MmuINT0095643 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000038696 | Mapkap1
Description
mitogen-activated protein kinase associated protein 1 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2444554]
Coordinates
chr2:34389308-34418682:+
Coord C1 exon
chr2:34389308-34389417
Coord A exon
chr2:34389418-34418574
Coord C2 exon
chr2:34418575-34418682
Length
29157 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGCGT
5' ss Score
9.73
3' ss Seq
CTGCCCCTTTGATCTTCCAGGCC
3' ss Score
11.02
Exon sequences
Seq C1 exon
AAATGCTGCTCATGGATTCTCCCTTATCCAAGTAGACAACACAAAGGTCACCATGAAGGAGATCTTGCTCAAGGCAGTGAAAAGAAGAAAAGGATCCCAGAAAATTTCAG
Seq A exon
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C1=0.046 A=NA C2=0.162
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF054227=SIN1=FE(12.1=100),PF054227=SIN1=PU(1.6=5.3)
A:
NA
C2:
PF054227=SIN1=FE(12.5=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: