Special

GgaINT0034531 @ galGal4

Intron Retention

Gene
Description
arginine/serine-rich coiled-coil 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:24152]
Coordinates
chr9:22042166-22063917:-
Coord C1 exon
chr9:22063792-22063917
Coord A exon
chr9:22042337-22063791
Coord C2 exon
chr9:22042166-22042336
Length
21455 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGG
5' ss Score
10.51
3' ss Seq
ATGTTATGGATTTTGTGTAGATC
3' ss Score
6.05
Exon sequences
Seq C1 exon
GCGCAGGCACAGATCGAGCAGTAGTTCTTCATATGGCTCTAGAAGAAAACGCAGTCGCAGCCGATCAAGGGGCAGAGGAAAATCCTACAGGTCTCAAAGATCGAGGTCAAAAAGTAGAACAAGAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
ATCGCGCTCGAGACCTCGACAACGCTCCTATAGTCGGAGCAGTGAAAGATCCAGTCATAGGAGGACTCACAGTGGGTCTCGTGAAAGAGAGCGGCGGAAAGGCAGAGAGAAGGACAAAGTAAAAGAGAAAGGCAAAGGCAAGGAGAAGGAGACATGTAGCACGAAGCTGGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000009669:ENSGALT00000015739:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

ORF disruption upon sequence inclusion

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=1.000 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):

C1:
NO
A:
NA
C2:
NO


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]