RnoINT0027406 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000018899 | C5
Description
complement C5 [Source:RGD Symbol;Acc:2237]
Coordinates
chr3:14216636-14225323:-
Coord C1 exon
chr3:14225131-14225323
Coord A exon
chr3:14216799-14225130
Coord C2 exon
chr3:14216636-14216798
Length
8332 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACAGTATGT
5' ss Score
6.05
3' ss Seq
TTCCGTGATTATTTTTACAGTTA
3' ss Score
6.47
Exon sequences
Seq C1 exon
CTACGTCATTTCAGCACCCAAAATCTTCCGGGTCGGATCATCCGAAAATGTCGTAATTCAAGCCCATGGCTACACCGAAGCCTTTGACGCAACGATCTCTCTGAAAAGCTATCCTGACAAAAAAGTGACCTACTCTTCCGGCTATGTTAACTTGTCGCCGGAAAACAAATTCCAGAACTCAGCACTGTTGACA
Seq A exon
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Seq C2 exon
TTACCGCCCAAACAATTTCCCAGAGATGAAAACCCAGTCTCTCACGTGTATCTGGAAGTTGTGTCAATGCACTTTTCGAAATCGAAGAAAATACCAATAACCTATGACAATGGATTTCTCTTCATCCATACAGACAAACCTGTTTACACTCCAGACCAGTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000018899:ENSRNOT00000025534:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.003
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0183514=A2M_N=PU(16.8=29.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]