MmuINT0096293 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000027763 | Mbnl1
Description
muscleblind-like 1 (Drosophila) [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1928482]
Coordinates
chr3:60305174-60333726:+
Coord C1 exon
chr3:60305174-60305345
Coord A exon
chr3:60305346-60332677
Coord C2 exon
chr3:60332678-60333726
Length
27332 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGAGT
5' ss Score
10.03
3' ss Seq
CCTATCTCTTTTCTCTACAGGTT
3' ss Score
12.47
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
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Mappability confidence:
NA
Protein Impact
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No structure available
Features
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Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: