HsaINT0138829 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000056586 | RC3H2
Description
ring finger and CCCH-type domains 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:21461]
Coordinates
chr9:125659558-125667562:-
Coord C1 exon
chr9:125667389-125667562
Coord A exon
chr9:125659856-125667388
Coord C2 exon
chr9:125659558-125659855
Length
7533 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAGGG
5' ss Score
9.46
3' ss Seq
ATACTTTTGTCCATTTCTAGCTT
3' ss Score
8.22
Exon sequences
Seq C1 exon
GTCGCGGCCTTCGCCGCCGCCAACGGGGCTGTCCCTGTAGCTCCCGATGGAGTTTGAGGTCGTGAAACCTCCGCCGAGCTCTGCCCCGGCGAGACGAGGCGCCTCCGTCGCCAAGCCGCGCCGTCGCGGGGCTCCCGGGAGCGGCCCTTAGCGACCCCGCCCGGGCCCCCTCAG
Seq A exon
GTAGGGCGGGGGCGGGCACGATGCGGCTCGGGCCCCAGCCCGGGTGCCTGGTCCCCGGCGGTCGGGCGGGAGACCAGTCTCAGCCCTGGGGCCTGTGCGCTGTCGCCCCTGGTGCCTCGAGGGTTGGGAACTGAGGGCCGCACCTGACACTCGGATGGAACCCGGGCCCTGCGGAGGCCCCTCTCTCTGGTAGGGCTTTTTCGATGCGGAGCGACCGGCTCAAATGGCCACCTTCCTTCGACACTGGCCGAGCGGACGCCTCTGACCCCTAACGAACCCACCCAAGCAAAGGCCCGGCTTCACTCTCCCTTTTCTACACCAGTTAGTAAGGGGGTTTGGAAGAGGTCCTCGAAACCAAGTCTTCTCCTAGCTTTTCAGCTTTCTGCCCTGGGGCTTCCCGAGACCCTAGCGTAGAGGGTGGTGGAGGCGATCTGAGTGGTAAATAGGAACCCCGGCCAAACAATGCCCTGGGAGGGCTTAACCTCCCAGGATGGGGACGGCCGGACCTGAGTGGTTGCACAGGGGTTGTGGCTAGGAGCAATGGCATGAAACACAGCCAGGAAATTCTGCTATGGCTTTCTTCTTTCCCTCTCTCATTTTTCCTTTTTGGTGTAGCCTCTTGAGGAGACTCTTCCACCATCTTAGAAGAATGGTAGAAAGCATCTTTGTTTCCCAGAGAAGCAGCTGTACTTTTTTCTATCCTTAGCTTTCAGGATGGGAGAAGATGAGGGTAGCTGTCATTTCCATCCTTCAAATCCCAAGGCAGCCGTTTAAGATACCGGCAGATAAATCCTTCACACCAAAATTGACTCAAGTAATCACTGGCATAAAGTAAATCTAATCCAGTGATTTATTTATATTTTCATAACCCTTGGGTTCCCTTTTTAATTCCTCCTCTCCCCTTACCCACGGCCTTCCTTTTTTTCATTTCTACTCTCCCCCTACCCATTGTGGGTGGGTGAGTTTGTATCCCAAATAAAGTGCTTTAAGTAATCTTTTTTCCAATTTTGTATTGGCCAAACTTTTAAGTTCCAGTAGGAACTTTTGGTTAACCTGAGAAAGCTAACGTTGCTATACCACAGTGGTATAAAGTCACTCAAAAGCAAAGAAACAAATGTTAGCCAGTGCAGCCTTTTAATGGTTAAACATACAAACTTAGTTAAAAGCTTTTTACGATATTAAGAATATTAATAGATTCTCCTTTTTAAAAAACCTTTTAGCTGTCTAAAAAGCTATACCACTGTTGTAGCTTCACATGCCTTTCTTACGTTGTTTACTTCCACGTTCAATTTTTGAAGAAATAGAGGTCGTTACATCCTGTTAAAGACTGCTTTTCAATATTGACATTTTCGTTGATTTGGAGATTAATGTTTTCAAAATTTTAGAGTTTGGAAAATTGCTAGGAGGACAGAATGTGAAACATATTCTAGTTACGTTTAGAAAAAGCAGATGTTATAATTCAAACAGGCACTTGTTCTATGAGGATTTAATTACACTCGTGTTCATTAGTGGATCCTTTGAGTTACCCCTGATCTGTTATTTCTGTTGTGGTAACCTGACATGTAAGAAGACTTACGTCCTTTGTTCATATATTTTTGTTAAATCATACTCTGCTTTTGTAATTTGCTGTCTTCCACTTTGAAAAAACCAAAAATTTGCATTTTGGCAAAGCATTCTTCTTTACACTCAGGATTTTATATTCAAAAGTTGAACTTCTACATTGTTTGCAATAGCTAAGAACGCTAAAAAAAACTTCATAACAAGGTTTTAGTAACTACTTACTGTTTAGTTTGTACCGTGTTGAAGTTTCACTTTTTAGTGATGGAAAAAGGAAGCATGGGTAAAATAAAGCTAGCTGAAAATTAAAAATAAGTTCATGTTTTGCATCCAGTCTCATGAATGTTATGATCAGCGTCTCTAATTTTACTAAAGCTTTAAGTGTAAGTGTGAGTTTTACCTCAATTTCCTGATAAAAGTTCTAAGTATTACTTTATAATTTAAATATTCTAGAGTTGCACTGTCCAGTACTAGCCAGTGGCCACATGTGACAGTTGAAGATTTGAAATGTGGCTTCTGTGAATTGAGATGTGCTTTAGGTGTAAAATACCAGATTTCAAAGACTTAGTACCAAGATTTTTTTTAATATCTCAGTAATTTTAATATTGACAACATGTTGAAATGATATTTTGTATAAACTGGGATAAATAAAATATATTACTAAAAATAATTTTAGCTATTTTAACTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGTCTCTCTCTATCACCCATGCTGGAGTGCAGTGGCACCATTCGGGTTCACTGCAACCTCTGCTTCCAGGTTCAAGCAATTCTCATGCCTCAGACTCCTGAGTAGTTGGGATTACAGGAAGGCACCACTACACCAGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTTGCCATGTTGACCAGGCTGGTCTGGAACTCATGACCTCAAGTGATCCACCCACCTCCCGCCTCCGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCACGCCTAGCCTCTTTTAACCTTTTTTAATGTGACTACCAGAAAATTAAAAATTACTCGGATTATAATGGCTCACATATTTCTATCGGATATTACTGTTGTAGATCAGCATTACTCTTCCAAGAAATATGTTAGTGGAATAAAAGTAGATGTATAAAAACCCAAAACTTCCAGATAGATTATCCTGTTACAATCAGAATAATTAAAGAGCTAAGGACTTTGGTAATATGAAGGATGAAGTTATCCATTGGCTATGATTTGATAGGCAGAAGTAAGTTCTATCTCAAAGAAAGTATTTTTCTCGTCATCACTAATATTAGTTATACTTGTTAAAATAGAAAGTTGGCTGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGAAGGCTGAGGCGGGTGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGACCAACATGGATAAACCCCATCTCTACTAAAATTACAAAAAATTAGCTGGGCCTGGTGGCGCATGCCTGTAATCCCAGCTACTCCGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGACGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCATTGCACTACAGCCTGGGCAACAAGAGCGAAACTCCGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAGTAGTTATCTCATTATTGCCCTATTAGAATGCATTGAGACTGGGCGCCGAGGCTCATGCCTGTAATCCCAGGACTTTGGGAGGCCAAGGTGGGCAGATCACGAGGTCAGGAGTTTGAGATCAGCCTGACCCACAGGTGAAACCCTGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAACCGGGCATGGTGGTGCGCACTTGTAATCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGTATGAAACCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAAATCGCACCACCGCACTCCAGCCTAGGCAACAGAGTGAGACTCCTCCATCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAATGCATTGGAAGTTATATCTAATATTTATTTTAAAACAGTTCAACCACATAGTGTATTTAAGAAGTAAAATTTGAGTCATATATACTTCACACGTTAACGGCAAAATCACATATTATAGCAGTCTTTTAAATTGCAATTCAATTCCTTTTTCTCCAGTACTGAGTTTCTAGCTTACAGGTTGTTTCCATTGCTGTTTTGGTTTTTACTTGTCTTTTAGCTAGAGATCCAAATTGTGCTTATGCTTTAAATATCATTTTTTAAGAACAAAACTAATTATTTTTAAGTTTTCTAAACGGGGAAGTACTGTGACAGTCCATTTCAGTAGCTTATATTCCTCACATAGGTTAACAAGAATGAAAACAATGGTTTTAATTAGAAGAACTAAGCCCTAAGGTTTACATTTTTATTAAGAGAATTGTAAAATGATGTATACATATATGACAGTTAAAGAAGCATAAACTTTATTCTGGCATTTTAAAATCAGATGCCGTAGACCTGAACTGGCTGCATAATATGGTGGACTAATAAGAGAAAATGAAAGTATTTAGCTGGCTCTTAATAAAGCAGTTTGTAATTTGAATCATATAAGAGATGCCTATTGTGCTTCCTGTTTTATGTGTCAGCACTCATAGCAAGGAACTTACAGTCTGGAAAATTATTTGAGCGAAAAATTGTTTATGGTCCCACCTTTAATTTAGCATTTCTCACTCCTATGCTTTATCTTATTATCCTTTTTCAATTTTTGTAACTGGTAACTAAAATTAGTTAATACAAATAATTAGAATGTTTTTCTTAAGGAATCACTTTAGGTATCTTGAGTTGTAGGCCTTTTAGTCCATTTTATCTCAGTTTGAAATGTTTTGATTATTTGAGAAGAATACTTCAGTAGTAACTATAAATATTCATAGCAATTTAGACTTACATAGACTCAAATAAGTTGCATAAAATGTATTAGTATAGGTCTAGAAGTTTTGCAAATTAATATGTAGTCTTAGTGCTCCATGGTTCATTTATATGCTCTTTAAATTATAAAAACTATAGGATATTTACCATTTTTGGTAGTTACAAAAATATTTTCTAGGTAAATGTTTACAAAGTGCCTGTTTTGAAGGAATGAAGTTTCTTCTATGTTTTAGGTAAAATTTTATATTGATTTATCTTAATTAAGGAATCTAGGATTTACTGATAATATTACTGAAGAAAAACATATTTGGAAAATCAAAGCGTTTCTTACATCTGATCGTATAAGGGAAGTTTAGTTGATAATTTACTGTCAGAAAGCTAGACTCTGACACAGAGAAGAAAATTTGGTAGAGTTATTGCCAAAATTTTGGCAGTGTTTTACCTTTATATCTTAAAGGTATTAATTCAATTTGTGGTAGAAATTAAACTTCTCAGTATTAATTATGTTAAAACCTCTGATGTTTCTATGCTGAAACACACTAAGGACTATTGTAACATAAAACTATACTAA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Seq C2 exon
CTTACAAAACACTACACAGCAAAATAATGATCTGCTAGACTGCTAACCCGAGCATCCAGCTTCCACAATGCCTGTGCAGGCAGCTCAATGGACAGAATTTCTGTCCTGTCCAATCTGCTATAATGAATTTGATGAGAATGTGCACAAACCCATCAGTTTAGGTTGTTCACACACTGTTTGCAAGACCTGCTTGAATAAACTTCATCGAAAAGCTTGTCCTTTTGACCAGACTGCCATCAACACAGATATTGATGTACTTCCTGTCAACTTCGCACTTCTCCAGTTAGTTGGAGCCCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000056586-RC3H2:NM_018835:1
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
PF0136316=FYVE=PU(70.2=94.8),PF146341=zf-RING_5=WD(100=55.8)
Main Skipping Isoform:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)