RnoINT0125436 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000002750 | Rc3h1
Description
ring finger and CCCH-type domains 1 [Source:RGD Symbol;Acc:1563512]
Coordinates
chr13:78722763-78752706:+
Coord C1 exon
chr13:78722763-78723109
Coord A exon
chr13:78723110-78752329
Coord C2 exon
chr13:78752330-78752706
Length
29220 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GCGGTGAGC
5' ss Score
8.02
3' ss Seq
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3' ss Score
13.24
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GTTATATTTCACACTATGTGCTGACTGTATCTACAGAAGATATTTAAAAAAAGATAAACTTTTTTCCAAGATTTTGATTCCAGTGGAATCTTTGCTTTAGATTTGTGTGTGTGTGTGCGTGTTAGTGAATTGTAACTCCAGAAGCAATGCCTGTACAAGCTCCACAATGGACGGATTTCCTTTCCTGCCCAATTTGCACTCAGACTTTCGACGAAACAATTCGAAAGCCCATCAGTTTGGGCTGTGGCCATACTGTCTGCAAAATGTGCCTGAATAAACTCCACCGTAAGGCTTGCCCATTTGACCAGACCACTATCAATACGGACATTGAGCTCCTTCCTGTGAACTCAGCATTACTGCAGCTAGTGGGTGCTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000002750:ENSRNOT00000003689:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
NonCoding
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]