MmuINT0113075 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000032172 | Olfm2
Description
olfactomedin 2 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:3045350]
Coordinates
chr9:20480018-20532658:-
Coord C1 exon
chr9:20532557-20532658
Coord A exon
chr9:20480168-20532556
Coord C2 exon
chr9:20480018-20480167
Length
52389 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAGGG
5' ss Score
9.46
3' ss Seq
CTACAGCCTTTCCTCCACAGACT
3' ss Score
7.65
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
ACTCTCTTCCAGAGCCCGGAGGAGGGCTGGCAGCTTTATACGTCAGCCCAGGCACCTGATGGCAAGTGCGTCTGCACAGCCGTGATCCCTGCGCAGAGCACCTGTGCCCGAGACGGTCGGAGCAGAGAGCTTCGGCAACTCATGGAGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000032172-Olfm2:NM_173777:1
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.467 A=NA C2=0.120
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs: