DreINT0125597 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000062550 | rc3h1
Description
ring finger and CCCH-type domains 1 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-050208-702]
Coordinates
chr22:15946852-15953593:+
Coord C1 exon
chr22:15946852-15946914
Coord A exon
chr22:15946915-15953159
Coord C2 exon
chr22:15953160-15953593
Length
6245 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AATGTGAGT
5' ss Score
7.8
3' ss Seq
TGTTGGTTTTTGTTTTTCAGGTT
3' ss Score
11.71
Exon sequences
Seq C1 exon
TTTCGTTACAGCAGCAGGCGATGCTCGCCCTTCTTCTGTGAAGATTGAGCTGAACCAAATAAT
Seq A exon
GTGAGTACACCATTTACTGCTTAAGTTACATAATGTACGGTTTTTGCCCCTTTGGGGTCTGTTTTTATATAAATACATTTTATAAATGATGAACAATGAGAATGATCATTAGCTTAGGAATGTCACGGAATAGCTTGAATCACATTAAAAAACACAAAAACTGACATTTCTGCAGGAATTATTTGTAAAAACCGACTAAAGTACGTAAACTATAACAAATGAGCTTTGTAAGCGTTACCTAAGATGCACCAACCGGCGTAGCATAAATGCTAACTCTCACGAGCGCATTATTTTATACAAATATACTTTATTTTCGGTTAGTCTTACGTTTGTAGTCATTTAAAACGATGTGGTTAACTAAATATTGTAACAAACGCCAAGGAATTCACGATACGATCGTTTTAACTTCAGAAATAAGCCGAACGCTACGAGCTTTGTTTTGTTAGCACACCGGCTAACCTAGCTGTTTAATATTCAAATTTCAGATCGGTTCAAACGGCCAAAAATGAGCATTTAAATCATCCTAAATTTTAAACAGCAGTATTTGCGCGTAGAAAACATCTCACGCTGATGGGTATGTATTAGAAATGTGTATTTTCTTATGTATTAGTTTGTGTATTTGAATTGGCAGTTCGTTAACCAGTTAGCATACTAGCATAACATAATGACAAACTAAGGTTTTAAATAAGTGTTTTTGTTATAATTGAGTGTCATTTTGCTATAAGAATGAACTGGTATGAAATAATGTGTGTATATTTGGGTTTTAAGTGACCATTTAGTTACATTTCAGATAGATCCAGTTTTAGTCAAAAGGCTTTGTCTCTCTTTCCTGTCCTGAAGGCTTAGTTGTTGTGCAAAATATTACACACAAATCACGTTTTCTCAAGAAGTCTTTGACAAACAGTTTTTTCTGAGATTCAGTTAATAATAATTTATTTCCCCAATTTAATTTGGCAGCGAAATCACACTCGATTGTGGTGATCACACGTGCTTATTGTTTCTTTTTGGCACAGAAATCAAATAGGATGTGGTTTTAGATAGTTAATGTTAAATCACTTTCAGTTGTTTAATTACACTCCTGTTAATCAAGTTATGTTTTAAAGATTAGTTAACCTGCTATAGGGAGTTTCCAGTTGACAAGAACAAGACATAAGTCTCAACAAGCTTTGAACTGAGGTGATTTTTTTTCCATGACTGCACTGGCATCTGCACATATTCCTCGTTTTGAATAACATAAGTGAGTGTCTGACATGTTAATGAGCTTCTCATGCATATTAAATACATATTCTTTTAAGTTTGTCTCATCAAGTTGACAAGCAGGTATTCGAGTCATGATTACACTGCAGTTTCTGCATCAGTTCCTTGTATGAAGACAATAGTCATTTCAGTTTTATATATATTATGTACACATGTATAAATATTAAAGAACAGATTAAATGTAGAAGAATTTAAACATGTTTATTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTTGTTAATATTTTAAATATATGTAACGTAAAAAGTGTTTGCATTTCTGTATAAAACCTACTTGACACTTTTATAACTAAATAAGCCTTAGTTAAACAAAATATAAAAATATATAATGTTTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTATAACTAATATATTCCCAATTTATGTACTATATACATTTAGTTTACATATATATGTATGTCTATATGCATGTATACACATTTCTAGATATAATATTTGCATTAATTAATAAATATATTTAATATAACATTTACAAGAAAGCACTATTTATATAAACTGTGTATTTCTACATAATAAATAAAACATTTTATAAATAAATCAACATCCACATTTAGTAACCCCACGCTACAGAGGTTCCCCTTTTGTTTCTCGCCCACCAAACTTAATTATAGTTACTGGGAAATCCTGGTACAATTGTATTTGTAACCGAAAGAAAATGAGTGGGCGTGCCAGGGTAAAACGGTGCTTTTGATGGCTGACAAAAGGAAGTACCTTAGTCGCGTGGATGGCTGCTCAAGATAACAGCATGTTAAAAATATACATGCACTTGTTAGGTACGTAAGATGTTGTTTTATAGATTACTTTATTTATATATATATATATACATATATATATATATATATATAGGGATATAGGGGCTGTGGGATTTGGAAAAAAATAAAAAATTTTGACACATATTGCAATTTGATTTGCCATTTTAACTTTGTAGTCAAGCTTCAGCTCAATATTCTGTAATCCGTAGCAACATTTTTGTGACAGCTCTTTAAAATTACCTGTTTTTGTGTGGACTCTGTTACTTTAAAACCCAAAATATTCCAATATTACCAATGTCCTGTTTTTTTTATATATATATATATATATATATATATATATTAATTTGACTATTAATGCTTCTGAAGCAGCAGACGCCAGTATCCCAATTGTCCGTGCTTTCCTGTTTTTTTCATAAATTTTTTTTATTGTGGGTGTTCCACATAGTTCAATTGTGCAATTCTGATTGGGTGCTCACTCAATTGGCTATTAAGACTATCACAAACAGACTGCAGTCATGCATTTGCCATAGCCAGGGGAAATTAAATAATACATACATATTTCATATTACAGCATCTTGCAATTTAGCTAATGGAAATGTTTCAAATTGTGATTCGATTTCGATTAATCTTATATATAAAAATGTTTTATATTTTGTTATATTTATTTCACAGAGTATTTAATGCAAAGAATTTTTAAACTATTTAAATATCATCTTTAAGCAAATACATCTACAAGATATAGGAAAATAGGTGGTGTAATCCTCAGAACAATAAATGCAGGGTTGTTATGTAATCCAGTTATGTTGTAATTTTACTATTGAGGTTCTGTGACTGTTGTATGGTTGCTGTATGGTAAAAAGTATAAGGCTAATATCTGATTTAAATTTAAAAAAATGAAGTAAATTATTAATCTGATATTTTGGGTGGTTTTTTGTGCATTTGGGCGGGTTTTGGACAGCTTTAGGGCTGGAAAAAGTCAGCTATATCTGGCAGCACTGGCTGTTTTCTCTATATGTGAAAGTAAATGAAGGTTTTATTCATATCTGTAAGTTTTTTTTTTTTATATAGGGGGAAATCATCATCCATAGATTTGCTTGATTATATGCCACTTTTCTGGAAAAATAGATTTTACACTCTTTTTTTCCCCTGCATATTCATAAGGAAGCAGATGATTGATAGTATCTCGTCACTTTATTCTCATTTTCCCGAATGTCATCGCAGCATGAACTCATCTCCGTGTGATAGAAACCGTGATCTTTGTCATGAAACATGTTCCTGTTCCCTATAGGTTTGAATTCCTGCCTTCGTGCACCTAATACACTTTCTGATGAGTCACAGCACAGGAAAAACAACCCTGATTTACACTTTAACGCTTCCTTGTTAAGTCTCCCTTTGGATCGGGTGAAGACTGGCCACTTTACTCATTATTAGTCACTTAAAAATCCCCTGGCTTTTGTGTTGTTTTGCTTATATAGTGGCTATATTAGGCAGCCTTAAGGTATGGCATGCAGACTAAGCTGTAATAAATGATGAGTCAGGTTATTGCTGCTGTTCTGGACTTCCCAGGACTCAATGTTTTCCTCAGCTCATGTTGTCAGGCTGAAGCCAGAAGGTTTGAAAGCGATGTTAGCCTAAATATCCTGTCTGGTTGGATGTTCTTTGATGTTTAAATGAACCTGCTGTTCTCGGGTCGGTGATAAAGAATGGCTGAGATGACGAAAAGGAAAGAATCTGACTTGAGTCATTTGTTGTTGTTTTTTGCTGTAGTACTTGTTACTTTCAGTTTGATTTTGTGTGGTTGTCCAAGAGAAGAATCAATTAAATGAAAAGCATGTTAGTAGACCTTTATGAACTTCTCATCAGATTAGTTGTTGTTTTTAAATGGAATATTTTGGTTTTCTGACGCTTTTAATTTTTTAGGAAATGAGCAGAAGTGGAATAAAAAAAATATTTCTAAATGAATCATTTAAAATTGATGGTGTTATTCTGATTCAGCTCGTCACACTTGCATGAAGTATATTTGCAGTTTGTTCTGTGGATTTAACTTAATAGCTTTTGAGTTTTTCGTTATTTTATTTTTTACATTATTATTACTGTTTTAGTATTTCTATGTCATTTATTTTGAAAGAAAGGTGCATTACTTTTGAGGAATATTTGGTTATATTCTAGTCATTAACATGTTATTTTATCCTGTTATTAATTTTGTTAGTACAACTGCTTTGTATTCAAAATAGTTTTGCATCAATAGTAGGGCTGCACGAATCTGGCTAAAATGAGAATGATGTTTTTTTGCTTAAATAAATAACGATTTTCTGATGATTCTGTAAAATAAAGCTTAATATGAGGCTACTATTATTGTTATTTCTCTAATAAACATTAAAACAACACAAATAATATTTGGCCTATAGGTTGCTACATTTTTAGTAGACCTGGAATGCTGGGTTTGAGTAGACTTTAAATTTGTCCTGGTTGTTAATTCACAGTTGAGTGATGACATCAGAATGCAACTATTCATAATTCTGAAGTTAAATTATTATGTTTGAGACATTCTTGTCATTTGTCATTTGCAACATTAGTAGACCATTTTTTTTACTGATAAAATGAGACATTTGTCATTATCAGCATCAACTCTTGCATTATATTGAATATTATATAGGCTAGAGTAGTTATACTGACACTTAACATTTACTTTCATGCACAACCCTTGTGTTCAGTATGAAAGAAAAACATCAAATGCTTGACGTAATCATAACTCTAAAACGGGATATGATTGTTTAAATGATGTGCGCACTTTTCAGTTTCACTTTTCACTGCCGAGTGCAAATCATGTCATAGCCGCTGTTATTTTGAATTCAGTTTGCAACAAACTGAACGTTATTTACAACTTTGT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Seq C2 exon
GTTATGTTTTTCACACTATGTGCTGAACGCCCACAATGCCAGGAAATATTTAAGAACCGTTATCTTTGGAAGAGCTTTATCGGTTCCAGTGGAACCTTTAGGACTTACCGCCGTATCGTTTTACGCAAAACGCACATAGACACCAATGCAGCAATAAGAGAAGACCTTGGGGACCGGAGCATCACAGACCGCGCTTCGCTACAATGCCCGTTCAAGCTCCGCAATGGACAGAGTTTCTGTTGTGTCCCATCTGCACGCAAACCTTCGAGGAAAACCACCGCAAACCCATCAGCCTGGGCTGCGGACACACTGTCTGCAAAATGTGCCTGAACAAACTCCACCGCAAAGCCTGTCCGTTCGACCAGACCACCATCAGCACAGACATCGAGCAACTGCCCGTCAACACTGCGCTGCTGCAGCTCGTCAGTGGACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000062550:ENSDART00000144545:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
PF0136316=FYVE=PU(69.6=92.2),PF052906=Baculo_IE-1=WD(100=70.1),PF134451=zf-RING_UBOX=WD(100=53.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]