MmuINT0109206 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000026946 | Nmi
Description
N-myc (and STAT) interactor [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1928368]
Coordinates
chr2:51816091-51828147:-
Coord C1 exon
chr2:51828108-51828147
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Length
11927 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TATGTAAGT
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
AGAGTCATGGATGCTGATAAAGACAACATAAAGCAAGCTTGTGATGAGCGCTCAGCAGAGATGGACGATATGAGAGGCGAACAGAGCATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000026946-Nmi:NM_001141949:2
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
PF0500810=V-SNARE=PU(36.2=89.3),PF061568=DUF972=PU(34.7=89.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs: