GgaINT0034531 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000009669 | RSRC1
Description
NA
Coordinates
chr9:24135484-24157235:-
Coord C1 exon
chr9:24157110-24157235
Coord A exon
chr9:24135655-24157109
Coord C2 exon
chr9:24135484-24135654
Length
21455 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGG
5' ss Score
10.51
3' ss Seq
ATGTTATGGATTTTGTGTAGATC
3' ss Score
6.05
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
ATCGCGCTCGAGACCTCGACAACGCTCCTATAGTCGGAGCAGTGAAAGATCCAGTCATAGGAGGACTCACAGTGGGTCTCGTGAAAGAGAGCGGCGGAAAGGCAGAGAGAAGGACAAAGTAAAAGAGAAAGGCAAAGGCAAGGAGAAGGAGACATGTAGCACGAAGCTGGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000009669:ENSGALT00000015739:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]