HsaINT0100295 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000015479 | MATR3
Description
matrin 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:6912]
Coordinates
chr5:138642928-138650425:+
Coord C1 exon
chr5:138642928-138644016
Coord A exon
chr5:138644017-138650363
Coord C2 exon
chr5:138650364-138650425
Length
6347 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGT
5' ss Score
10.47
3' ss Seq
ACTAATTTACTTTGCTGCAGGAG
3' ss Score
7.23
Exon sequences
Seq C1 exon
AGTTGTCTGCTGGTTCTCAGCTTGAAGAAGATTCTGCAGTCCTTATTGATCCTTTTTCTTGGCGTTACCATTTTTGAAGCAAAGTTAACCTAGCTTTCTAGTTTGAGCTTTCTTTTTGGCCGTCTTTAAAAAAATTTTTTTTTTTAATCTATAAAATAGACAAGAGCTAGTTCTACAATGTCCAAGTCATTCCAGCAGTCATCTCTCAGTAGGGACTCACAGGGTCATGGGCGTGACCTGTCTGCGGCAGGAATAGGCCTTCTTGCTGCTGCTACCCAGTCTTTAAGTATGCCAGCATCTCTTGGAAGGATGAACCAGGGTACTGCACGCCTTGCTAGTTTAATGAATCTTGGAATGAGTTCTTCATTGAATCAACAAGGAGCTCATAGTGCACTGTCTTCTGCTAGTACTTCTTCCCATAATTTGCAGTCTATATTTAACATTGGAAGTAGAGGTCCACTCCCTTTATCTTCTCAACACCGTGGAGATGCAGACCAGGCCAGTAACATTTTGGCCAGCTTTGGTCTGTCTGCTAGAGACTTAGATGAACTGAGTCGTTATCCAGAGGACAAGATTACTCCTGAGAATTTGCCCCAAATCCTTCTACAGCTTAAAAGGAGGAGAACTGAAGAAGGCCCTACCTTGAGTTATGGTAGAGATGGCAGATCTGCTACACGGGAGCCACCATACAGAGTACCTAGGGATGATTGGGAAGAAAAAAGGCACTTTAGAAGAGATAGTTTTGATGATCGTGGTCCTAGTCTCAACCCAGTGCTTGATTATGACCATGGAAGTCGTTCTCAAGAATCTGGTTATTATGACAGAATGGATTATGAAGATGACAGATTAAGAGATGGAGAAAGGTGTAGGGATGATTCTTTTTTTGGTGAGACCTCGCATAACTATCATAAATTTGACAGTGAGTATGAGAGAATGGGACGTGGTCCTGGCCCCTTACAAGAGAGATCTCTCTTTGAGAAAAAGAGAGGCGCTCCTCCAAGTAGCAATATTGAAGACTTCCATGGACTCTTACCGAAGGGTTATCCCCATCTGTGCTCTATATGTGATTTGCCAGTTCATTCTAATAAG
Seq A exon
GTGAGTTAACTCAACAGATGCTTCTAATTTCTTTTACATTGTAGTGCCTATTTACCTATATCTTTGACTCTAATTCTGTAGTCTGATGACATTGAGTTGATCAAGCATTTTTAAACTTTTGAGAACACTTACTTTATTTGGAAGGTAATTGTTTTTGAGCATTTTAAACCAGGGCTTTACATTAATATATTCTGCCTAGATTACTTCTGGCCACAAAGCTATCATCCACTGAGATTATCTTGTTGGTTTTTGGCATCAATATGTTCTTCTTAATCATATATTTAAGCAGGTTTTTTTTGTCTGCTTTGTTGAATTGTTTTAAGTATTTTTTTTGCAGTCAATGTGCTCTGCCATTCAGGATGCTAGATTTCAGCTCTCCATCTGTCTTGATTGCTGATTTGTATGTAGTAAAGATGTATTCTTGAACAATTCTCTTTTTTTCCTTATCTGTGGCTACAGGGAAAGAGTTAATGTAGAGCCCTGGTGTTTGTTTCAGTATGTTTCATATTTTAGATTAGTTCATTCTTCCTTTTTTAATTTCCCTTTAACACAAACTCTCATACTATGACTGAAATTTTTCATCATTTTTTTTCTCCTTTTCCACAACTTTCTTAAACATACTTCAAAACTCACTTTTTATTATCCCATGTTACATCTGTCCCTTTAGAGACTTGGACAAATCAACTACTACAGTATCCTGCTCTGTGTTCCTCATAAACAAATTCTTTTTCTGAGTTAGGCTTAGACTTCTGAAATAGTCATTTGAAAAGAAAATCTAATTCTCCTTTGCTTTAATTATCACATCTGGCAAAATGGGAACTTTTTCAAAATGCCCTTTTAAATATGTTGTCCTTTCTCTTTCAACTTTTTCAGTGTTACTCATTCTGACTTTTTTTCCCCCAATATATGGTGCAGTTGACTTAAAGTCATTGTTATAGCACCCCACTAGCTTGATCTATAATCTGTGACCGTCCATTTTTTCCTGATGTGCTCTACTTAACTGGAACAAGTTGCTGCCATGAAATTGATTTGATGGTTACTGTTACAGGGTTTTTCTTTACAGTAACATCTGGAAGGGTCATTTTCTTTTCATAGCTAATCCTTTGATAAGCATTTTTTAGTAAATGAGTATGGATTTTTTTTTAGTAGACTAAATCATACCATTGTTTTTAATATTCTGTTAAAGAGTATTACCAGTCACTCCCTTTCCTTGTGTTTGGATCTCAGTATTTTTGTCTTTTAATCTTTAATCTGTACCAAAGTAAATTAACATAAATGCTAAATTTAGGTTTATTTAAACATTTAAGAAGATGTATTTTCATTAAGAAATACAACCCCAGACTCACAAAAGCCAGCAAATTTTAATTGGTATATGTTTTGGGTGTTACCTTTTCCTAAATTTGTTGGCTCTACTAAATATATCATGGAATTCATTTTAGTTTCTGATCAGCACTAAACTTTAAATTTTAGGTCCCGTGTGAATTCATAGAATGAAAAGGTCCATTAAACACTGGTGACTCCAATTTTTTCTGCGTTATTTCTTGCCTGTTTATAAGGAAATAATAGCAGAAATGTCAGTATGACCAATATTCTCAGAAAGGGTCTCTAAATTCTGAGGAAAATAGATAGTTACAAGTGTCTCAAATGAGAGTGATGTGAAGGGACTTAAAAAATCTTCGCTACTGGAGTCATTAAGCTGTTGGGACATCATGAACACAATGGAACCATGAGAGGACTTCGAGAAAAGTTTCTGTTTTTATGTATGATTATGCTTTTTTCCTTCAAATTTTGCTACTTTCTAGTTCCTGAAGAAGGCTAATAACTTAAATGGATCTAAATTAACAAAAGAGCAGTTTTTACATATTTTGATGAAACTATGGATTCAAGAGTAAGATACACTACCCTAGTGCAAGAGGTACTTTTAGCCTGTAAAAATGCTTAGGTCCTAGCTAGTTTTGGTATTCTGTCAAAATACTGAGTACATTTGAGAACTATTTTAGAGGCCTTTTGTTTAATTCTGTGGTTTAAATGTGTAAATTGGACCAACTTTAAGAAGTTTAAACACATGGATTATCTGAATTTCTAGTTTTCTAGTTGCTTTACTATGTTTTTTACGTATATGCATTATATTGAAAAAATCTTTACTCACTTTAGCAGTGGACCCTCTATAACCGCTATAGAAATGACCTTAGAGAAAATTTCTGTGATGGAAGTAGATAATGAAAAATTTTTAAACATTTAATCCTGCTCTCTGGTATTGCTGCATAACTTGGAAAATCTGTTCTTTTTACTTAGTGGTATTGTTAAATAGTCTACATGATCAAAAATTCTTACTGTGAAGTAAGAAACTTAAGTTGAAAATAATTTGTCATGGAGTGTCATTATTTTTAGGTGACTTAAAGTGATGGTGGTGTTTTTATTTCTTTATAGGTCATTTTAGGTCATCAAATTGCTTTTCTTTTCTTTTCTTTTTTTCTTTTTTTTTTTGAGACGGAGTTTCACTTTTGTTGCCCAGGCTGTAATGAGTGCAATGGTGCGATCTCGGCTCACCGCAACCTCCGCCTCCCAGGTTCAAGCAATTCTCCTGCTTCAGCCTTCCGAGTAGCTGGGATTACAGGCATGCGCCACCACGCCCAGCTAATTTTATATTTTTAGAGCCAGGGTTTCTCCATGTTGGTCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGACCTCAGGTGATTCACTGCCTTGGCCTCCCAAAGTCCTGGGATTACAGGTGTGAGCCATCGCACCCAGTCATCAGATTGCTTTTCTATGCAATCTCAAGCTTTCTCAGCTTCCTTTCACTTAAAGAAAATTACCCACTACAGCACTTTGGCTGTCTTGTCACTTGAGTTTATATTAAGTTATACTTTTTTCTGCCATTCTGTAAGTGCTTCCCAAATTCTTTTTTTTCTCTCTATAAGGTATCTCAGATACATCAAGGTGAATGTAGTTTTCCTACAGAAATGTCTGAATTTAAAAAGTGCACGAATCCTTTATTAATCTGATTTTACAGGAGTTACCTCAGTGTAGAGTCCAGGGATATATATTTTTATAAAACTCTTTCACTTAGTCCCCACCGTAAACCAACCAGTAATAGATCAGTAGTACAGATTAGTCATTGGATGAGTTTGGGAGGTATGTGATTGATTTTTTGATCTTGGCCTTCCTTTTTTCACTTTGAAAGACCAGACACACTTTTCCCCTAAGTTTGAACCTTTAAACAACGTGGAGGATTGGATATAATTTCTGTTCAGCTATGTACCCTTTCTAGCTCCTATGAAATAGAAGCATGCGTAGTAGGATAACATTTATTTCTCTCCCACAACTTAAGAATATTTTAAGTAAAATCTGAATATTTTTAGTTCAGAGAATTGTAAGTCGTTAATTGGTATTTGTTTAATTAATCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGAAGGTTTCTCGCTCTGTGTCCCAGGCTGGAGTACAGTGGCGTGATCTTGGCTCACTGCATCCTCTGCCTTTCGGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCATCCCAGGTAGCTGGGATTACAGGCATACATCACCATGCCCAGCTAATTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGCTGGTCTCTAACTCCTGGCCTCAGGTGATCCGCCTGCCCCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAAGTATGAGCCACCACGCCCAGCCAAGGCTTCTAAATTTTGTGAACTTACCTGTGGCTCCTCTGACTTAGAGCCATTTTTATTTTATTTTATTTTGTTTTATGTTTTTGAGAAAGGGTCTTTTGCTTTGTAGCCCACGCTGAAGTGCGCTTAGGTGTTCGCAGCTCATTGCACTCTCTACCACCCAGGCTCAAGTGACGCATGTACCACCACCACATCTGGCGTTTTTTTCTTGATAGAGATCGGGTTTCACTGTGTTGCCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGGGCTCAAGTAATCTGCCTGCTTTGGCCTCCCAGAGTGCTGGGATCGTATGCGTGAGCCACTGCACCCGGCCCTTACAAGCCATTTTAAAACTGGTCCCCAAGAAGGCAGTGGTCCATTACTTTCCAGTTGAAACTTTAGATATCCCAAATAGCTGATGATTAGAGAGCCAGCTGGAGAGATCTTGAGTTCCTTAGCTATTAGCCATTATTTTAAAAAGATAATCTAGCTTTGAGAGACCTGGAAATAGTAGTTTATAGCTTCCAACATTTTAAGGAAGGTACCATTCTATTTGGATGAGTTCCATTTTAGTTTACAGGATTTTATTTTTATTTATTTATTTATTTTTGAGACAGTTTCACTCTTGCCCAGACTGGAGTGCAATGGTGTGATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCCAGGTTCAAGCTATTCTCCTGCCTTAGCCTCCCAAGTAGCTGGAATTACAGGCACCTGCCACCATGCCTGGCTAATTTTTGTATTTTTAATAAAGACAGCGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGACCTCAGTTGATGCTCCCACCTTGGCCTTCCAAAGTGCTGGGACTGCAGGCCTGAGCCACCGCACCTGGCCTTTCACAGGATTTTAGATAATTTTACTAGAGCATAGGAATGTACCTAAACTGTTGTCAGGTAAATATAAACCAGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAGGAGCTCATTTATAAAATACCAATCCGCAGCTTTTTGAAAGCACGTATCTTGTAATTTGGTACCTTGGTACCTTACTCTAATTTAGTTCAGCTCTCAGTGAGACATCCCCCTTTAAAAACACATCGCCTGACCATGTTTTATATTCCAAATATAATTGTATTGGGTAGTGTGGGTGTTACAGAAATTACCTCAATTTGTGGGAGTTTGTGAAACATCAATAATAGTTGTAAAGCAGGAATTGTAAAACAAGACTGCTTTATAATCAGTGTAATAATAGTTC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Seq C2 exon
GAGTGGAGTCAACATATCAATGGAGCAAGTCACAGTCGTCGATGCCAGCTTCTTCTTGAAAT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000015479-MATR3:NM_001194955:2
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.644 A=NA C2=0.311
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)