RnoINT0159287 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000014529 | Ube2q2
Description
ubiquitin-conjugating enzyme E2Q family member 2 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2388672]
Coordinates
chr8:59711549-59724358:+
Coord C1 exon
chr8:59711549-59711737
Coord A exon
chr8:59711738-59724256
Coord C2 exon
chr8:59724257-59724358
Length
12519 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACGGTGAGG
5' ss Score
9.2
3' ss Seq
CCTAGCTGTCTCTGTAACAGGAG
3' ss Score
7.2
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGTCCGTGTCAGGGCTCAAGGCCGAGCTGAAGTTCCTGGCGTCCATCTTCGACAAGAACCACGAGCTATTCCGCATCGTCAGCTGGAAGCTGGACGAGCTGCACTGCCAGTTCCTGGTGCCGCCGCCGCCACCGCCGGGCAGCTCGCATTCGCCGCCGCCGCCGCTCACACTCCACTGCAACATCACG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GAGTCTTACCCTTCTTCTTCACCAATATGGTTTGTGGACTCTGATGACCCAAATCTGACATCAGTCCTGGAGCGCTTAGAAGATACTAAGAACAACAGTTCG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000014529:ENSRNOT00000019539:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.230 A=NA C2=0.170
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0577317=RWD=PU(53.9=98.4)
A:
NA
C2:
PF0577317=RWD=FE(28.7=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]