MmuINT0117085 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000024992 | Pde6c
Description
phosphodiesterase 6C, cGMP specific, cone, alpha prime [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:105956]
Coordinates
chr19:38215857-38225152:+
Coord C1 exon
chr19:38215857-38215997
Coord A exon
chr19:38215998-38225077
Coord C2 exon
chr19:38225078-38225152
Length
9080 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTTTTC
5' ss Score
0.45
3' ss Seq
TTAAATATAATTGCCTCCAGGAA
3' ss Score
6.9
Exon sequences
Seq C1 exon
ATCCTTATGTGGTCAGCCAATAAAGTATTCGAAGAGCTCACTGATGTTGAGCGACAGTTTCACAAGGCACTGTACACCATCAGGACGTACCTGAACTGCGATCGCTACTCCATTGGTCTTCTGGACATGACCAAGGAGAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GAATTTTACGATGAGTGGCCAATCAAGCTTGGAGAAGTTGAGCCTTATAAAGGACCAAAGACTCCAGATGGCAGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000024992-Pde6c:NM_001170959:4
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0159021=GAF=PU(18.0=68.1)
A:
NA
C2:
PF0159021=GAF=FE(13.5=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
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Rat
(rn6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
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