DreINT0129554 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000033987 | rsrc1
Description
arginine/serine-rich coiled-coil 1 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040426-2374]
Coordinates
chr15:2235792-2272415:+
Coord C1 exon
chr15:2235792-2235914
Coord A exon
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Coord C2 exon
chr15:2272248-2272415
Length
36333 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAAGG
5' ss Score
10.28
3' ss Seq
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3' ss Score
7.8
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GTCTCGATCCCGCCACCGAAGGTCTCGCAGTTGCAGCAGTGGACGATCCAGCAGGAAACGCAGCAGAGAGCGAGACCGTGGCCAGCGCAGGACTCGGGACAAAGACAGGACACGAGACAGAACTAAAGACAAAGACACGGATAAAGCCAAGGAGAAGGACAAACAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000033987:ENSDART00000147710:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]