MmuINT0133058 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000040423 | Rc3h1
Description
RING CCCH (C3H) domains 1 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2685397]
Coordinates
chr1:162836542-162860475:+
Coord C1 exon
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Coord A exon
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Coord C2 exon
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Length
23264 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GCGGTGAGC
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
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Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
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A:
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Main Skipping Isoform:
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Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Human
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No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: