HsaINT0176418 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000140367 | UBE2Q2
Description
ubiquitin-conjugating enzyme E2Q family member 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:19248]
Coordinates
chr15:76136385-76146828:+
Coord C1 exon
chr15:76136385-76136826
Coord A exon
chr15:76136827-76146726
Coord C2 exon
chr15:76146727-76146828
Length
9900 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGGTG
5' ss Score
1.16
3' ss Seq
TGTGTCTCTGTGTTAAACAGGAA
3' ss Score
10.13
Exon sequences
Seq C1 exon
GCGTCTTTCCGGCTTCTCGCCAGGGGCTGGCTTGGGGGCTTCTGGCCCATCTCGGTCCCCGTCTCCTAGCCCCGAGGGGGGAGTCCGCGGCGGCCCAAGCCCTTGTGGGGTCCATGGCCGCCCTCAGCCGGCCTGCTCCCGGGACCGGGGCGGGGCGGGGCGGGGCGGCGCAGCTCCGGCTGTTGTTTGAGCCCAGGCCGGCAAGGGGAACGGCCCTTAAGTTTTAACGCCTCATTTTTCAGTCGGATTTTCCTTCTTCCCGCTTGTTCAGCCAATTGTTTTTAAGTTTGCGTTTAAGGAGAAACTGACAATGAGAATGGACTCGTTGACGGAGGAAAAGTTGGAATGCAGACTCTGGTGCTGTTTGAGCGACCCCTCTCCCCCGGGCCTGGCTGCGCGCTGCTGTGTTCTGGAAAGGAGCATAGTACCGTCGTTGCGGCAG
Seq A exon
GTGGTGTTGAGTGTGTATTCGTGTGGCCCCTCCCTTGTGTGTAAGCCTCGAAAATGGATAGGTGAAAGGAGATACGCGCCAGGGCTGCTCCCCGGAAAGATCACGTATGTCACAAAGCCGAAAAGACACTTTTAAAAACTCACTCATTAAGCGGAAATCTCATTAGAAACCCAAGGCTTGGTAAAGGAATTGAAGTATTAAGTTTCTCCATAAAAGTGTATCGTGAAGCTATTCGTCGTGAAATTGATGTAGGATATTGGTCCAAACTGCAGAATATTCTCTTGGTTATAATAGGCGTCAAGGTGGTGGCTTCGGGCTCCTTTTCAAACATGGCTAAAACCAAGTCTTGTTTTTAACTCCCTTTGGTTGAGTCAGTGGGTACTCAAGTGCCTGCAGGGTGGCTGGCGTTTGCAAAAACCTTGATGTTATAATTGACCTTAAAATGGTTACCAGACTATCTGGGCAGAAGGTGTGTTAATTTCAAAAAAAAAAAGACAAGTGCTGTACTGAGGAGATAATTCATTTATTGAATGAATACGTCTGAGTGTTCTGGGCACTAGTGTTGCAGAATTGAGTGAAGTCGTCCTCGCTCTCAGAACTCAGTCTTCTTGGGGGAAGAGTTCAATAAGGTGACAGCTCCTGTGGTATCATCAGGAAAGCCAAAGCAACTAATTTTGACTTGGGGGAGGTGCGCTTCAGGGAAGGCTTTGATGAGAGGCTGAGACAGTTAGAGATGAGCTTCCACAGGTGACTACAATTTTGGAAGGCTGGCGGAAGGGCATTTTAGACTGAGGAAACTCCACCCAAAGAAGACACGGAGATTTGAGAAAGTGTGGTTTCCTTAGAAGTAGAAAATTTATGCTAAGACTTGAGAAGCCCACGATACAGGCTGGAGAAGGGGAGGATTTTCCAAGAGTGGAAAACAGAAAGTGTAGTAGTTGTCATGAAGCAGGTGTTTTAAGGAGACGGGCCTGAATGGCTTCGAGGGTGATTACTCTGGTAGAAGTTGGGGCATGGCCACGAAAAGGTAGGGCTGGTTTGAATGATAGGAGACTGAATTTGTAGGCTGTGGGGAGCTACTAAGTTTACTCAGGTAAGTTGGGAGAATGTATCTTTCATCCAGGATTAGAAATGGTTCTCTACAGTGGGTGGCATTAGGAAATGTGGTTATCCCAGTGGGGGTGGGGTGGTCTTATTGCTGTGCCGGCATTTAGTGCTAGGAGTACAGGGATACCAAATGTTTTGCAACGTTCAGGCAGTCTGCCACAGCAAAGAATTATCCCACCTAAAGTGCCACTGGTGCCCCATCGAGAACCATATTGAAGGCTGGTAAGAGTCTGCTGCAGATAAAAATAAGGAGTGATGACCTGGATTAGGCAGTGGCAACAGAAATGGAGCAAGAAGTGAATGAGACACTTTCAGTACAAGGAGGATTTAGTGAGGACTAGTGTAATGGCACCCACCGCTAGGTAGAAACTATTAAAATTGACTTGCTAGTGAAATATGACAGACTATCAGGAGATAATTATCATGGCAGCTGCTCAGTACAAATGTCTGCTAACTTTTTATTATGGAAAATCATCAAATGTACAAAAGTTGAACAGTGTAATGTAGCCAGCCTCAACAATGATAAACTTTTGGCTAATCTTCATCTGTACTCCACTTTAGATTATTTTGAAGCAGATTCCAGACAGATCACTTCATCTGTAAATATTTCTGCTTGTATCTTTTGAAGGTAAAAGACTCTTTTATTTTTTATTATTATTTTTTGAGACGGAGTCTCGCTGTGTCGTCCCAGCTGGAGTGCAGTGGTGTGACCTGGGCCCACTGCAACCTCCGCCTCCCAGGTTCAAGCAATTCTGCTGCCACCGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTACAGGTTTCCGCCGCCACACCCGGCTAATTTTTGTGTTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTTGAACTCCACCTCAAGCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGAGTGAGCCACCGTTCCTGGCCGTAAAGACTCTTTTAAACATGGATGACTGTTTTGATAAAATGACATGGCTTGTTCATGTCGATACCATTTGCTTAGAAGGGAAAGATCAAGGGAAAAATGGGGTTGGATTTCAAATGATTTGGTTTGATCGATGATTTGTTATTCTCTAAAGTTGTAACTCTGGAAAAGGTAATGAGTTTGACTTATTCTTTAACTTTTCCTCTTTAGACAGTTCAAATATTTGAATTCTACATGCTAGGACTTGTTTTCTTTATACTTACCAAGAAACATCCTTATGCAGTTTCTCTAATGTTTGAGAAACTAAGTTGTTTTTTACACACGTGCATGCTAGTTCCTGAAGAGTCCTGTACAGGTGCTCTGCTGGCTTTTCCTTTCAGGTTTCTGTATCAGCTGTATTTCTCCCTGTAGAATGTGCCCCTGACCTCCACCCCTTAACCTTACCCCATTTGTCTTTATATGCCTGACCATCCGTCAAGGCTCTTCTGGGTCATATTTAGTTCATGCTGTTATTTCCCCTTCCTCCCTTCTTTAGTCCTTACTATTTTTGCTTTGGTCATGTTTTCTTATGCTGTATTCTGTAAGCCTTTAAATTTTTCTTTTTATGGTGGCAGGGGAGAATATTTTATAATTATGCTTTGTGCTTTTTATCTTCCACTCAATAAATGCTTCATAAATATTTGAGTATATAGCGCTATTCTAGCTGTATTGTATTTGAACAAAAATCTTAACTGCCTTGTAAGTTAACTGCTAAGAATTTGTCAAAAGTGCAGAGATAACATCAATAACTTGTCATGGATAGTACAAAAAGGTCTCTAAGGGCTTGATGGAAGTCTGTAAATTGACTTCATATGAGAGTGTAAGAAGTGAAAAAGACCAAAACAGAGTAGATGTTTTACTCTGTAGGCCAAGGGAATTGAGCTAATTCTTTTCCTGTTTTATAAATTTGTCCTGATCTTAAATAATGAAGGGAAAAGAGTGCTCTTTTTCAACCTCGAGTCCTTTTTATTCTTTTCTGTGAAGCCATGATATGAAAGATTGCCTGTTATACAAACTTAAGTATAGTTTTTCCATCTTCAGTAAACTAACCTGATTGCCGTCTAATTAGTTGTTACAATCACACCGAAATGCAAAGCAGCTTGTTTTAAGCAGCCTTATTGGGAGCTAGTATATGGCTTTAGTCGTTTTGAAGTATTTAACATAACTTGGCAACTCCATTACTCCTTTTATGGACTTTTTGGCATCTGGGCATTCTTGGTAGGAAATCACTGTTTTAGAATGAAAAATCTCCCCCAGGAAGTAAATTAGCTAGTAAACAAATGAAACTTCATTTTTTATATTACTTGTAGAGCATAAATGATTACCCTTTCTGCGTATAAGTGGCTGTTTGCTAGGCTGCTTTTAGTGGGACTTTGTTTTTGATTGGTTAATTAAATTTCTATTCATTATTGCCAAAAAGTGCCTACCCCCAACAGCAAGATACTAAATTTTAAAAATGTTGGAGCTGTGAATCTAGGAGGAAGTGAGAAGTTTAGCTTTTATTTAGTAGTTAGGAGCTTAAGTAAGTCACTTCTTTTACTGTGTTTCTGTGTACTATAGATAATATTTTTTTGCACTGCAAGAGAGCATATAGAGGAAAGCTCTTTGGCAATGATATTATGTTCTACAAATATAAAAGCGATGGTGTCATTTGTGGCTGAATAACACTTTATTTTGAAAATGCTTTATAACAGGTTTTTGTGGGAAATAAAGCAATGCTGTTAACTTCATCTTGCATTTTTCTAGTCTTTACTATGATTAAAAAGTAGTCCAGTCAAAGTTGTACAAAGGAAATAAACCTGGACTAAGGAGCCTAAGACTTTTCTCTTTGGTTTGCCCTCCTGGGACAGATTACCTTTCCAAATTGAATTCATGGAAGAGCATTTGGAAATATCAGAACTGTCATGTTAAGCACCTAAGTGGTACTTTCATTCCAGAAGAATCATTGTTTTCGTTTATCTGACCAATTTATAATATAGGGTCAAATTCCTGGTGGTTATTTATGCTCCCTCATCCCCATTTTTATACCTGTCCTTGAAAGGAACAGATATATGAAGAGAAGACTTAGGTTTCCCTTTTGTGAATAGTATATCCCTTAGTATCTTGATTTTTTTTTTTTAATTTGGTTAAACATATTTAGACCTGGAAAAGGGTAGTATTTGATAAATGTCAGCTAGTTGAGGGGTGGGGAATTGAGTTGAATGGAGATAGTCACTGCCAAATGTCAAGCATGACTGGAGAGCCAGAGTGATAAAGCAGGGGTCCCTTTTTCCAGATCCTTTGTAACAGTGTTATGTGATCTCTTCTAGAAGATTCTGAAAGATAATCCCAACTTGGAACCTAGGAAACCACCCAGTGGGTTTCTGCAGCTTAGGTGGTTCAGATCCTCATCAGCACCTTTTTCTGTGCCTCAGTTTGCTTACAATGATGTTCTCAGTAGCTGTAATTTGCTGCTTGTGTTTGAATACTTAAGCATTTTCTTTTTATCATGGGTATATGAACATTTTTATTTCAACAAGTGTTAGAATTTTTACTCTGCTTTTGTGGGCTCTAGGTTAGCTACTTGGTTGTTTATTTGTAAAATGATTAGCAGGGAACCATGTGTATGCATTTTAAGTATCTTTTGTTGTCAGAGCAGTTAGAATTTTATTAAGGTACTATATGCTAATTCTGTCAATTTACTTCGTTCTCCACCCCACATTTATTGAACAGCAAACTATGAAAGTAATGTGTCCCATAACTGGCCTTCAGAAGAATTACAACTGCTGTTATCTCTGAACCTTCCAGAAGTTTGTGCATCAGTTTTAAAAAAATGATGAAATCCCTGAAGATAGCTGTGTCCTACATTTGGAAAGATACAAAAACTGACCATTCTGGTCAACCAGTTTTGGTTGCTGGTGCTTGAGATAGAGCCACACAATGGTCTCAGTG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Seq C2 exon
GAATCCTATCCATCTTCTTCACCGATATGGTTTGTGGATTCTGAAGACCCAAATCTGACATCAGTTCTGGAACGTCTAGAAGATACTAAGAACAACAATTTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000140367-UBE2Q2:NM_001145335:1
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.191
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0577317=RWD=FE(28.4=100)
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)