HsaINT0176418 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000140367 | UBE2Q2
Description
ubiquitin conjugating enzyme E2 Q2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:19248]
Coordinates
chr15:75843285-75854487:+
Coord C1 exon
chr15:75843285-75843846
Coord A exon
chr15:75843847-75854385
Coord C2 exon
chr15:75854386-75854487
Length
10539 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACGGTGAGG
5' ss Score
9.2
3' ss Seq
TGTGTCTCTGTGTTAAACAGGAA
3' ss Score
10.13
Exon sequences
Seq C1 exon
CGGGCGCGCGCGCTCTGGCCTCGTGCACGCGCTGAAACCGGAGCGCGCAGGGCGCGCCAGGGTGAGGGGGACGGGGGCGGGGTGGGGGCAGCCCTTTCCCAGGCGGTAGCGGGGGCGGCGTCGCTGTTGCCCTTTTAAGCCGCGGGGCCGCCGCCTCCTGCCGCTGGAGTCGGTTACAAAGGAAGCGCCACCCAGGCCGCCACACGCCGAGGCTTCCGCGCCCCTCGCCATTTTCCAGCAGCGCTCGACGAGGCGGAGCCGCGAGAGCGCGGCCCAGGCCGGCCCCGCGGGGCGGTCGCGGCCGTGACGGCGGCTCCGGGCCCGGCTCCCCTTCCGCGCCCGGCTCCCCTTCCGCGCCCCTCCCGCCGGAGATGAGGGGAAGATGTCCGTGTCAGGGCTCAAGGCCGAGCTGAAGTTCCTGGCGTCCATCTTCGACAAGAACCACGAGCGATTCCGCATCGTCAGTTGGAAGCTGGACGAGCTGCACTGCCAGTTCCTGGTGCCGCAGCAGGGCAGCCCGCACTCGCTGCCGCCGCCACTCACGCTCCACTGCAACATCACG
Seq A exon
GTGAGGCGCCCGGCCGCGGCCCCGCGGGGCAGGGCGAGGACGGAGAGGGGGCGCTTCGAGTCCCGGGACAAAGGGGAGCCTGCCCCGGAGAGGCTCCGGCTCCCCGGGCGGGGCAGGCCCGCCCCTTTCCCCCGCGACTTGCCCATCCCAGGCCGGGCTGGGACTGCGCGAGGCTTGGGTGGGAGGAGGCGGAGGGCGCGTCTTTCCGGCTTCTCGCCAGGGGCTGGCTTGGGGGCTTCTGGCCCATCTCGGTCCCCGTCTCCTAGCCCCGAGGGGGGAGTCCGCGGCGGCCCAAGCCCTTGTGGGGTCCATGGCCGCCCTCAGCCGGCCTGCTCCCGGGACCGGGGCGGGGCGGGGCGGGGCGGCGCAGCTCCGGCTGTTGTTTGAGCCCAGGCCGGCAAGGGGAACGGCCCTTAAGTTTTAACGCCTCATTTTTCAGTCGGATTTTCCTTCTTCCCGCTTGTTCAGCCAATTGTTTTTAAGTTTGCGTTTAAGGAGAAACTGACAATGAGAATGGACTCGTTGACGGAGGAAAAGTTGGAATGCAGACTCTGGTGCTGTTTGAGCGACCCCTCTCCCCCGGGCCTGGCTGCGCGCTGCTGTGTTCTGGAAAGGAGCATAGTACCGTCGTTGCGGCAGGTGGTGTTGAGTGTGTATTCGTGTGGCCCCTCCCTTGTGTGTAAGCCTCGAAAATGGATAGGTGAAAGGAGATACGCGCCAGGGCTGCTCCCCGGAAAGATCACGTATGTCACAAAGCCGAAAAGACACTTTTAAAAACTCACTCATTAAGCGGAAATCTCATTAGAAACCCAAGGCTTGGTAAAGGAATTGAAGTATTAAGTTTCTCCATAAAAGTGTATCGTGAAGCTATTCGTCGTGAAATTGATGTAGGATATTGGTCCAAACTGCAGAATATTCTCTTGGTTATAATAGGCGTCAAGGTGGTGGCTTCGGGCTCCTTTTCAAACATGGCTAAAACCAAGTCTTGTTTTTAACTCCCTTTGGTTGAGTCAGTGGGTACTCAAGTGCCTGCAGGGTGGCTGGCGTTTGCAAAAACCTTGATGTTATAATTGACCTTAAAATGGTTACCAGACTATCTGGGCAGAAGGTGTGTTAATTTCAAAAAAAAAAAGACAAGTGCTGTACTGAGGAGATAATTCATTTATTGAATGAATACGTCTGAGTGTTCTGGGCACTAGTGTTGCAGAATTGAGTGAAGTCGTCCTCGCTCTCAGAACTCAGTCTTCTTGGGGGAAGAGTTCAATAAGGTGACAGCTCCTGTGGTATCATCAGGAAAGCCAAAGCAACTAATTTTGACTTGGGGGAGGTGCGCTTCAGGGAAGGCTTTGATGAGAGGCTGAGACAGTTAGAGATGAGCTTCCACAGGTGACTACAATTTTGGAAGGCTGGCGGAAGGGCATTTTAGACTGAGGAAACTCCACCCAAAGAAGACACGGAGATTTGAGAAAGTGTGGTTTCCTTAGAAGTAGAAAATTTATGCTAAGACTTGAGAAGCCCACGATACAGGCTGGAGAAGGGGAGGATTTTCCAAGAGTGGAAAACAGAAAGTGTAGTAGTTGTCATGAAGCAGGTGTTTTAAGGAGACGGGCCTGAATGGCTTCGAGGGTGATTACTCTGGTAGAAGTTGGGGCATGGCCACGAAAAGGTAGGGCTGGTTTGAATGATAGGAGACTGAATTTGTAGGCTGTGGGGAGCTACTAAGTTTACTCAGGTAAGTTGGGAGAATGTATCTTTCATCCAGGATTAGAAATGGTTCTCTACAGTGGGTGGCATTAGGAAATGTGGTTATCCCAGTGGGGGTGGGGTGGTCTTATTGCTGTGCCGGCATTTAGTGCTAGGAGTACAGGGATACCAAATGTTTTGCAACGTTCAGGCAGTCTGCCACAGCAAAGAATTATCCCACCTAAAGTGCCACTGGTGCCCCATCGAGAACCATATTGAAGGCTGGTAAGAGTCTGCTGCAGATAAAAATAAGGAGTGATGACCTGGATTAGGCAGTGGCAACAGAAATGGAGCAAGAAGTGAATGAGACACTTTCAGTACAAGGAGGATTTAGTGAGGACTAGTGTAATGGCACCCACCGCTAGGTAGAAACTATTAAAATTGACTTGCTAGTGAAATATGACAGACTATCAGGAGATAATTATCATGGCAGCTGCTCAGTACAAATGTCTGCTAACTTTTTATTATGGAAAATCATCAAATGTACAAAAGTTGAACAGTGTAATGTAGCCAGCCTCAACAATGATAAACTTTTGGCTAATCTTCATCTGTACTCCACTTTAGATTATTTTGAAGCAGATTCCAGACAGATCACTTCATCTGTAAATATTTCTGCTTGTATCTTTTGAAGGTAAAAGACTCTTTTATTTTTTATTATTATTTTTTGAGACGGAGTCTCGCTGTGTCGTCCCAGCTGGAGTGCAGTGGTGTGACCTGGGCCCACTGCAACCTCCGCCTCCCAGGTTCAAGCAATTCTGCTGCCACCGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTACAGGTTTCCGCCGCCACACCCGGCTAATTTTTGTGTTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTTGAACTCCACCTCAAGCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGAGTGAGCCACCGTTCCTGGCCGTAAAGACTCTTTTAAACATGGATGACTGTTTTGATAAAATGACATGGCTTGTTCATGTCGATACCATTTGCTTAGAAGGGAAAGATCAAGGGAAAAATGGGGTTGGATTTCAAATGATTTGGTTTGATCGATGATTTGTTATTCTCTAAAGTTGTAACTCTGGAAAAGGTAATGAGTTTGACTTATTCTTTAACTTTTCCTCTTTAGACAGTTCAAATATTTGAATTCTACATGCTAGGACTTGTTTTCTTTATACTTACCAAGAAACATCCTTATGCAGTTTCTCTAATGTTTGAGAAACTAAGTTGTTTTTTACACACGTGCATGCTAGTTCCTGAAGAGTCCTGTACAGGTGCTCTGCTGGCTTTTCCTTTCAGGTTTCTGTATCAGCTGTATTTCTCCCTGTAGAATGTGCCCCTGACCTCCACCCCTTAACCTTACCCCATTTGTCTTTATATGCCTGACCATCCGTCAAGGCTCTTCTGGGTCATATTTAGTTCATGCTGTTATTTCCCCTTCCTCCCTTCTTTAGTCCTTACTATTTTTGCTTTGGTCATGTTTTCTTATGCTGTATTCTGTAAGCCTTTAAATTTTTCTTTTTATGGTGGCAGGGGAGAATATTTTATAATTATGCTTTGTGCTTTTTATCTTCCACTCAATAAATGCTTCATAAATATTTGAGTATATAGCGCTATTCTAGCTGTATTGTATTTGAACAAAAATCTTAACTGCCTTGTAAGTTAACTGCTAAGAATTTGTCAAAAGTGCAGAGATAACATCAATAACTTGTCATGGATAGTACAAAAAGGTCTCTAAGGGCTTGATGGAAGTCTGTAAATTGACTTCATATGAGAGTGTAAGAAGTGAAAAAGACCAAAACAGAGTAGATGTTTTACTCTGTAGGCCAAGGGAATTGAGCTAATTCTTTTCCTGTTTTATAAATTTGTCCTGATCTTAAATAATGAAGGGAAAAGAGTGCTCTTTTTCAACCTCGAGTCCTTTTTATTCTTTTCTGTGAAGCCATGATATGAAAGATTGCCTGTTATACAAACTTAAGTATAGTTTTTCCATCTTCAGTAAACTAACCTGATTGCCGTCTAATTAGTTGTTACAATCACACCGAAATGCAAAGCAGCTTGTTTTAAGCAGCCTTATTGGGAGCTAGTATATGGCTTTAGTCGTTTTGAAGTATTTAACATAACTTGGCAACTCCATTACTCCTTTTATGGACTTTTTGGCATCTGGGCATTCTTGGTAGGAAATCACTGTTTTAGAATGAAAAATCTCCCCCAGGAAGTAAATTAGCTAGTAAACAAATGAAACTTCATTTTTTATATTACTTGTAGAGCATAAATGATTACCCTTTCTGCGTATAAGTGGCTGTTTGCTAGGCTGCTTTTAGTGGGACTTTGTTTTTGATTGGTTAATTAAATTTCTATTCATTATTGCCAAAAAGTGCCTACCCCCAACAGCAAGATACTAAATTTTAAAAATGTTGGAGCTGTGAATCTAGGAGGAAGTGAGAAGTTTAGCTTTTATTTAGTAGTTAGGAGCTTAAGTAAGTCACTTCTTTTACTGTGTTTCTGTGTACTATAGATAATATTTTTTTGCACTGCAAGAGAGCATATAGAGGAAAGCTCTTTGGCAATGATATTATGTTCTACAAATATAAAAGCGATGGTGTCATTTGTGGCTGAATAACACTTTATTTTGAAAATGCTTTATAACAGGTTTTTGTGGGAAATAAAGCAATGCTGTTAACTTCATCTTGCATTTTTCTAGTCTTTACTATGATTAAAAAGTAGTCCAGTCAAAGTTGTACAAAGGAAATAAACCTGGACTAAGGAGCCTAAGACTTTTCTCTTTGGTTTGCCCTCCTGGGACAGATTACCTTTCCAAATTGAATTCATGGAAGAGCATTTGGAAATATCAGAACTGTCATGTTAAGCACCTAAGTGGTACTTTCATTCCAGAAGAATCATTGTTTTCGTTTATCTGACCAATTTATAATATAGGGTCAAATTCCTGGTGGTTATTTATGCTCCCTCATCCCCATTTTTATACCTGTCCTTGAAAGGAACAGATATATGAAGAGAAGACTTAGGTTTCCCTTTTGTGAATAGTATATCCCTTAGTATCTTGATTTTTTTTTTTTAATTTGGTTAAACATATTTAGACCTGGAAAAGGGTAGTATTTGATAAATGTCAGCTAGTTGAGGGGTGGGGAATTGAGTTGAATGGAGATAGTCACTGCCAAATGTCAAGCATGACTGGAGAGCCAGAGTGATAAAGCAGGGGTCCCTTTTTCCAGATCCTTTGTAACAGTGT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Seq C2 exon
GAATCCTATCCATCTTCTTCACCGATATGGTTTGTGGATTCTGAAGACCCAAATCTGACATCAGTTCTGGAACGTCTAGAAGATACTAAGAACAACAATTTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000140367:ENST00000267938:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.045 A=NA C2=0.245
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0577317=RWD=PU(50.9=98.3)
A:
NA
C2:
PF0577317=RWD=FE(28.4=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains