MmuINT0104390 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000034593 | Myo5a
Description
myosin VA [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:105976]
Coordinates
chr9:74919013-74964103:+
Coord C1 exon
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Coord A exon
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Coord C2 exon
chr9:74963993-74964103
Length
44526 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAACG
5' ss Score
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3' ss Score
10.86
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
TTTGCCAGGGTTTGGATCCCTGATCCTGAGGAAGTGTGGAAATCGGCAGAGTTGCTCAAGGATTATAAGCCTGGAGATAAAGTGCTCCTGCTTCACCTCGAGGAAGGGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000034593-Myo5a:NM_010864:1
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0273614=Myosin_N=PU(94.6=94.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: