MmuINT1034336 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000032307 | Ube2q2
Description
ubiquitin-conjugating enzyme E2Q family member 2 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2388672]
Coordinates
chr9:55148854-55163069:+
Coord C1 exon
chr9:55148854-55149826
Coord A exon
chr9:55149827-55162967
Coord C2 exon
chr9:55162968-55163069
Length
13141 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACGGTGAGG
5' ss Score
9.2
3' ss Seq
CCTAGTTGTCTTTGTAACAGGAA
3' ss Score
6.46
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GAATCTTACCCATCTTCTTCACCAATATGGTTTGTGGACTCTGATGACCCAAATCTGACATCAGTTCTGGAACGCTTAGAAGATACTAAGAACAACAGTTCG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000032307:ENSMUST00000059555:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.298 A=NA C2=0.289
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0577317=RWD=PU(54.3=98.4)
A:
NA
C2:
PF0577317=RWD=FE(28.4=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types