MmuINT0121647 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000087141 | Plcxd2
Description
phosphatidylinositol-specific phospholipase C, X domain containing 2 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:3647874]
Coordinates
chr16:45959374-45972463:-
Coord C1 exon
chr16:45972222-45972463
Coord A exon
chr16:45965288-45972221
Coord C2 exon
chr16:45959374-45965287
Length
6934 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGA
5' ss Score
10.77
3' ss Seq
CTAACCCTTTCTCCATGTAGGAA
3' ss Score
10.41
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTCTCATTTTCTACCACTGTCCCTTCTACAAGCAATACCCATTCCTGTGGCCAGGGAAGAAGATTCCGGCACCCTGGGCAAACACCACGAGTGTGCAGAAACTGATCCTCTTCTTGGAGACCACCCTGAGTGAGCGAGCTCCACGTGGGGCCTTCCATGTCTCCCAGGCCATCCTCACGCCAAGAGTGAAGACTATTGCTCGAGGCCTGGTGGGGGGCCTCAAGAACACACTAGTTCACAG
Seq A exon
GTAAGAGGTGGCTCCTACCCCACGGGTAGGGTTTGTCTTATTGTTTCATTGGTGGTGGTAGCTGGTTGATTGTTTGGTTTGGTTTGGTTGATTGGTTGGGTGGTTGAGTTGATTGGTTGATTAGTTGACATTTTTGTACAGTTTCGACTGGCCTTGAACTCACAATCTTCCTGTCTTTGCTTCCCTGATACTGGACTTACAGGCTTACATACTTAGTGCTATCCCCCAGAAGAAGTTTCACACATACAAACTCCCTCTCCCTCTCCCCCTCTCCCTCTCCTCCTCCCTCCTCTCCCTCCTCCTCTTCTTTTTCTCCTCCTCCTCCTCTTCTTCTTCTTCCTCCTCCTCCTCTTCCTCTCACCCCCTCTCTCTCCCTCTCCCCCCCCCTTAGGCTGTGGAGATAGCTCCATTAGTAAACTTCTCTTACAAGCATGAAGATCTGATTTCTAGAACCCTTGCAAAAACAATTCAGAGCACAGTGAGCCCACGTGATCCCAGAAACCAACAAGTAGAGAAGTAGAGACAGCTGGGTGCCTGAGGCTAACTGTCTGACAAACCTAACTTAATTGGCAAGTTCCAGGCCAGCAAGAGACTCTCTAAAACCAAATGGATTATATCTAAAGAATGAGAGCCATGGTTGTCTTCTGGCCTCCCACACAAGTACATACACATGTACCTACACACAACTATATCTGCACACACATCTCACACACACACACACACACACACACACACAAACATTTAAATTGATTTTATTCTGAATAAACAACAGTAAAACTTTGAGAATTACAAAAACATAAAACACACCATTTTGTAAAGCTGTGGATTCTAGGGGTAGTATAGGAATAGCACTCTAAGAATCCTTTGATACTTTATTAAAATGTTTGCACTATTCCATAAATATTCACTATATTTTGATACTATGACAAGTACTCTGAGCCAATGTCACCCAGTGGCTTTTTTTGTTGTTGTTGACACACACCCATGGTGATCCTCTTACTGCCCACACAGCTGACTGGGATAATCACTGTTAAAAAGCACTAAATAAAGTTTGTCATGCTTCATGCTAGGGACGGTGGGATGGTCCTCCAGGAGTTTGTTCTTTCTTCTTTCATGACCATGATTGAGTCTTGAGTACCATGCCACAGCCTCAAATACTTGGGCTAGGATTAGGTCTGATATACGTATAAACGAGGATGATCCAGTTATTTTGTATGAGATGATATTCTTCGTCCTGGGCACCAGTGAATGATGGATAGAGGATGGCAAGAAAGCATATTACATGTATATGAACATTTGGGTATATATGTAGATTGTTTATGTGTATAAGTGTGTATGTGTATACATATTTGTACATGTATGTGTATAATGTATATGTGTATATATGTATATGACAAATATGTATGTAGAGGGATATTATAAATTCACTTTTCAGTAGGCTATCCTTTGTAAAACAAGTTGAAGAGACATGTATTTAGGTTTTTTAAAAAAGATATTTACAAGTATCTGTTTAGTTCTTGAGTTCTAGGTAGTGACTAGAATTTGAATAATGAAAGGTGTGTTTAGTCACATCACATGTCCAGTTACATGCCCAGTCATATGCCCAGTCCGTCAGTCACATGACCATTTACATGACAGTCACATGACCAGTCAGTTACATGCCCAGTCAGTCATCCACATGCCCAGTCAGTCACATGCCCAGTCACATGACAGTCACATGCCCAGTCACACGACAGTCACATGCCCAGTCACATGACCAGTCTGTCACATGTCTAGTCAGTTACATGCCCAGTCACATGCCTAGTCACACTCATTTGGTTCTGAGTTTGAGAAACATGGTTTCATATAATAGCCATGTGCTTAGTCAGGTGTTTTAAAGGCAAGCAAGAACAGTGTTCTTGCTTTGTGCTGAGAACTCCTGATAATGTCAACCATGGACTGAAGATGGGCTCATTTCCACGCAGCCCTTCAAAGTCTTAACGAAATTAACTGTGTTCAGCTGGCCATGGTGCTGCACACCTGCAATCCCCAGCAGTTGGAAGGCTGAGGCAAGGGATTGTGAGTTCAAAGCCAGGAGAAGCTATGACTAGGCTAGATGCTAACACTCTTTGGGAACAAGGGTATGGTAGAGTGAAACCCTGTCTGTAGCCCAGGCTGGCCTCAAACTGACTGCTTGCAGTCCTCCTGACTCAGTCTTCAAGAGTGTTGGGATTCTAAGTGTGAGCTAACAAGCGAACCAAATGAAATCAAATCAAATCAAACAATCAACCTTAATTCAGTGTGATATCTCTTAAAAGGACCTAGAATTATGCGTTTTTTTAAAAATATATGTTCAAGTTCCTATTCCATTTTCTTCATTCTTTGTAGCTTAATGTTACTTACTCATTCAGTAAAAGTGAAGTTTTCTGTATGTTCAGAAAAACAGAAAGAGTACCTGGGAAGAGGCAGATGGAGAGACACAGAGGACTCCTGTAGCCTTTGCCCCATAGTCTTTTAGCAAAATCTAACATGAACATTTCTATACCTGAGTGAAGACCAGTCCACTGCAAGTCTGTGTGGGCCGCCAAAGAGGCTATTTCACACGAAGGATAGGTCCTTTATTCTGAATAAAAGGCACCCTTTTGCAAATGCTTTTATTTGATTCTTAAATCCGGGCCAGTGTTTTGACGTGGAGAAGGGGCATGCCATGTAAGGCCCCTTGTGGGTCCTAATATACGACAGTATTCAGGGAAGCTAAATGATCCAGCATCACAGATTACAACTAAGATTACAGCCCCTGTGAGAGCCAAGAGCCTGTCAGGTCTGCCGGGCTTCCGTCTGTGTAGTGCTGGGCACTGCTGTGAGCAGAAAGAATGTCTAAGCTTAATTTCCTAGTGTTTCTAGGCCCCCGTGATTGAGTTAGTAGTCCCTGGATCTAGTCAGTTCACACTAGTTACAGCTGGTAATCCACACTCTCACTAGTCTCATGTCCTGCTTTCTTAGTCTTGCTGCCAATGAATGATGCCTCTCTGTTTAATGGTCAAGAAGATGAGCGCAAAGGCAATGTCTCCCAGCTGGTAGTGAGAATGTGTCCCTCAAATGAGTAGCTCTCTTGGCATCCTCACTGTTTCTGGTCATGGGAATATTAGGAGTGTGATCCTACATTCCTGTGCCTACACATCAGTGGAGCAGGAACGTGGCTGTGGTTAGGAGTCTGTTCCCAAGTGCCAGCAAATCACATGACTGTCATTTCACAACTGAATAATCGTGGGCTCTCCCCCTGAGCACCAGCGCCCTGAAGGCTGTCTGTACTGGCTAACTGAACAGGGATGCTACATAGCTGATTCCGAGCACTGATCAACAGCTCAAAGCCAGGGAAGATCCAGTGTGTCTTCCTACTGGGGACCAGGTAGTTTCCTTGGTAGGAAGCTAATTCCCAACTTTCAGATCCACTTGGAACATGAGAGTCTCTTGTTCACGTTGGTTCATCACCCTGGAAGAAAGCCACAAACATATATAGACAATTCAGCCTGGATTTCTGTTGTAGCTTTCCTCAGACTGGAAAACACCTGATCCAAAAGGCTCGCAGTGAGTCAGAATGCAGTCAGGAGGCCTGGAGTTGAAACCTGTAGGGTCCCTACTAATGTCATTGAATTATGTCCCCTCTCTTCAAATTAACCAGTTTTAAAATAATAATATTAAAATAATAATTCAACCAGGTTTAGTGGTGCATACCTTTAGACCTAGCACTCCAGTGGCAGAGGCAGACAGATCTTTGCGAGTTCAAGGCCACCCAGAGCTATGTACTGAGCCCCTCCCTCAAGTTAAGGTGAGTACATTTAGAGACATTGCATTTTAAAGAGAGAATTAAGTTAAAAGGCTATTACGGTGGGTTCTAATCTACTCACATTGAAGTCCAAAGGAAACTTAAACCCAGAGACAATAGAAGAGAAGCAAGACAGTGTAAGCCTGCAATCCCAGCATCCATGCAGAGGAGGGGACAGTCAAGGTCATCTTTGAAAATGTAATAAGATCTCCAAAAGCACGCAAAAGGCAAGAGACTACAGGAATATGTGTGTGCATACAGAGAAAATGACACATAGGTTGCTGAGGGGAGGGCATGAGGAGGAGGAAATCTCCTGCAATAGAGAATAAGGGCTTCAGAAAAAACCCAGCCCAATAGCATCTCAACCTTGACTTGTAGCCTCTAGAACAGGGGAAAATAACTCCAGTTCTTTGAAGTCAACAGTGTATATGCTGTTATGACAGAGTAAGTGAGCTAACACAGTCCTCTGGACAATCGGGTGTCCCTGCACATGTCCTTGAGGTCTCTGAGATGAGCTTTTCTTCACCACTTAATCTGGAAAGTATGGATTTATAGTCTGCAAAGGGTCGGGGCTGCCTCTACCTGGCAAGTATCATTCCCCCAGAATGACCAGCAGGTGGCGCAGGATCTCCAAACATAGGTTCTGGCCAGGGATCCTTTGAATCCTAAATGTTACAAGCTCACTACTACTGTGTCTTTCACGTGGGACGGATGGGAAATTTTGGCCTTTGTCTGAGAGTTCTGTGTTCTTCAACCCCGCTTCCCAACTTCACAACTTCGTTGTGTGGATATATAAGAGGTTTCCTATCCCTACTCCCCCAAATGTTTCTCTTTCGACCTCTTTACTCTTTCCTTTATGATACCTTTCCTTTGCCAAATACACGACACTGCTCTAAGCAGCCATTGCTCTGAACACTTTCCATATACTATCTTTCTGATTGATCCTGTTTCACAGGGAAGAGTAGCTGACAGACAAGGAATTGTAGTCAGTTAAGATCATCAAGCGTCCCAACTAAAAGTAGAAGGACTTTTGTACCACAACCAGCTAATACAATTTTTTTCTAAAAAAGTGATTTGATCAATAAGACTATTTCAACTCATGGCAGTGAAGTCTCTGCTGACTGAGAGAAGAGCTGAGGTCTTAACATCACTTTTTCTAGAAGACTACGAAATGAGGGTACATCAAGCTTCAGTG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Seq C2 exon
GAATCTCCCTGCCATCCTTGATTGGGTGAAGACTCAAAAGCCTGGCGCCATGGGTGTCAACATCATCACATCTGACTTCGTGGACCTGATAGACTTTGCCACGACTGTGATTGAGTTGAACGACCTCCTAGAGGATCGAGCTCTGACTAAGTGTTGAATTCATGCTTTGTTTAATTTGAGGTTGAGGTTGTTGATATAAGGTAGGATTCTAGAGGGTTCTAGGAAAGATGACTCACTTGTAGGCAGTCACGGGGAAGTGAGGAAGGAAAAGAAGGCCCTCTCTTTCCTCACATAGCTACTTGGACTTAAAAAAAAATCTAAGGGGTTTCCATGCATTTTCCCCCAAAGACACTTTTACAAACTTAAGTCTAAGAGAAGAATGCATGTTTCCTATGGTTAACATCAGGATCTCCCCAGTGGCTTGTGGTGGCAAATGGAAGATGGAAGCATCCTTTTCAGGTTCTGTGGGCTATGCAACATCCTAACTGGCCCAGCTTCCTCTTGTCTTCTGTGGTCATTTGAGCCTGTGTGAAGACTAAGTCAGAAAGGCATTCCTGGTCAGAAGAATGGCACATGTGAGCGTGGACCATCCTGAGAGCTCTCTGCCATCAACCCAGAGCTCTAAGGGGCTCCTATGGAGCCAAGAACCAGGTCTCTCATGAACTGTACAGTATCACCACTTTCTACGAGAGCAAGATATGTTTATTATCACAGTGCTCAGCCACAGGCTGGCTCTGCATATCTTGGGCTAGAAGTGGGCACCTTTATTCTTCATATAAGCAGTGCACCCTACCCTTGGCATCAGAAAAAGTATTTTCTTATTTTAATGTATTTTGGGCCCTATCTTTAAAATGATAGGGACAGTAGTTGGAAAGTCTTTTCTGTGAGGGCCCAATACAGACTAAACATGCATGTTGGTTGCATGCCAGAGTTCTTTGATTTCGTTCTGTATCCTTCTCCCCAAACGACTATCAGGCAAGTACCTGGATCATTTTGGCCAAGTCCTCTGGAGTGAGGTCTTCAAGCCTGAGAGCAGAATCCTGTCTTATTGATTATCTGTCTGGGACCTGGTCTGCTGCACGACACAATGCTTGTCTATGACACCATGGAGGAGGCTGACACAGGATGCGTGGGAACGTGCAATGGAATTGAAGGACGATGGTCCAAGTGGGTTTGGAGCCAGTCTGTAACTCCTTGCAAACAAGACTACCTCGGGGACATTTAGCATGACTCGTATGTCATCCAGTGAGGGAAAAAAAAAGCAATGCTGGACATTTCTGCTTGTTTTTCCATTTAGTCTACTTCCTGTGAGTTGTTCAGCCAACTGCCTTTGCATGAGGGCTTGGAGACACAAGGGGAACTTTTTTTTTTAATTGATAAGAGGTGCTTTTTATTGATAAGAGCCCTCTTTTGTTTCATTTGCTTTGTTTGAGTATTTATTAATTTATTTATTCATAGAGTAAGGATCTGCAGTGTTCCCTGCCTGAAGAACACTCACAGATGTTTGCTGGACTTTTCCTACCCAGGATGCTGCTGTGGTCATCCACTCATGCACTGCATGGCGCATCTCAGGGGCTGTGAGTGACCTCGTAACTTTGCTGTAGGTGCCCTACCGCAACCCCAGTCCTGCTGGGGACAATGTATAGGTGTGGATGTGATCCAGATATAGGAAGCTACTGCCAAAGGCATGCACAGGGACAGAAGTGAAAGGGTCATGAGAAACTATACTACACAGGCGTATAGAGCATTGGGAAGAGTAGAACTAGGAATAATGGCTGAGCATACACGTGAGTGTGCTTTGCTAACCTTCAGCCCTATTTGAGAATCCCTAAGGAGTGTCAGATTCCACATTCCTAAGGAGGAATATAAACAGGCAGGGCTGGGTGGGCATGCATATTTACAGAGATTGCTGGACCTTCTAGTACTTCTCACGTCTCTCCCTTTGATTGCCTTGTCAGTTGTGCATGCTGCCTGCCGGTGGGGATATCTTGGGTGAGCTATTGAAAACATGCATGCCCCGAATGGCTGACCATCTGACCTTTCTTTCCCTAATGTAATTTAGGCCTTGACTTTTTACTTCCATAGTTCACGGAGGCCACAGCACAAAGGCCTCTGAGAAAACCTGATTTGGCTTCTCCTGTTCTTGAGTTTGAATCCTGCCCAGAGGTGGCTTCTGGAATGTTCTTGTCAAACTTGGCAGAGCCTTTCTGCACAGGGCTTCCTCATTGTGTAGGAGTGCATACCCTCACCATCTTCATTTCCCTTCCGTTGTGATGCTCTACAGAGAGGCTCCCAAAACCTTAGCCTACCCTCAGGTTTTTATTTTTGTTTTTTTATTGTTGCATTCTTTTTTGGTTTTGGTTTTAACTATCAGTTAGTTACAAGGGACTAGATCACTCCCTTCTGTTAACCCTTTGTTACTTGGCAAAGAGATAAGGAGGCAACAGGAGAGGCATTCTGCTCTGTTTTATTTGCGCCTCAGCTTTGTCCGGGTGCTTGGTGCTATGGAGCCTGGTGTGTCAGCACCAAATGGATACCAGTTTCACTTTAAGGCTGCAGACTGTTCTGTGAACTGTTTACTTCGTTTTCTCCCTTTGCTCTTAAATACACAGTTGTATTTCACTTCTGACATTTAAGTACACCTCAGTGTTTGCATCCTGCACCATCAAGTCTAACACAGAAGCACAGAGCACTTCCAAGGCCACGTGTATGGGCCCCTTCTCCCACAGTGAGTACATGAATGTATATCACCGGCTCATCCATGCTGCGTTAGGGTCCCAGCCTCGCTGTTATTCTGAACATCTGAGAGGTAGGGAGAGGATTATTCACAGTTCCTCCCAGGGATTACTCAACTCTGCCCCAAGAACAGGCTTCCAATGTTGGAAAAGCTGCATGCATTGAAGCTGTGCCTTGAAGACCAGGCAGAAACTTAAGTGAATTGGACAGAGAAAAAGTAGAACATGGGCCCCAGAGCTCATTCTGCCATAGTTTTCAAGTGAGAGCTCTGACCCAAATATATCACATGTTCTCTAATATCGGGGGAGTCATTCAGATTTTAAAAAAAGGTTCTCATAGTTATTCAGAATCAACTTCAAGAGCAGCTAAAATGCTGCTTGATTAACTTAGTTGGGGTTCATTCCTGTTTGGAAATTTAACTGGGTTCTTCCTGAACTCTACACCATTCCAACACAGCCATATTTTCTTAATGGCCCAGACCTAGATGCCCCTAGGTCTCTGTGGCTTAGAATGGTGTCTCAGGGCTTGAATACTGAGTTTATCAGAAGTTCCAAGTATGTTATGGATGGAGACAATTTTCTTCGGATTGAATGGAGAAGTCAGGATGGATGTGATGGAAGAGATTGGTGAGTGTTTAAGGATTTGGTCTGAGATCATGGCAGATCTTAGAAGTCATGCAAAAAAAATACTTATATTTGCTGCATAAGATTTGATAGTGATTGTTTTCTCTAGTGCTGGGTCCAGACCCTGAATTTTTTAGAACTGTTAATCTAGAGTTTAGAGTTCAAATCCAATATTTTATATGCATGCAAAGAAAAGCACATGACCTGAGGAGAGATAATGACAGACCTTAAGAATCCTGGATATTTTTTTATAGTCTCATGTTCATGTCTGGAAATTCATGCTTCTATTTAGGAAGGCAATGAAATGAAGCATTCTGAGATGAAATGAAGCTTTCTGATGTGTCTGGATATTTGCATTTTTTCCAGTTGTTAGGGTTAGGGTCAAGGGTCAGGGGTTAGGGTTGTGGTCAGTGGTCAGAGGTTAGGAGGCATCTCCAAAGAGACATAATACACATAAGCACAAAGTGTAAGGTGGAGACCCAGAAGAAATCCAGGCTGAAAGGAAACTGCTGTTTCCTCTGAGAAGCAAAAGGACTGCATGCTGACATCATTTTTATGATGTCCTTGATTGTTTGTTATGTTCTGGGAAACAGAACTGACTAATGAATGAGCCACGGTCACGAGATCTCCCTTAACTGAGCAACTGGTCCTGGGCTAAGCTGTCATTGGTTCTTCCATCTTTAATAATGACACAAATCTCAGGTGGCTGATTCATAAATTACGAGGTCCTAGAGCTCAGCCTGAATGCCTTGTGCTCTAGGGATGCACCCTTAGCATGATTCTCCCTTTTGTGCACATGTGCAGAGAATATGGTTAGAGTCATGCAAGAATGTGGTGCAGGCCGATGGAGTTCAACGATGTGTTGTACGTTTCAGGGTGGACATAATGTGTGGGGCTCAATGAAATCTGCCAAAATGTACATGGGCCCCTGGGAGGCAGGTTTTCTCTAGAGGAAACAGTAGACATTGAGAGTATCAAACATCCAAGCTGACAGGAATCTCATTTGGTGCAGCATAGAAGAGCATAGATGTCCTTGTCAATTTCATTACCTGTCTAGCGAATCTTAACCCTCTACCACAGCTGCTTCCTTGTAGGTGATTCCACAGTTTCATTTCTCAGTAGTGTCACCTTAGGACACAGGGAGAGTGGACTGATTGAATAGCAAGTGGTGTCAGTATAAACTTCTCCTCAATTCCAGAAGGTTCTAATCAGCTTGTGACTGCCCCAAGAGACCTCCTACGTCCACAGCCTTTGGATTCCCCAGCTTCCTGCTGCACACACTGACACTAACGGCCATGTCTCTTGAGCTAGCCTAACTCCGAAGCAACCCTACAATGATGCTATTGATTCTTCCTTTAAAAAAAAAAAAAGGAAAAAAAAAACTATGTCTTAGACAGTGTAAAAATATTCTAAATTTTATCAAACTCATTTTAAAACAAAATGGTTCGAATAAGACAATTCTCTCTTCTCTTTGGGCGAAATTCGGAAGCACATTTGTTGAGGCAACTGCATCAGTCGACTCGAGGCAGTTTCCCATCGTCCTTCCTCATTCCCTTCATAGAAAGCTACTTTTCCCCCTCTTGTCACTAGCATCTCCATCATCTGCCAATGACCGCGTCACAAGATGCTGACAGAGACTCT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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000087141-Plcxd2:NM_001134480:3
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0038814=PI-PLC-X=PD(3.0=6.2)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs: