MmuINT0096184 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000037236 | Matr3
Description
matrin 3 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1298379]
Coordinates
chr18:35731497-35737273:+
Coord C1 exon
chr18:35731497-35732589
Coord A exon
chr18:35732590-35737211
Coord C2 exon
chr18:35737212-35737273
Length
4622 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGT
5' ss Score
10.47
3' ss Seq
ACTAATTTACTTTGCTGCAGGAG
3' ss Score
7.23
Exon sequences
Seq C1 exon
AGTTGTCTGCTGGTTCTCAGCTTGAAGAAGATTCTACAGTCCTTATTGATCCTTTTTCTTGGCGTTACCATTTTTGAAGCAAAGTTAACCTAGCTTTCTAGCTTGAGCTTTCTTTTTGGCCATCTTTTAAAACTTTTTTTTTTTTTTTTGATCTATAAAATAGACAAGAGATAGTTCTACAATGTCCAAGTCATTCCAGCAGTCATCTCTCGGTAGGGATTCACAGGGTCATGGGCGTGACCTGTCTGCAGCAGGAATAGGCCTTCTTGCTGCTGCTACCCAGTCTTTAAGTATGCCAGCATCTCTTGGAAGGATGAACCAGGGTACTGCACGCCTTGCTAGTTTAATGAATCTTGGAATGAGTTCTTCATTGAATCAACAAGGAGCTCATAGTGCACTGTCTTCTGCTAGTACTTCTTCCCATAATTTGCAGTCTATATTTAACATTGGAAGTAGAGGTCCACTCCCTTTGTCTTCTCAACACCGTGGAGATACAGACCAGGCCAGTAATATTTTGGCCAGCTTTGGTCTGTCTGCTAGAGACTTAGATGAACTGAGTCGCTATCCAGAGGACAAGATTACTCCTGAGAACTTGCCCCAAATTCTTCTACAGCTTAAAAGGAGGAGAACTGAAGAAGGCCCTACATTGAGTTATGGTAGAGATGGCAGATCTGCTACACGGGAGCCACCATACAGAGTACCTAGGGATGATTGGGAAGAAAAAAGGCACTTTAGAAGAGATAGTTTTGATGATCGTGGTCCTAGTCTCAACCCAGTGCTTGATTATGACCATGGAAGTCGTTCTCAAGAATCTGGTTATTATGACAGAATGGATTATGAAGATGACAGATTAAGAGATGGAGAAAGGTGTAGGGATGATTCTTTTTTTGGTGAGACCTCGCATAACTATCATAAATTTGACAGTGAGTATGAGAGAATGGGACGTGGTCCTGGCCCCTTACAAGAGAGATCTCTCTTTGAGAAAAAGAGGGGCGCTCCTCCAAGTAGCAATATTGAAGACTTCCATGGACTCTTACCGAAGGGTTATCCCCATCTGTGCTCTATATGTGATTTGCCAGTTCATTCTAATAAG
Seq A exon
GTGAGTTAAAGCAACAGATGCTTCTAATTTCTTTTACATTGTAGTGCCTATTCTGTATTTATCTATATCTTTTACTCTAATTCTGTAGTCTGATGACATTGAGTTGATCAAAAATTGTTATACTTTTGAGAACACTATTTGGAAGGTAATTGTTTTTGAACAATATAAACCAGGGCTTTACATTAATAATACAATCTACCTACAATGCTTCTTGCCACAAAGCTGTCATCCACTGGAATTATCTTGATGGTTTTTTTGTTTTTGTTTTGTTTTTGGGTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTGGCATCAGTATGTTCTTCTTAATCATATTTAAGCAGGCTTTTTTCTCCCCCAGTCTGCTTTGTTGAATTGTTTTAAGCATTTTTCCCCCTGAAGTCAATGTGCTTTCCATTTAGGATGCTAGATTTCAGCTTTCCATCTGTCTTGATTGCTGATTTATATGTAGTCAAATATATATTCTTAGACAATTCTCTTTTTTCCTTATCTGTGGCTACAGGGAAAGAGTTAATGTAGAGCCCTGGTGTGTGTTCAGTGTGTTTCATATTTTAGATTAGTTCATTCTTCCGTTTTTAATTTCCCTTTAACACAAACTCTCATACTATGACTGAAAATTTTCATCATTTTTTTTCTCCTTTTCCACAACTTCCTTAAACATATTCAAAGCTCACTTTTTATTATCCCATATTTATTGCATCTGTCCCTTTAGAGACTCTGATAAATCATTGACTACATTATTCTGCTCTGTGTTCCTTGTTTTAAAAAAAAAAAAACCTCTTTCTGATTTAGGCTTATTGTACTTCTGGTGTAGTCATTTGTGGGGGGAAAGAAAACCTAATTCTCCTTTAATTATCACATCTGGCAAAATGGAAACCATTTCAAAATGCCCTTTTAAATATGTTGTCCTTCTCTTTCAACTTTTTCAGTGTTAACTCATTCTCATGGGGTTTTAAAATCTATTTTTCAGTATATATTAGAGTTGACTTAAAGTCAATGGTGCTGCAGCACCCCACTAGCTTGTTCTATAATCTATGACCGTCCATTTCCCCGATGTGCTTAACTGGAGTAAGTGCTACCATGAGATTGAGTTTTATGGTTACTGTTACAGGGTTTTTCTTTACAGCAACATCTGAGACATTTTCTTTTCATAATCACTTTCTTTTAACTTTTTTTTTTTTTTTTAGTGTTTGACTTTTTTTAAATCCACCTGTTAACTTTTTTTTATGTTTTATTCTCTTTTCTGTGATATAGATCCCAGCATTTTTATCTTTTAATCTTTTATCCTATCTCGAATAAGTTACCATAAGTGCCAAATTTAGATTTGTAGGGGTTTTTTTGTTTTGTTTGTTTTTTTAAAGAAGTGAAGCTGCCAAGGATGATAGCTCACTCCTGTAATCCCAGTACTGGAGAGGCAGAGACAGGTGGATCTCCAGGCCAGCCTGATCTCCAGGCCAGCCAGGGCTATATAATGAGAACCTGTCTCAACAAAGAAAACCTAGAGTCAACATATCTTATTTGTTAGACAGTTTTATTAAAAATAAAAATAAAATACATTATTTATTTAGAATTTTTTAGATATACTAAATATGCCATGGTTTTTCTCTTTACTAAACTTTTAAGATTTAGACTAGTGTAAGTTCCATTAAATTTGATTGACTTCTATATTATATTACCTCTTCACCTCTTTACCAAGCAGAAATTACTTGACTGGTATTCTCAGAAAAGATCTCTAAATTTTAAGGGAAATAGTTACATTGATCAAATGAAATGATCTTAAAGAACTGTAAATCTTTGCAATTGGAAGAAAGGAACATAAGAGGATTGTCAGATAAAAGCTTATGTTTTGTATAAGGCTTTTTTTCCCTCCAAATTTTACTACTTTCTAGTTCCTAAAAAGGCTAATAATTTAAATGAATCTAAATTAACAAAGGAGCAGTTTGAAATACTTGCTGACACTTTGGATTGAGGAGTGTTTTTAGCCTATAAAAATGCTTGGTTTCTAGTTAGTTTTTCATACTCTTAAATATTAGTATATTCAATTTTTGCTTAACCATTGAGTTTACAAAATTTGTGTTTGTAGGTTAGACCAATTGGAACAAGTTTTAAGGATGTGGATTTTCTAAATGTTTTATAGCCTCAATTTAGCTGATGTTTTCTGTGTATCTGCTTCATTGAAAAGGCAATTATTTACTTCATCAATAAAATGTGGACAGATACAAACTTCTTTAAAAAGAAAATCTTGACATAAACAATGAAAAAAGTTAAGTATCCTGCTCTCTGGTATCACTGCATAACTTGGAAAATCTGTTGTTTTCACTAAAGGGTAATGTTGAATAGCCTACATTATACAAAGTTCACATGAAAAGCAAGTAACTTGTCAAGATGGAGTGCCCTTATTTTCTATTTTTAGGGAATTTTTAAGTAATGGTCTTCTTTGACTTCTTTCTAAGGTCATTTTAGAACATAAAATAGCATGTAATCTCAAACTTCTTTCAACTTATAGAAAATGCCCACTGCAGCATTTTTGTCTTATGACTTGAGGTTCTTTTTTTTTTTTTTTTCCTTTTAGTTAGGTCTTTAAATTACATTCTATTCTGTCTGTACTTTGGAGATGCTTCTAGAATGATTATTTTACAACTTACATAATCAAGAAGGTTTTTTGTTTGTTTGGTTGGTTGGTTGGCTTTGGTTTTTTGTTTGGTTTTGGTTTTTCTAACCATTGGAATCTTAGTCTTCATTTTAAACTAGACAGTAAGAGATTAGGTACAGTAGAGCTGATTTATGATGAATGGGTGGGAGGTGTGTAACTAAATTTCTGATCTTGGCCTTCTTTTTAGTGCTTGAAAAACCAGCCACATTTTTTACCATAACCTTGAAACTTAAAGGACATGGGGGATTGGATATAATTTCTTTTCAGCTCTGTGTCCTTTCTATTTCCTATAAATTCAGAAGCATGCTTAATATGATAGCATTCTTTTCCTAAAACACTGCTTCTTAAGGATCAATACTTGTATCTGAAATTGTTCTGAAATTCTTTAGGTTGATGGATTTGTTTGTTTAGTGCTTTTTCCTGAATTTGGTGAATTTACCCATGGCGCCTCTTGCTTATAGCCATTTTTAAAATGGCTTTCAGTAATGGTCTGTTGTGTTGCAAGTAGAAACTATTGTATAACAGCAATAGAAATCTCTCAAGTTTCTATTAGCTATAACTTTTGAAAGAATATAGTTTTCAGAGTTACTAAGGATAGTAAGTAGTTGATAGCACCTCACATTCTAGCATTATTTTGTTTGGCTACGTTCCATTTCAGTTCTTTCACGGGGTTTTAGTTAACTTTCTTAGAACATAAGATATAAGAAGACTGTAACAGATAAAACTTAGAAATTAACATCCAATTATAAAGCTTCATTTTGGGCTTTCATAAAAGGCAAGTTGTGTCAATTGATGCTATATTTTCGTATAGCTGAAGCTCTCTAATCCCAATTTGAGAAAATTACATTGCCTGCCCATGTTTATATTCTATTTAGATCTTTCAGGAACAGTGCCTATTTTAGAAATTGATTGATTTGAGGGAATTTGAAAAGTTAAAACAATGGATTTTTAAAACAGTGCAGTATAGATGACCTCATATATTTGGGAGGGTTGTGATGGTTTACCTTTATTAATTTGTACATTTTTCACCATAGAAGACTTCTCTTGTAGTGAATATAAATAATTTAAACTTAGGAAACATAGCTAATTATGTTGTAATTTAGGAAATAAGCGGAGGCATTTTGGTGGCGAAGCCCACCTTAACTATTAATATTGGATAAAAAGTTAAACTGGATTTTTTTCCCTAGAGATAGGGTAATTAATTTGAATCAAATAAATTTAGTTAATGCTTTATATTTTAAAATAGATCTCAAAGAAGAAAATATTGATGGAATACATTGTTTTCTTCAAATTTGGGAGAAAAAGACACGTTAAAATTCTATTTTAGGGAAATATGGAAACTTAAAATTTTGATAAATGGGGACCATTTCTTAGATAAGCCATTTACATTAAATCATGTTGGCCTTTTTTGACAGTGCTTTTGTTATTGTTGTTGAAGTTTTGTTTAATTTTTGGTTTGGGGGGGTTGTTTTGTTTTTGCTATAGTAGAAAGTATAGTATATTTGGAATTTGTCTAAAAGGCTATATGAAATTAAAGATTGAACTCTTAATTATTCACACACATTTTCTAGAAATCTAGATATGTGGCTATTTGAACATGCAGAATATTATTAAATATCAGTTCTAATAACAGTGGATACTTGAGCTTGGTCCACAGCTGAGTGCTCAGCTGACCTAAAGGTCCATTACTCTTCTTGATCTTTCCTGTCTACATCTTTCCATTGTCAGGTCTCAATTATGTTGACCAAGTTAATCCAGTTTTTCCAAGAATGCATAGAGTATTTGAGGGCAGGATCAAGCTTTAAGGACTCAGGAATTGTTTTAACATAAACCAATATGATTTTATACATCAGGAAGTGTTCATACAACCTGATACTGCATAAACATTAATTTAATGGTTCATATAAAGATTTTAGCTATTAATTTTTGTTAATTCTACTAATTTACTTTGCTGCAG
Seq C2 exon
GAGTGGAGTCAACATATCAATGGAGCAAGTCACAGTCGTCGATGCCAGCTTCTTCTTGAAAT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000037236-Matr3:NM_010771:2
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.682 A=NA C2=0.286
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: