HsaINT1022622 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000152601 | MBNL1
Description
muscleblind like splicing regulator 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:6923]
Coordinates
chr3:152268468-152300367:+
Coord C1 exon
chr3:152268468-152269092
Coord A exon
chr3:152269093-152299404
Coord C2 exon
chr3:152299405-152300367
Length
30312 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAAGT
5' ss Score
11.08
3' ss Seq
CCTATCTCTTTTTTCTACAGGTT
3' ss Score
11.88
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GTTGGTACTAAGAAGTGCCTTTCCTGACGTCTCTGCTGCTTGGAACCGCTTCTAGAGCAGTCTCTGCTTTTGCCTTGCTTGCTGCCAGCTAGACTGTGACGACAGCACATCCACCCTCCACCTCTAGCCCAGACACCCCCATTTCTACTTATAATCAAGAGAAAAGCTCTAAGTATCTGGCATTGCCCTAGGCTGCTTTAGTGTTAAAAGAAAAGTTTGCTGAAAAAGTAAGATATCTTCTGCCAGGAAATCAAGGAGGAAAAAAAAAATCATTTTCTCGATTTTGCTCTAAACTGCTGCATCTGTCTATGCCAAACTAATCAATACCGATTGCACCACCAAACTCCATTGCAAATTCAGCTGTGAGGAGATTCCCTTTCAGACAACTTTGCTGAAAGCAGCTTGGAAATTCGGTGTCGAAGGGTCTGCCACGTTTTCATGCTTGCATTTTGGGCTCCAAATTGGCACTGGGAAGGGGTTACTGAGAGCACAAGGCTGATACCAGGCCCTACTTTTAAACGTTCATCTACTTACAATCCTAGTATTTCTCTAAAAACCAAAACCTCTTTGAATTAACAGTTTCATGCTGTGAATTTCTAGTGGGAGATCTTTTCCTTGATATTGACGACACAATTTTCCATGTACTTTTAAAGCAGGGAGTGGGGAAAAGTATTTTGAGGGGACATTTTCATCATCAGTTCAGCTTTTTTTTTTTGGTTGTTGCTCTTTTTTGGGGGGGTTGGGTTTGTTGGTTTCACTGAAACATTTAACTACCTGTAAAATCTAAACATGGCTGTTAGTGTCACACCAATTCGGGACACAAAATGGCTAACACTGGAAGTATGTAGAGAGTTCCAGAGGGGGACTTGCTCACGGCCAGACACGGAATGTAAATTTGCACATCCTTCGAAAAGCTGCCAAGTTGAAAATGGACGAGTAATCGCCTGCTTTGATTCATTGAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000152601:ENST00000355460:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
C1=NA A=NA C2=0.151
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains