BtaINT0156229 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000004024 | UBE2Q2
Description
Bos taurus ubiquitin-conjugating enzyme E2Q family member 2 (UBE2Q2), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001075530]
Coordinates
chr21:31649523-31660470:+
Coord C1 exon
chr21:31649523-31649867
Coord A exon
chr21:31649868-31660368
Coord C2 exon
chr21:31660369-31660470
Length
10501 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACGGTGAGG
5' ss Score
9.2
3' ss Seq
CATCAGTGTCTCCGTAACAGGAA
3' ss Score
6.41
Exon sequences
Seq C1 exon
ATTTTCCAGCCCCGATCCGACGCGGGCCGCGGCGGCGAGGAGAGGCGGAGCCGCGAGAGCGCGGCCCGGGCCGGCCCCGCGGGGCGGTCGCGGCCGTGACGGCGGCTCCGGGCCCGGCTCCCCTTCCGCACCCCTCCCGCCGGAGATGAGGGGAAGATGTCCGTATCAGGGCTCAAGGCCGAGCTGAAGTTCCTGGCGTCCATCTTCGACAAGAACCACGAGCGATTCCGCATCGTCAGCTGGAAGCTGGACGAACTGCATTGCCAGTTCCTGGTGCCGCCACCGGCGCCGCCGGGCAGCCCGCACTCCCCGCCGCCGCCGCTCACACTCCACTGCAACATCACG
Seq A exon
GTGAGGCGCCCAGCCGCTGCCCCTCAGGGCCGGGCCGGGGAGGAGAGGGGCGCCCCGAGTGCTCGGACAAAGGGGAGGCTGCCCCGGAGAGGCCCCTCGGACCCTGGGCGGGGCGGGGCGGGTCCGCCCCTTTTCCCGGTGAGGGGCCCGACTGGGGCCCCGCCGGGACTGCGCGCGGCTGGGGTGGGAGGAGGCGGACGGCGCGGTTCTACGGCTTTCCCGGCAGGGCTGGGTTTGGGGCTGCTGGCCCCTCGCGGCCCCGGTCGCCGCACCTCGAGGCGGCCGAGTCCTCGCTGGGTCGCCATGGCCGCCCACAGCCAGGGGCCTGCCCCCGGGGGCCGCGGCCCGCGGGTCGGCTGTTGTGTAGAGCCCCGGCGGGGCAGGCGAAAGGCCCTCAAGTTTGAACGCGTCCTTCTCCAGTCAGGTTTCCCTGGTTCCGTCTGTTCCCCCAATTATTTTTTAAGTTTGGGTTTAAGGAGAAACTAACATTGAAAACTGACGCGTTTGTCGGGGGAAAGTTTAGAATGCAGCCTCTGGCGCTGTTTGAATGATCCCATTCCCGCTGGCCTGGCTCCGCGCTAACGCGTTCCGAAGGCGCGTTGGACCTTGGATGCGGCAGGTGTTCTGGGGGGATGTTTGTGTAGCCCCTCCTGTGGTAAATCGGGAGCAGGGGAAAGGAGATCCGTGCCCAAATCTACTGCCAGGAAGATCGTTTTTATGTTTCAAGTCGGAAAGATCCTTTAAATCTCTCTCATTTGCTTCGTCGGAAAGCTCGTGATAAACCCGTAAAAAAAAAGTTAAATAAGTTTCCTCATAAAAGTGTATGATGAGGATGTTCATTGTGAAGTTGACCTACGGTATCGGTTCCAAACTGCGGGATGTGCCGCTTATTATAACCGGAGTCAAGGTGGTGGTTTCATGTTCCTCTGTGAATACGGTTAAAGCTGACTCTAGCGTCGTTAAACTCCCTTTGGTTAAGTTAGTAGGTAAGTCCTACAGCGTACCTGGTGCTCCGGAGTCTGCAAAGGCCTTGAGGTTATGATAATATTAAAATAGTTTTCAGAATACCGGGGAGCAGGTGTATATTAAAAAAAAATAAAGAGCTGTACTGAGATGTTCTCTTCTAGGCGCTGGTTTCGCAAAAATGGGTAGAGCAGTCCCTGCTTTCAGAGCTCAGGCTTCTTGAGGGAAGAGTTTTACACAACAAAGTGATCAAGTTCTAAGGTATGCTCGCGAAAGCCAAAGAGAGTAATTAACTTTGACTTTGGTTGGGGGCAGGGGGCGCTTCAGAAAGGGCCTTGAGGAGAGGCGGATTTGTGGAGTTGGGTTTTCACAGGTGAGTCGAATTTTGGAAGGGAGCCAAAGGGCATTTCAGGCAGAGGAAACTCCATCCGGAAAAAGACACCACAGCTTTGAAAATGTGGTTGGCTTAGGAATAGAGACGTTATAATGAGACTTGAGAAGCCCAGGATATAGGCGGGTGAAGGAGAACATTTTCCAAGAATGGAAAACAGGAAGTAGTCGTGAGCACAAAGTAGGTGATAATAAAGAGACTGGCTGATCTGAATGATGATTATTCTGGCACAAGTTGAAGTATGGCCCGGATAAACTAGGGCTGGTTTAAATGACAAACTGAACTTGTAGGCTCCTGGGGAGGCGCAAGCTCAGGTAAATGGGAAGATGTGTTTACCATCCAGGACTAGGAGTAGTTCTCTGTAGTGGGTGGCATTAGGAAACGTGTGTGTGGTTTTGGTTATTCTAGTGGGGGTGGGATGGTGGTGTTGCTGTGCTGAGCTGGCATTTAAGTGGCAGGGGTACAGGGATGCCAAGTGTAATATTCAGGCAGTCTGCCAGACAGAATTATCCCACTTCAAGTGCCAGCAGTGCCCTATTGAGAACCATATTGGAGGCTGATGGAGTCAGCTGCACACAAAGCTACTGAATGATGACATGGATTAGGGAGTAGACCACAAAGTGAGAGATGCCGGGCAAAAGGAGGACTTGGTGGGGACTAGGATAATGGTACCATTAATACAGACTACTCAGACTGAGGTGTCAGTGAATTATGACACATTATCAGAAGATAATTATCATTGTAGATGCTGTGTTAATAACATTGTTATGGAGAAACATCAAACATATTCAAGAAGTTTAGTAGCATGGAGAACTTCCGTGTATCCAGCCTCAACAGTGATAAACTTTTGGCCAATCTTATTTCATCTCTGCCCCACCTTGGATTATTTTGAAGCAGATTCCAGACATAGCACTTCATCTGTAAATATTTTGGTGTATATCTCTAAAAGATAAAGACTGTTTAGGCATGGCTTAGTGTTTAGATAAAATCAATACAGTTTGCTCTTGTCGATACCATTTTCTTAGAGGGGAAAGAGCAAGGAAAGAGTGGGGCTGGATTTCAAATGCCAGAATTTGTCTACTGTGTTTGATTTGCTATTATCTAAAAAGTTTTAGCTGTTAAAAATAAAAATGTACTGTTTGATCTGTTTAAAAAAAAATCTTTTCCTCTTATTCCCAAATATTCATTGAGTTCTTGCCAGGCCCTGTCTTCTCCATGCTTACCAAGAAGCATCCTTAGGCACTTGCTATAATGTGTGAGTGAATGGTACCTCATTAGTTGTTTCTTACACACATGCATGTCAATTTGAGTAATCCTCTAAAGATATGGTGCCCCCTTTTTCTTTCAGGCTTCTGCATCAGCAGTTTTCCCTGTGTGGAATGTGCCCGTTTCCCCAACTCATTCTGTCTTGACATGTCTGACCATCCCCAAGGCTCCCTAGTCATACAGTGTATCTGTTTCCCTTCCTGCCTCCTATAGTCCTTAACTGCTGCTTTGGTTATGTTTTCTTACATTCTGTTATAATACAGTGGTGGGTTTTTTGGAAAGTCTTTTTCATGGTGGCAGGGAAGACTATTCAGTGGTTTTGCTTTTCATCCTCCACTCAGTAAATGCTCAGTAAATATTGGTGTTGTTGGCGATATGGCCACCATTTTAACTACATTCTCTTTGAACAAAAATCTTAATTACTTAATCTTAATAAGTTAACTGTCAAGAACTGGTCAAAAGGGCAGAGAAAACATCAAGAAAGTGTCTTGGGTCGTGCATAAATATTTGAAAGGCCACTTAGGGTTTGATAGGGAATCTTCAATTTGACTTCACATGAAAGTGGTTTAAGAAGTAAAAAAAAACAGGCGAAAGTGTAGATGTTTTTTACTCTTTAGGCCAAAGGAGTGGAACTAAATTTCTTTTCTGTTTCATAAATTTGTCCTAATTTTAGATATGAAGGGGAAAGAGGGCTAAATTCAACTTCAAGGAGTCATTTTTTTACTTGTTTTCTGTAAACTCATGATAAAAAAGTTTGTCATGCAGACTTAAAAAGTCATTTTTTTCCATTTTCAGTAAATAGATTTAATAGCCAGTCAGAGCTACCATCCAGTTGTTATGATCACACCTAAAAGCAAAGCAGCTCATTTTAATAACCTGTGCAGCCTTATTCAGAGCCAGTATAGGACTTTGTTTTAGTTCTTTTGAAATATTTAGCCTAACTTGACAACCCCATTACTCCTTTTGTGGACTTCTTGGCATCTGGGAACTCTTGGTAGAGAATCACTGTTTTAAAGTGAGAAATCCCCCCCAGGAAGTAAATTAGCTGGTAAACAAATAAAACCTCATAGTACTTTATTATTTGTATAGCATAAATCATTACTCTTTCTGTATGAGTGGCTTTGCCGGGCTATTTGTGGTGGAACATTTTTTTGTTTAACTAATTAAATTTCTATTCATCATTGCCAAAAAGGGTACTCTTTTGCCCACCCCAACAACAAGATACTAAATTAAAAATGTTAGAGCTCTGAGTTTAGGAGATGGGAAAACAAATTGTAGTCTTAGTCTTTGGGACCTCAAGCAAACTACTACTTTTACTGTATTTTTCTATGAAATAGATAATACTTTTTGACCCACATGAGAACGTATTTAGGAGAATTCTCTAACAGTGATAATAACCTCTATAAATGTAAAAGTGATGATGTCATTAGTGATGTCAAAAGTGATGATGTCATTAGGCTGAATAACATTGGTTTGAAAATACTTTTTAATAGCTTTTCATGGGAAATGAACCAGTGCTGTTAATTTAATTTTTGATGTTTCTTGTTTTTACACTGATAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGTAGCCCTGACAATGTTATACAAGGGAAGTAACAAAACTTGACTGAAAAGCCCAAGACCTTTTCTTTGGTCTATTCTCCTGGGACAGATTGCTTTTCCAGTTTGAACTCCTGGAGAATCTTTTGAAAGTATCAGAACTGTCATGTTAAGTGCTTAAATGATACTTTCACTCCAGAGGAATCATTGTTTCCATTCATTTGACCAGTTTATAATATAGAGTCAAATTCCTAGTTCCTATCTAGTCTCCCTCATCCCCATTTTTATGACCTTCCTTGAAAGGAACAGATATATGAAGAGGAGATTTAGGTTTCCATTTTGTGAATGGGGTATCCTTTAGTAATTTGATTTTTTTTTTTTCCTTTGTTAAACTTCCTTAGACCTGGAAAAGGATAGTGTTAGATAAATGTCAGCTAGTTGAGGGGCTGGGAATTGAATTTAAATAGTCCCTGCCAAATAAAGCATTATTGGAGAATCAGAGTGGTAAAGCAGAGGTCCCTTTTTCCAAGGTCATTGTAATAGTGTTCTGTGTTCTCTTCTAAAAGATTATTTTGAAAGACAAAGCAGACTTGGAATCAAGGAAACCAGTGGTTTCTGCAGATTCAGTGGTTTGAATCTTTTTCGACACTTTTGATTTCTCTGCTTCAATTCATTTAGAATGAAGTTTTAATTAGCTGTAATTTGCTCCTCAAACAGTTAACATTTTTCAGATCACAGGAGTGTGTATGCAGTATTCTTTTACCAAATATTAGTGTATTTACTCTGCTTCTGTGGGTTTCAGTCATGTTAGATACGTGGTTGTAC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Seq C2 exon
GAATCTTATCCATCTTCTTCACCAATATGGTTTGTGGACTCTGATGATCCAAACCTGACTTCAGTTCTGGAACGTCTCGAAGACACTAAGAACAACAATTCG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000004024:ENSBTAT00000005257:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.307 A=NA C2=0.397
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0577317=RWD=PU(47.7=98.4)
A:
NA
C2:
PF0577317=RWD=FE(25.4=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]