGTCCAACTGCTTGGAATTCCTTTTGGACCCTTCCACTCTAAGACAGTTTTGTCTTTGCCAGGAAGGTGTGCTTCTTGCAGCCAACAAACCGAGAAGTTCCACGTTTAAGATCACTACACAGTGCTTTTTGATTGGAGATTAAGACTACTGACATTTAGAGTTATTATTAAAAGTTGTATTAGTAAATCTTATTGTTTGGTGCTCTCTGGTCCTCATTTGAGAATTACTGTCCTAGTGTGCCTTATTCTTTCCTCTGGTTTAATGTTGTATCTTTCTCTTCGTGTTGAAGGATCCTTTCAAGTGGCATCTAGGATATTGACGTGATCACAAACTCCTTTAGCCAGGGTTAACTGTTGGGAGGTTTTCTTACACGTTGGTTCTGAGGGATACCTTTGCTGGACATAGTAATCTGGTTTAGCAGTTGTCTTTCACAGTTAAAAATGCATCACCCCACACTCTCTGGGCACTTGGAGTTTCTCCCGAGGATGCTGCTGTTACTCTGTGTGCTTTGTTTTTATAAATGCTTCTGTGTTTCTGACTTGCACCTTTCAGTCCTGTCTTTGTTCTGTGTATGTGGTGTTTTAGCTATAGTATGCTGTGGGGAGATCCTTTTCTGAGCCAGTGTATCTGGAATATTAAATGCCTCCTGTGCCCAGAAGTCCATCTCTTTCCCTCGATTTGGAACTTGTTCCATTCTGATTTTGTTGACTATGTTTTCTAGGCCTTTAGCTTGAACTCATCTATTCCCACGAACAATAACTTAGTTTTTTTTTCGTGGTGTACGTTCTGTTCACATTATTATTTTATTATATTCATTATCTGGCCGTGCTAAGTTATCTGCATTGCCTTAAATCCACACCTTCCACTTGATGCACTCTATGGATAGTGTTCACCTTGAGTTTTTAAATTCATCTTATTGATGTTTTCATTTCTGGATTTCAGTTTGATTTTTTACTATTGCTTTTTATTGATTTCCCCTTTCATATTGGCTTCCTTATTTCAATTCATATTTTTTGTATTCTCTTATAATTCATTCAGGAATTTATTAATGTATTTTTGAGTTCATTGACCATTTTTATAATCATTTTAAATTCTTTGATTCTTCATCTAATTCCCATTCACTGGGACCCATTTCCATGGCTTGGTAATTTGGGGTGAGTCATGTCGTGATTTTGTTTCTTTTGTTTCTGCAATTGGATTTAAGCAACTGGGATTAGGTCTCTGGTTATATTTTTTAAAATCACCTCTATTTTTTTTTCAGTTAAAATATTTCCCCCTTCAAGGGGGACTAAGTCATAGTAGGACTGAGCTGGCATTCCTCCAACTCTGGGCTGGGGACATAGCCCAATGGCTACACTCTCAGCCCACACGCTCAGGGGACCAGACAGAGTCTCTGCTGCTGCTCTGAGAGTAGAATTTTAACTGCAGAAGCACCCACAACTGATAAGCAGGCCTGTTATGAAAATGCAGTGAACGAGTTCTTACTGTATTCAAAACAATCACCCTTGCAACTCCAATGCTTTTAGGACAAAGAAGGATCAAGGACAGAATAGTGTCTATAAGTGTAAGAATGGGGAAGAAATATTAGTTAAAGCGGCCTTGAGTTAAGTCAAATGAGCTGTTAACATTAAAACATCAAGGGAAGATGGAGAGAGGAGTAAATGAAGATCAATGAAGGCGACGAGAGGAGTGAAGCAGCTCCAGTTAGAGGTGGAATGAAAACAGAAAGGATTT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Seq C2 exon
CTACAGCCCAATCAAGTTCCTAGAGAAGAAAGCCCAGTCTCTCACGTGTATCTGGAAGTTGTGTCAAAACACTTTTCAAAATCAAAGAAAATACCAATTACCTATAACAATGGAATTCTCTTCATCCATACAGACAAACCTGTTTACACGCCGGACCAGTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000026874-Hc:NM_010406:2
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0183514=A2M_N=PU(16.8=29.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: