RnoINT0090026 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000019875 | Matr3
Description
matrin 3 [Source:RGD Symbol;Acc:3052]
Coordinates
chr18:28370909-28376798:+
Coord C1 exon
chr18:28370909-28371996
Coord A exon
chr18:28371997-28376736
Coord C2 exon
chr18:28376737-28376798
Length
4740 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGT
5' ss Score
10.47
3' ss Seq
ACTAATTTACTTTGCTGCAGGAG
3' ss Score
7.23
Exon sequences
Seq C1 exon
AGTTGTCTGCTGGTTCTCAGCTTGAAGAAGATTCTACAGTCCTTATTGATCCTTTTTCTTGGCGTTACCATTTTTGAAGCAAAGTTAACCTAGCTTTCTAGTTTGAGCTTTCTTTTTGGCCGTCTTTTAAAACATTTTTTTTTTGATCTATAAAATAGACAAGAGATAGTTCTACAATGTCCAAGTCATTCCAGCAGTCATCTCTCGGTAGGGATTCACAGGGTCATGGGCGTGACCTGTCTGCAGCAGGAATAGGCCTTCTTGCTGCTGCTACCCAGTCTTTAAGTATGCCAGCATCTCTTGGAAGGATGAACCAGGGTACTGCACGCCTTGCTAGCTTAATGAATCTTGGAATGAGTTCTTCATTGAATCAACAAGGAGCTCATAGTGCACTGTCTTCTGCTAGTACTTCTTCCCATAATTTGCAGTCTATATTTAACATTGGAAGTAGAGGTCCACTCCCTTTGTCTTCTCAACACCGTGGAGATACAGACCAGGCCAGTAATATTTTGGCCAGCTTTGGTCTGTCTGCTAGAGACTTAGATGAACTGAGTCGTTATCCAGAGGACAAGATTACTCCTGAGAACTTGCCCCAAATTCTTCTACAGCTTAAAAGGAGGAGAACTGAAGAAGGCCCTACATTGAGTTATGGTAGAGATGGCAGATCTGCTACACGGGAGCCACCATACAGAGTACCTAGGGATGATTGGGAAGAAAAAAGGCATTTTAGAAGAGATAGTTTTGATGATCGTGGTCCTAGTCTCAACCCAGTGCTTGATTATGACCATGGAAGTCGTTCTCAAGAATCTGGTTATTATGACAGAATGGATTATGAAGATGACAGATTAAGAGATGGAGAAAGGTGTAGGGATGATTCTTTTTTTGGTGAGACCTCGCATAACTATCATAAATTTGACAGTGAGTATGAGAGAATGGGACGTGGTCCTGGCCCCTTACAAGAGAGATCTCTCTTTGAGAAAAAGAGGGGCGCTCCTCCAAGTAGCAATATTGAAGACTTCCATGGACTCTTACCGAAGGGTTATCCCCATCTGTGCTCTATATGTGATTTGCCAGTTCATTCTAATAAG
Seq A exon
GTGAGTTAAAGCAACAGATGCTTCTAATTTCTTTTACATTGTAGTGCCTATTCTGTATTTATCTATATCTTTTACTCTTAATTCTGTAGTCTGATGACATTGAGTTGATCAAGAATTGTTTTACTTTTGAGAACACTTTATTTGGAAGGTAATTGTTTTTGAGCAATATGAACCAGGGCTTTACATTAATAATACAGTCTACCTAGAATGCTTCTTGCCACAAAGCTGTCATCCACTGGAATTACCTTGTTTTTTTTTTTTGTTTTTTGTTTTTGTTTTTGTTTTTTGTTTTTTTTGGGGGGTGGTGGTGGTGGTTGGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTGGTTTTTGGTGTTTTTTCTTTTCTTATTTTCTTTTTCTTTCTTTTTTTAATCAGTATGTTCTTAATCATATTTAAGCAGGCTTTTTTCTCCCCCAGTCTGCTTTGTTGAATTGTTTTAAGCATTTTTTTTTTCTCCCTGAAGATAATGTGCTTTCCATTTAGGATGCTAGATTTCAGCTTTCCATCTGTCTTGATTGCTGATTTATATGTAGTCAAATATATATTCTTATACAATTCTCTTTTTTCCTTATCTGTGGCTACAGGGAAAGAGTTAATGTAGAGCCCTGGTGTGTGTTTCAGTATGTTTCATATTTTAGATTAGTTCATTCTTCCGTTTTTAATTTCCATTTAACACAAACTCTCATACTATGACTGAAAAATTTCATCATTTTTTTCTCTGTTTCCACAACTTCCTTAAGCATACTTCAAAGCTCACTTTTTATTATCCCATATTTATTGCATCTGTCCCTTTAGAGACTCTGATAAATCATTGACTACATTATCCTACTTTGTGTTCCTTGTTTAAAAAAATTCTTTATCTGACTTAGGCTTATTGTACTTGTAGTATAGTCATTTGTGGGGGGAAAAGAAAACCTAATTCTCCTTTAATTATCACATCTGGCAAAATGGAAACCATTTCAAATGCCCTTTTAAATATGTTGTTCTTCTCTTTCCACTTTTTCAGTGTTACTTATTCTCATGGGGTTTTAAAATCTATTTTTCAGTATATATTGCAGTTGACTTAAAGTCAATGGTGCTGCAGCAACCCACTAGCTTGTTCAGTTATCTATCTATGACCATCCGTTTTCCCCAGTGTGCTTTGTAGTATTCTACCTAACTAGAATAAGTGCTACCATGAGATTGATTTTATGGTTACTGTTACAGGTTTTTCTTTACAGCAATAGCTGGAACATTTTCTTTTCATATAATTTTCTTTTAACTTCATTTTTTAGTGTTTGGCATTTTTTTAATCCACCAAACCCTGTTAACTTTTTTGTTTTATTCTCTTTCTGTGATTAGATCCTATATCAAATAAGTTACCGTAAATGCCAAATATAGTTTGTTTTTTTTTGTTGTTGTTGTTTTGTTTTTTTTTAAGAAGTGGAGCGTGTGGCTTGGTGGCTCACGCCTGTACTCCCAGCACTGGGGAGGCAGAGACCGGTGGCTCTCAAGGCTAGCCTGATCTCAAGGCCAGCCAGGGCTATATAATGAGACCCTGCCTCAACAAAGAAGTGAACCTGGAACTCTAAAGAGTTCTTTTTTTTATTTATTTTTTACCAATTTTCTAGATACACTAAATATGCCATGGTTTTACTCTGTACTAAACTTTAAGGTTTAGTCTCCCGTAAATTAAAACAATAAAAAAAGATCCATTAAATTCGATTGACCTCTATGTTACCTCTTAAACTCTTTACCAAGCAGAAATTACTTGACTGGTATTCTTAGAGAAGATTTCTAAATTTTAAGGGAAATAGTTACAGTGATCAAATGAAAGTGATCTTAACTGTGAATCTTTGCTATTGGAAGAAAGGAACATAAGAGGATTTGTCAGATAAAAGTTTCTGTTTTGTATAAGGCTTTTTGCCCCTGAATTTTACTACTTCCTAGTAAATTAACAAAAGAGCAGTTTGAAATACATGTTGACAATTTGGATTGAGGAGTGTTTTTAGCCTATAAAAATGCTTAGTTTCTAGTTTGAATACTCTTAATATTAGGTATATTTAACAATTATTTTAGAAGACTTTTGCTTAACCATTGGGTTTATAAAATTTGTGTTTGTAGGTTAGACCATTTGGGACAAGTTTTAAGTATGTGGGTTTTCTAAGTTTTATAGTTTTACAGCCTCAACTTGGCTGATGTTTTCTGTGTATCTGATTCATTGAGAAGGCAATTAATTATTTACTTCAGCAATAAACTGTGAACAGATACAGACCTAACTTTAAAAAAAAAAATCCTGTGGTAGACATAAACAATGAAAAAAAAGTTAAGTATCCTGCTCTCTGGTATCACTGCATAACTTGGAAAAATCTGTCGGTTTCACGTAAGGGTAATGTTAAATAGCCTACATTATACAAAGTTTACATGAAAAGCATGATGTAACTTGTCTTGATGGAGTGCCCCTTTTTTTATATTTTTAGGTGATTTGTAAGTAATGATCTTTGAGTTCTTTTCAAGGTCATTTTAGAACATCAAATAGCATACAATTTCAAACTTCTTTAAACTTAGAGAAAATACCCACTGCGGTATTTTTGTCTAATGACTTTGAGTTTGTATTTTTTCCTTTTACTAATTAGGTCTTTATTCTGCCACTTTCGAAATGCTTCTAGAACGATTATTTTAAAACTAACATAATCAAGAAGGTTTTGGGGGGTTTGTTTGGTTTTTTTGTTTTTGTTTTTGTTTTTGTTTTTGTTTTTTGTTTTATTTATTTATTTATTTATTTTTGGTTTGGTTTGGTTTTGGTTGGTTTTGTTTTTTTAACAGTTGAATTCTTAGTCCTCATTTTAAACTAGACAATAAGAGCTTAGGTACAGTAGAGCTGATTATGATGGATGGGTGGGAGGTATGTGACTAAATTTCTGATCTTGGCCTTCTTTCTAGTACTTGAAAGACCAGCCACATTTTTTACCATAAACTTGAAACTTAAAGGACATGGGGTATTTGGATATAATTTCTTTTCAGCTCTGTGTCCTTTCTATTTCCTGTAAATTCAGAAGCATGCTTAATATAACATTTATTCTTTTCCTAAAACACTGCTTCTTAAGGATCAATACTTCTATCTGAAATTGTTCTGAAATTCTTTAGGTTGATGGATTTGTTTGGTCCCTTTCCTGAATTTTGTGAATTTACTTATGGCGCCTCTTGCTTATAGCTATTTTTAAATTGGCTTCCAGTAATGGTCTATTGTGTTGCAAGTAGAAACTATTGTATAACATCAATAGAAATCTCTCAAGTTCCTATTAGCTATAACTTTTGAAAGAATATAGTTTTCAGAGTTACTAAAAATAGTACGTAGTTGATAGCACCTCACAGTCTAAGCATTATTTTGTTTCTCTATGTTCCATTTCAGTTCTTTCATAGGATTTTAGTTAACACTCTTAGAGCATAAAGTATATGAAGACTATAACAAATCAAACTTTAGAAATTAGCATCCAATTTATAAAACTCCATTTTGGGCCTTTATAAAAGGCAAATTGTTGAATTGATGCTATATTTTCCTTTAGCTAAAGCTCTCTAATCCCCATTTCAGAAAATTACATTGCTCGCCCATGTTTATATTCTATTAGAACTTTCAAGAAAAGTGAATATTTTAGAAATTGATTTGTGGGAATTTGAAAAAAATCAAAGCTACTTGTACAACAATATGGATTTTTAAAACAGCTCAGTATAAATAGCCTCATATATTTGTGAGGGTTCTGATAGTTTGTTTACCTTTATTAATTTCATTTGTCCTTCACAGCAGAAGACTTAGTGAATTTAAATAATTTAAACTTGGGAGATATACCTAGTTACATTGTAACTTAGGAAATAAGCTGAAACATTTTGGTGGCAAAGCCCATCTTAACTATTAATTTTGGATAAAAAAACTAAACTGGATTTCTTTTTTCCTAGAGATAAATTAATTTGAATCAGATAAGTTTAGTTAATGCCTTGTATTTTAAAATCAATCTCAAAGTAGAAAATATTGATGGAATACATTGTTTTTCTCAAATTTTGGAAAAAGACACCTTAAAATTATTCTATTAAAGGGAAATATGAAAACTTGAAATTTTGATAAACGGGGAACATTTCTTAGATAAACCATTTCCATTAAATCATGTTGGCCTTTTGGACGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGAGGTTTTTTTGTTAATTTTTGGTTTGGGGAGTTTTCTTTTGTTTTTGCTATAGTAGAAAGTATAGTATACTTGGAATTTGTTTAAAAGGCTAGAGAAATTAAAGATTCAACTTTAAGCTAATCACACACTTTTTCTAGAAATCTAGATATGTGGCTATTTGAACATGCAGATTATTATTAAATATCAGTTCCCATAACAGTGGATACATGAGTTTGGTCCACAGCAGTTACTGTGCTCAGCTGACCTCAAGATCCATTATTTTTCTTGATCTTTAATATTTACATCTTTCCATGTCAGGTGTCAATTGTATTGATCAAGTTAATCCAGTTTTTCCAAGAATGTGCATAGAGTATTTGAGGGCAGGATCAAGCTTTAAGTGCTCAGGAATTGTTTTTAATATAAACCAATAAGATTTAATGTATCACAAAGTGTTTATACAATCTAATACTCCATAAACATTAATGGTTCATATAAAGACCTTAGCTATTAATTTTTGTTAATTCTACTAATTTACTTTGCTGCAG
Seq C2 exon
GAGTGGAGTCAACATATCAATGGAGCAAGTCACAGTCGTCGATGCCAGCTTCTTCTTGAAAT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000019875:ENSRNOT00000026949:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.674 A=NA C2=0.286
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]