MmuINT0169158 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000032307 | Ube2q2
Description
ubiquitin-conjugating enzyme E2Q (putative) 2 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2388672]
Coordinates
chr9:54997176-55010876:+
Coord C1 exon
chr9:54997176-54997633
Coord A exon
chr9:54997634-55010774
Coord C2 exon
chr9:55010775-55010876
Length
13141 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACGGTGAGG
5' ss Score
9.2
3' ss Seq
CCTAGTTGTCTTTGTAACAGGAA
3' ss Score
6.46
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GAATCTTACCCATCTTCTTCACCAATATGGTTTGTGGACTCTGATGACCCAAATCTGACATCAGTTCTGGAACGCTTAGAAGATACTAAGAACAACAGTTCG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000032307-Ube2q2:NM_180600:1
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.383 A=NA C2=0.382
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0577317=RWD=PU(54.3=98.4)
A:
NA
C2:
PF0577317=RWD=FE(28.4=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs: