MmuINT0133088 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000075376 | Rc3h2
Description
ring finger and CCCH-type zinc finger domains 2 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2442789]
Coordinates
chr2:37270036-37274987:-
Coord C1 exon
chr2:37274952-37274987
Coord A exon
chr2:37270333-37274951
Coord C2 exon
chr2:37270036-37270332
Length
4619 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGCAAGT
5' ss Score
1.91
3' ss Seq
TTGCTTTTGTCCATTTGCAGCTT
3' ss Score
10.12
Exon sequences
Seq C1 exon
TACCGGGGATTGAATTTAAAGCTTCACAAACATTAG
Seq A exon
GCAAGTGTTCTACAACTGAGCTACATCCTTGAACAAAACTAATTACTTTGATATGTTCTATATGGGGAAGTGTCAGTGTAGTCCACTATAGTACTCAAATGTAAATAATGATTGTTTAACAACCAACCTCTAAGTGTATAAGTGTATAAACAGAATTATAAAATACTGTGTTACACTATTATGTTTTACACACAAAGTAGTGAAAAAGACATATGCTCTATTCTGACTTTTTAAAAGTGTCATGGTTCTGAACTGACTATGTAATACGAGTAACAGAAAATGAAAGTATTTTGCTAGTACACTGTTTATTTCGGTAAAGAAGTTTGTAATTTACATCTATAAAACAAGTCTGTTACTCTTTGTATATTATGAATTTGGACTTATATCAAGGAACTTATAGCTTGGGAGTCTGAGCCTGTTTAAGGTTCTGCCTCTACTTGAGTATTTCTCCTTCTGTGCTTTATCTTACGCCTTGTCAGTGTTAAAAACTAGGTACTGAAATTAGTTAATAGTGAGAATGTTTTCTCAATCTCTGTAGGCATCTAGATTTTTGGGCTTTTTAGTCTATTTTATCTCAACTTGAAACATGTGGGAAGTATATTTGGGATAAGTGCTTTGCTAGTCACTATAAATGTTAGCAGTTATGATGTCATATCTACTGAATCAAATAAGTTATTGTAAAATATGTTACTATAAGCCTAAAAGTTCTATAAATTAGTATACTGAGCTCTTGATTGTTTATTTATATGCTTTTAAAACTATAAAAATAGTAAGAGGTTGGGCATATTAAAAAAATAGGAGGCTGGATGGTAGTGGTGCACACTTTTTAGCCCCAGTACTCAAGAAGCAGAGGCAGGAGTATCTCTGAGTTCAAGGCCACCGTAGTTTATGAGCTCCAGGACAACTAGGCTGTTAGAAAGAAACCCTGCTTCAAAAAAAAAATTTGGGGGGGATAATTGTAAAAGTATTTAGATAAACTCAAGAAGTACCTTTCAAATAGAGAGCTGAAACTCCTATGCCACCAATGAAATATTTTAATGGTTATGCATGTTTCTCTGTTTTGGATAAAATGTTCATTTTTTTATTTGCATAACTTAGAATTTATTGACCATAATACTAAAGGAAAGCATCTTTAGGAATCAAATCATATTGTGTAAAGAAAGTTTAGTAAGTTTACTATCAGAATCTGTGATATAGCAGGGGAAAAAAATTGACAGTGTGGTCAGTTTCATTTGAGCTATTCTTTACATTTTACAGGCATTTATTTAGTTTTTAATATGAATTAGTATTAAAAGCTCTTGTCTAGATAAATATATGTATGTGTGTATGTATGTGTGTGTGTATACACATATATTAAAGAACTGTCAGGTGCATCTGGAGCACTGTCCCAATAGTCTTGGAGAAATAAGGAAAAGGGTGTTAGTTCTTTGTTTGCTGTTACCAAGCAGTTTGTGAAACCCTAATGCAGTAGAGTCTGTGTTTCTACACAAATGTCTGTCTAGCAAAATACCAATTTATGTTATTAATTTGGCTTTCCAGTTGTAGATTTAAATGAAATTCATCTTTTGCCTGGATTTATAATTCTATAACCAGAAAATAGAACATCAAATATGTTAGTTTCAAAAAGTATTTGCTCACTTGCTTATTGGCAATCTCTACACGTGGTAGTAGACTAACTGGTTTCAGATTGGTGGCTCTAATCAGTTTGAGGATAAAGTGTAAAAATTTATATCTTGACAAATTTGAGTTGCTTAGAAGTAAATATATTGATATTAATATATAATTTTTTCATTAAAGCTGTTTAGTAAAGATTTGTACATTATATGGGATACTTTTTTTGTATATTAAGACCTGTTTCAAGTTTACCAAGTAAATTTTAATTTTTTAAAAAAATTTTTAAAAAAGTCTTACTTTTTACTTTTTTGTAAAAAAAATTTTTCGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCCGCCTGCCTCTGCCTCACAAGTGGTGGGATTAAAGGCGTGAGCCACCACGCCTGGCACTTTTTAATTTTTTAAGACAGATTTTCTCTATGTAGTCCTGGCTGTCCTGGAACTTGTTCTTGTGCAAGGCTGGTTTTGAATTCACATAAATGCCTGTGCCTCTGAGTGCTGAGATTAAAGGCATGTGCCACTACTGCTTGTCTTAAAAAAAAAAAAAAAGAGCCAGGCATGGTTGGGCATGCCTTTAATCCCAGCACTCGGGAGGCAGAGGCAGGCGGATTTGAGTTCGAGGGCAGCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCCAGGACAGCCACGGCTACACAGAGAAACCCTGTCTGGAAAACCAAAAAGAAAAAAAGAAAAACTAAAACATTTCATTTGTCTCTTGGGGTTCTGGGGAGTGCTTACTGTTACATGTTTCTCTTTCCTGATGCTAACTACTCTTTCTGAGCATCTAGCATTCTGTATATCTAATGTATTTTGTAAGCATTTGTATGAAATAAAGTATTTGGTGGTTTAATTATCCTAAATACCTATATTTAATGTTTATCTGATGGCCTTTGTCATACTAATGTAAGTTTTGAATTGGAACATATTAAGGATGTGTGAGTTATAAGTAGTGTAGTTTCGATTGTGACTCTTGCTAGGCAATGGTGTTATACACCTTTAATCCTAGCACTTGGAAGGCAGAGGAGGTGGATCTCTGAGTTCAAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAATTCCAGGACAGCCAGGGCTACACAGAGAAAACCTGTTTCAGAAACAAACAAAAAACAAAACAAAAACAAAAAAAAGAAAGAAAGAAAAAAGAAAAGTCAAAAGAAACAAAGCAAAACAAAAACCCAAAAAGTAGATTGTGACTCTTGCTTGCTTTACTAAATGCTATACAATTACTAATCAAACAAGAAAATATGTAAAATGATTCTCTTATAGTTATTTTTCTGTGTTTGTACTATAATTCAGTGCAAAGATAAATATTTTATACCTTGTTTTCTGCTTAGAACTATTCCAAGAGAATAATGTTTTATTTTTCTAAGCCAACTCTATTGGGCCTGACAAGTTTTAAAAACACAGATACATACTTTTGTCAAAATTATTATGAACTATGACAAAAAATTCTAGGTAATTTTTTTTCCATTTTATTTTATAGAGGGGCGAGATGCATTGGAGCCATGCGCATGTTAACGGACAGCTTGTGAGAGTTTGTTCTCTCTTACCACAATGTTGGTCCCAGGGATGGAACTTGAGTTGCCAAGTTGAATTGTACATGCTTTTTTCTGTTGAGCTGTCTTACTGGCCATAGACAGTGTTTTCTTTGCTTTTGTCATTATTCTTTATTTTTTCAGTTATAGACAACATCCCTGTCATCACAGTCATCCGTAGATTTTCAGTAACTCACTAAGCTGAGGCACATCCTAATGTAGCATAGACTTCCTCCTTTAGATGCCAAGGTGACAGCTCACAAACAAATGTAGCACATTGTTTTGATGATTGTGGTGCTAGGAATTGAATCAGGGTCTCCTGCCTGCTGAGCAGACTGACAGAGCTACATCTCCATCCCTACAGTATTATTTTGATCAATAGTTTCTGAAGCTTAGCAGCTATTAAGACATATCAATATATTTTGAGGTAGTGGTTATCCAAAGAAAACACTTCAATCTTCAAACGGTCCAGTAATTTGTGTTCTTTGGTTTTCCCTTTTTTTTTATTTGTTTGTTTGTTTGCTTGCTTGTTTAGGTTTTTCTTTTTCCTTTTTCTTTTTTTAAAGATTTATTTATTTATAATATGTAAGTACACTGCAACTGTCTTCAGACACACCAGAAGCGGGCATCTGATGTCATTACGGATGGCTGTGAGCCACCATGTTGTTTTGCTGGGTTGAACTCAGTCCCTCCAGAGCAGTAGTCAGTGCTCTTAACCACTGAGCCATCTTTTCAGCTCTTGTTTAGGTTTTTCAAGACAGGGTTTCACTGTATAGCTTTGGCTGTCCTGGAACTCACTCTGTAGACATACTAACCTTGACCTGACAAAGATCCACCTACCTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGGTTAAAGGCATGTGTGCCACCATGAACACATTGTTGGTGTTCTTAAGTAGAGAGTGGGAGGTAGGGGCTGTGAGATGTAAAGATGCTGCCAAGCTAGATGATCTGTGTGTCCTCAGACCCCACGTTAGAAGGAGAGAACTAACTAGCATGCACACATGGCACACATGGGCCCACATACATACACATAAACCCACACACAAAATAAAAACATTAAGCAATAAAAAATAGAATGTATTAGTCACTAAGAAAAATACACCAAAGTTTTGATTACTATTGCATGAACAAGCAGTAGAGTTTAGTTGAAAGGAATAGTATTAATAAATTGTCTCTGGGTAAATGTGCAAAATGTAATTCAACTTACAGTTTTGTTATTTATTGTTTGTTATAGAGACATCTAAATCCTATATTTAGAAATGTTTTAGATTCTGGAGTGGTGGTAGTTGATTTTAACAGTTAAGTGAATGACTAATAAATATATTGTTAATGCTTGCTTTTGTCCATTTGCAG
Seq C2 exon
CTTAAAAAACACTACACATCAAAATAATGATCTGCTAGACTGCTAACCCGAGCATCAGCTTCCACAATGCCTGTGCAGGCAGCTCAATGGACAGAGTTTCTGTCCTGTCCAATCTGCTATAATGAATTTGATGAGAATGTGCACAAACCCATCAGTTTAGGTTGTTCACACACAGTTTGCAAGACCTGCTTGAATAAACTTCACCGAAAAGCGTGTCCTTTTGACCAGACTGCCATAAACACAGACATTGATGTGCTCCCTGTCAACTTTGCACTTCTTCAGTTAGTTGGAGCCCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000075376-Rc3h2:NM_001100591:2
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
PF146341=zf-RING_5=WD(100=55.8)
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs: