MmuINT0178580 @ mm9

Intron Retention

Gene

ENSMUSG00000087598 | Zfp111

Description

zinc finger protein 111 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1929114]

Coordinates

chr7:24978234-24988515:-

Coord C1 exon

chr7:24988389-24988515

Coord A exon

chr7:24985062-24988388

Coord C2 exon

chr7:24978234-24985061

Length

3327 bp

Sequences

Splice sites

5' ss Seq

TGGGTGAGG

5' ss Score

6.74

3' ss Seq

TCTATTATTTGTTCTTTCAGGAG

3' ss Score

9.81

Exon sequences

Seq C1 exon

GAGGCAGTGACATTCAGGGACGTGGCCGTGGTCTTCAGCGAGGAGGAGCTGGGGCTGCTGGACGCTGCTCAGAGGAAGCTGTACCACGATGTGATGCTGGAGAACTTCAGGAACCTCCTGGCAGTGG

Seq A exon

GTGAGGACGGGGCCTTGTGTCCTTGGTGATGTTAGAGTTCACACCCGTGTGTCTGTTGCACGCCACTGCTTCCCTTTTAGGGTTACTTATTTTGTATTTTATGTGCACGTGAGTGTTTTGTCAGCGTGTGTGTCAGTGCCACATTCACTCATGATGCCCACAGAGGCCAGAAGAGGGCATTAGATCCCCTGGACCTGGACTTACAGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGGTGCAGCAAACCTACTCTGGGTCCTGTGGAAGAGCAGCCAGAGCTCGGTATGGCTGCCACATCTCCAGCCTCCACTTTATTTTTTAAAACTGCATTTTACATATAGAAGCTGTCCTTTAAATATTTTAACATTTCGTGTGTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTTATGTGTATGTGTGTGTATTTATGGCTATGTCTTAGTCAATGCCACGACCATAAAGGAAAGCATTTAACTGGGGCTTGTTTACTGTTTCTGAGGTTTAGTCCACTGTCATCATGGTAGGGAGCATAGCAGCAGTCAGACCAATGTAGTAGCAGAAATGTAGGCAGCAGGGAGAGAGAGATACTGGGCCTGGCTAGAGTATTTAAACCTACAACGCCCGCCCCCGTGACAACCTTCATCTTACAAGGCCACACCTTCTGATACCTTTGAGTCTTGCCACTTCCTAACACGAGTCTATGGAGGCCATACCTATCCACACCACCACATTCCACTCCCTGGCCCCCATAGGCTTGTAGCCTTAGCAGAATGCAAAATGCGTTCAGTCCAACCACAAAAGTCCCCAGAGTCGATCACAGTCTCAGCTTTATTTTGAAGTTCAAAGTTCACGTTCTCTTGTGAGACTCATGCAATCTCTTAACTGTAACCCCCCTATAAAATCAAAATCAAAAAGCAGATCGCAGAATCCATCATGCAGGGAGGAAAGGCAGCCCGGCGAGCAAAGACTGAACCTAAGCAAGAACAGAAACCAGGAGAGCAAACCCCAAACTGCATCTCTGTGATGTCACAGCGCCCTGCAGCTCCCCAACTCCTTCCAGCTCTGTTGACTGCAACACACTTCTTTCCCTTGGGCTGGTTCCCCTCCCTGTTAGCGGCTTTCCTTGGAGGTATTCCATTCCTCTGGCATCTCTGACCTTTTGGGGTCTCCAAGGCAATCCAGGCTACAGCTTTACACAATGGCCTCTCGAGGCCTCCATGCAGGGACACCCCTGCCATATATCTGGCCTTGGTGGCTTTCCTTAGCTTTAGGGAGTTTCCACAACTCCTCTTTTATGTCCTTGTCCCAGACAGTTAAGTACAGCCACCAACTACACCAGGACTGCTTCTGGCCTTGTGCAGGGTGCTTCCTTCTCCACACAACTGAAGAATCCCGTTGCGTTGCTCCCTGTCTCGGACCGTTGACCTCCCCATTTTACTCAGTAAAATCAAGTTGTTGACATGTTACTGTTTTGTGGAACAGTTTTGCTATGTATCCAGGCTTGGCCAGAAATTTGTGATCCTCCTGCCTCAGCTTCCTAAGCACGAGGGTTACAGGTTTAGTTCACTGTGCCTGACTGGAACTCCATCTTTCTAGTCCCTTACACTCCAGTTTTACTGATTCCCCCCCCCCCCCCCCAACACACACCTCCTGCCCCTTGCTTCTTGTTTAGGTTTGGTCTCGCTGTCTATTGTAATGCTAAGTGTGCTCCCCCTAGACCTGGAGTTTTCACTTAGACTCAAGTAACCTAGCTCCCAAGTTATTTCTGATCGATAAATAAAGATGCCAACAGCTAAAAGCTAGGCAGAAGAGACATAGGTGAGGGCTAGGATACCTGGGCTTGGGGGGTCAGAGAGAACCATGATGGGGAGAAGAAGGTGAAGGGGGAAGTAGAAGTGGCTATGGGTTAGGTGAATTGAAGAGAACATGGCCCTGACTGGACATAATAGCAGCCCAGATGAAGCATAGTAAGTAATAACTCAGGGTTATTGATAGGAAAGTAGGTTCTAATAGCATCTTGTGCTTTTTAAGGCTTGTTGAAATATAAAGGTTGTTTATGTCTTTTATCAAGGAAATAAATGGCCCAAGGCAGGGTAGAAACCCCGGGTCGGGATTAAATAATTTCTTCAACAGTTTTGGTCTTTGGTCTCAGCTGTTGTTACTTTCTTCCCCGTTGAAGTGCCACGGCCTCCCGCTCCCTGCATTGGTCTTCTCAGCAGGCCCTTCTCTGAGAGGCAGCTTTACATGTGTGTGTGTCTCTCTCTCTCTCAGTCTCTCCATTCTGCCCTTGCCTCCGCTGGTGTCTGAGCACCACCACCCCTGTTAGCATAGAGTAAGTTTTAGCTGTGGTGATATACACCAAGGCTGGAGCGGTTGCACACTTTGAGCAACAACAGCTCCACGAAGGTTGTACCCCTTGTGAGGCTGCAGCAACATCTATCCCCACAAAGCCTCCCTCTCCCAACCCTGCAACCCCATTCCTCAGCTTCTTTCTCCCTCTGACACTAACCATTCCTAATGTGTTCTACAAGGTACCAAGCTGCATCCCGGGAACTGCATCTCGGGAACACGGATCTTCTAATTCATTTGTTTCTGTTTTGAGGTTCAGAAGTTGTCCCAGTCACCATAGTTGTTTCCTGTCCTTATAGTTTGATCTTGGTTTATATTCTTGTTTCCTTGGTGTACCTCTCAGATAGTGTTACAGTCTTTGTGATTCTGCCAGGAAGTCTGCATTAGGTTGGCAGCTGAGATATCTCTTCTTTATTTAGCCCCTTCCCCCTGCTCCTTTGTGAGCCTGGCATTCTTAGGTTGGAGAGATGGCATTTAAAGAAACCCACTTGCTCATGCCCTTGCAGTCTGCCTTTTTCCTAGAGAAGCCCTCCCCTAACAGCAGGCGTATTTTGAGTCTTGCCATCTAAAAGCTGTAGCTCTCTTCTCATAGTTTCTAAGTATGCTTGTGAGATGAAGTTATTCCAGTCTTCTCCTATATGTATTCTCTGAAACACAGTAACTTCCTCAAACTGGACATCATCATTTGGGACTTTGCTGTTCCGAGCTATCCCTGTACACTCTCTCTTTTCCTCCAAAGCTCACTGTGACTTCCCATTATACTCTCATAACCTGGATGAGTCAGGTTAGGACCAGGCAGGTCTGGTTTTCTCTGCTCTCTACAGTCTCATGGTCAATTGTTGATGGCTCTTGAATGTGCATTCTGTTTGCTGTAGATCTTTCTTCTTCATAACTTTTGTATGTTCATCTTTGATGCTGGTCTCTGGGTAATGTTTCCAGAGAGAAATAATGCCCCCATCCTTGCTGATATTACTTTCTATTATTTGTTCTTTCAG

Seq C2 exon

GAGGCCAGAGTCCAAATAAGATGGAGATTGTTGACGCAACAGGATTAAGGTGCCTTTCACTGGGGCAGCTTCTCTGCTGGGGAGAAACAAGCCATAATATCAACAAACTAGCCAGAGCTCTAGAAGCTGTAATCAACACTCAGGGAAAGTGTTCTCACTCATTGGAGCAGTGCCACTCCTCCTGCCACAGGGTATCAGAAGAGCCTCCCCGGGATTCTGAGGATAGCAGTTCTCCTGATCTGACAAATGACCATTCCAGCATTACTGAAAATCAGGAATTTCTGTCTGGGAGAGCCCAGGGTTCTTGGGGTAAAAGACGTCTTAGGAAAAGACAGAACCATCAGAAAAACTGTCTGCAGACTCTGATGAAAAACAAGCCACAGCTGCTGGCTCAGCATTCTCCTGTACATAGTACGCAGGAGGACACCAGGCATAGCTTCAGTGTGCCAGTTCAAGAAAGCATTTATCCAGGAAGAAAGCGCTACAGGTGTCAAGAGTGTGGCAAGGCTTTCCGTCAGAGCTCAGCACTTCAGACTCACCAGAGAGTGCACACAGGGGAGAAGCCCTACAGGGGCAACAGCCGTGGGAAAAACTTCAGTCGTAGCTCGGATCTCAACATCCACCGCCAAGTGCACACTAGAGAGAAACCTTACACATGTAAAGTGTGTAAGAAGCGCTTCATGCAGTGTTCGCTTCTCCAGGCTCACAAGAGGATTCACACAGGAGAGAAGCCATATAAGTGTGGCGACTGTGGCAAGCGCTTCAGCTGTATCTCGAACTTTCACATCCACCAGAGAGTCCACACTAAGAGCAAACCGTCCAAGTGTGATTATGGGAAGCCCTTCAACTTGAGATGCAACTTCCACAGCCATCAGCGGGTCCACACAGGAGAGAAGCCATATAAATGTGAAGAGTGTGGGAAGGGTTTCACTTCAGCCTCAAGCTTCCAAAGACACCAGCGGGTCCATACAGGAGAGAAGCCATTTGTCTGCAGTGTGTGTGGGAAGGGCTTCAGTCGGACTTCATACCTTCAGACTCATCAGAGAGTGCACTCAGGGGACAAGCCTTATCAGTGCGACAGCTGTGGGAAGGGCTTCACTCAGTTGTCACACCTCCAGGCCCACGAGAGAATTCACACAGATCAGAAGCCATATAAGTGTGGAGACTGTGGCAAACGCTTCAGCTGCAGCTCAAACCTTCACACCCACCAGAGAGTCCACACAGGAGAGAAACCCTATAAATGTGAGGAGTGTGGGAAAGGCTTCAGCCTTGTCTCTGGGCTACAGGCTCATCAAAGAGTCGAAACTGGCAAGAAGCCATTCAAATGCAATGCATGCCAGAAGCGATTTAGTCAGGCCTGGAACCTCCATGCCCACCAGAGGGTGCACACTGGGGAGAAGCCCTACAAATGTGACACGTGTGGGAAAGCCTTTGGCCAGAGGTCTGGTCTCCAAATCCATCAGAGAATTCATACTGGGGAGAAGCCTTTCAAGTGTGAGGAGTGTGGGAAGGAATTCAGCTTGAATTCCGGGCTTATTGCTCACCGGAGAGTCCACACGGGAGAGAAACCCTATGAGTGCAAGGACTGTGGGAAAGGCTTCAGTCTTGCCTCAAGTCTACGGACTCATCAGAGAGTTCACACTGGTGAGAAGCCCTTCCAATGCAATGAGTGCCAGAAGCGGTTCAGTCAGGTCTCACACCTCCAGTCCCACCAGAGAGTGCACACTGGGGAGAAGCCCTACAAATGTGACCGGTGTGGGAAAGCTTTCAGCCAGAAGTCTGGGCTCCAAGTCCATAAGAGAATTCACACTGGGGAGAAGCCGTTCAAGTGTGAGGAGTGTGGGAAGGAATTCATCTGGAGCTCAGGGCTTAGTGCTCACCGGAAGGTTCATACAGGAGAGAAACCCTACAGACGTCGGCAGTATGGGAAGGGCCTCATCAGGCCTCACACTTCCGATTAACAGTCTGTTTCAATGTAAACATAGCAGGAGCATTATATCAATCCTGTAAGAAAATAATAGGAAACAAAATATAAGTTAGCTATTATACAATGAGAAAAACCATTATGACACATGGCGAATTACATAGTCAGATAGCATTCTGATAGGAAATGATATATGTAGATTTATATTTAACAATTTTATATACCCTGGATATAGGATTAGAAGTCCAATCAGATGCAATTAGGGACCATGTCTCCAGTATCTTCCTTTGATTCGGTCTCTGGCATGGGTGGAGCGTCTCCAGATGATGATGGCTGAAGTGGTCATGAAGGAAGTGGCAGGTATCGAAGTCTCTGTCTATGGAGAAGACGTGGCACAATCAAGTGGTCTGGCATCTATAGGGTCCTATAAATATATAAACAGAACTTCTTCTGAAAAAAACATCTAGTCTTTTTTATTGTCCAATTAGTAGGTTTTTATTAGAGGCTTGAGATTTTCAAAGGGCGACTTATTTTTTGTTCTATGATAACAGTATGTGTGGCATGAATTAGTTAAACTGCTCTATGCTTCCAACAGGTTGCACATGCACACCTGCCCAAGAGCTCTCTGGATTCATAAATGAAAGATGCATGCACATACTAGTTAATTTTGATATGCCTTGGCTGGCTTAAAGGCTGGGCACTTCTAATCCTTCCCAAGGCTAGCAAACACTACCCTCCAATATTCCAGAGTTAACATTCTTTAATATCTATAGCTCATCTCTGATACCCCGGACCCAGTCAGGGAAGTGGCCACTAGGGCCACTTACCTGAATTTTTACATGGCTAGTCCATCCTATACCCCTGCAATGGAGATTCTGCTTCTTACCCTCCCTTCCAAGCCCTGGGATCCTAAAAGTCCCGCCTTTGTCTGTCCTGCCTAGCCATTGGCTGCCGGGATCTTTATTTACCAATCAGAACCAACTGAGGGCAAACTCCCTCAGTGTCTTATGTGCAGACACTCCTGTAAGCAGTTTTGGAGACCAAAATTAACACAAGCGGCATTAAGCCAAACCCACTTCAGGGATGAGTAATTGTGATCTTGTTTTGTAATTTATGTGTCTGTCTTTTAAGGTCTGATGAGCTCATTTCATAATAGCATGTCCCTGTGAATTGTAGGAAATGTCAGTGGAGTATGAGAAATTAAGAGTCAAATACCAATTTTTAAAAAAGCTTTTTAACTTCAAACAAGGGTGTTGTCTGATTTTTAAAAGCCCTTGGCATATCCAAGATTATAAAATAATGAAACAAATGCTGTATCATGTCTTTGAAAGTTTTTCCAGGTTAGGCAAAGTCATAAATATCAATGAGAAAGAACTAAGTGTCCTTACATATAAGAATAAAGGCTAACTTTCCAAAAGGCAGGACAGATGTACCATTTGTTTTAAATCACAAAGACTCAGGTTTATCAGGGATTAACTCCCAAGAGGAGCTAGCAGGAATTCAGGAGCAGTTTAACTGAGTGCTGTAAGATTTTGCTAAGTTGCTTTTGTAGGAAAAGCAACCTTTTGCCAAGGAACTAATTTAATCCTTACCTTCATGCATAGGACCATGAAGCAGAGAATGAACTTGAACGTGTCCAATAGAGAAAGGCAATTTCTAAATTGAAGCAAGACTTGTAATTCTGCAAATTGGGTCTAGAATCACGAAATAGTTATAAAACAGCAAAGCAGTTTTTAAAAGGGCTTGTCTTTAGTATTTAAAAGACAGTAACTATTGTCATTGGCTTCATTTGCTATACAAAGGTTTCTTGTGTGAGGAAATTTTCTTTAAGATCTTTAATAGTTAAGATTGCCTGGAGTCAGTCAGTCAGTCTCTCTCTCTCTCCCCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCTATCCCTCTCTTTTCTTTCTTTCCTTTCTGTCCATTCATCTGTCTGTCACTATCCACTAGCCAGCCTGCCTGCCTGCCTCCCTTCCTTCCTCCTTCCTTTCCTCCTTTCTTTATTTTGGTTATTTGGGCCCAGATTTTGTTGATGTTTAATATAACAAAGAACAATTGATTATTTTTCTCTGCTTCAGTTTTATCGATTTCTGCTTTGAATTTTTAATTTTTTCTGTTTTTTTTTTTTTTTTCTGTCTACTGAATTTGGATTTGGATTGTTGTTGTTCAAAACTCCTGAATTACATTTTGAAGTCATTTATTTGTGCTCTCTCTGGTTTTTAAATCTATGTATTTAGAGCTTTAGATTTCTAGGACTTCTACTAATGTGTCTCGGGATTTGTATTACACTTGAATTTAAATCTATTTCAAGCAGGACATATAATTTTAATTTCTTGATTTTTTTTTTTAAAAAAATCGTTCATCATTAAGTAATATGTTCTTTAGTTTTCATGAAATGCTTTAATTGCTAGAGATTTGTTGTTGATTTAAAGTTTTATAATATTGTAGTCAGATAAGATATCTGGAGATATTTCAAATTTTGGAGTTTGAAAGGTTTCAAAAGTTCATGCCTGACTTGGTGCCAAATGTCTCTCCCTCTGTTATTTTTTTGTTGAGTTGTTTCTTCAAACCATTCCCCAATTCCTATAAACATTTCATATGTTAACTCTTTCATTCCCCTCTTTTTTTTTTTTTTTCAGACATCTTGGATAACTCTTTTTGAGCCAAGTTCTTATGTATATCCATCCACAGTAAAAACTCTTCTTGAGTTAGGCAGGCTCTGGCCATTTTAAACCAACCACGAAGAGTCCCAAGCAATTTAAATTGCAAAGGTTCCTCTAAGTGATCCTAATCCATACCTAAAGATTCTCCCTGTTAAAACAAAAACAAAACAGTTTTAGAGGCAGGCAGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTACACAGAGAAACCCTGTTTCAAAAAAAACAAAAACAAACAAAAAACCCCAACCAAAGATTCCCCTATAGCTGAGGTTGGCTTGTGGCAGCAGCAGGCCCGATAGGCCCCTTCCATTTCTTTTTATGTTTTTCAGGGGGTCTTGTGGAATTGCTTATATTTCAATGCTGCGTGGTAGGCCAGTTACATTTATGATGTTTTGTTAATTTCCTTTCTGAGTCAGATTCCTCCTCTGATGTTTATTTTTCCTCTTCTGATGCGTCACTGCCCTCTCCTGAGCTCTTTTTTCAGCCTTTTCTGTAGAGGGATAAACATTGTTCTTAGATCCTGAGTGAAACTGTAGCGACGGAGGTGAAGCTAGTATCTTCTGAGCACCTATGACTTTTTGTCATCCACCAGTGCCTTCCTAAGCGTATTCCAAATAGCAATCACTGTAAGGGGCATGTCGAATCCTCCAGTCTCTGTAAACCAGTTCTCCCGTGTATGCACATCTACAGTTACCCCTTCTGAAAACCAAGGACTGACTGACTGTACAAAGTGAAGAAAGGCAGTCGGCTGGCTAGTGCCAACCTTAATGCCTGTTTCTTTAAGAGTATGATTAATACCATCTGTAAAGAACTCTCTGTAGATTTTACTTTGCCCCATCCTGATTCAATTCAGTGCTTCCAGTAGTTGATGGAATCTCTGTTGGTAGCTACAAACTATTTACGTTTACAGGGTCAGTACCAGATAGCAGGCCAGTGCTTAATACTAGCCAATAAAACTCCCACTAAAAGTGACAAGCAGCTGTGTATTTATCAATAACCTATTGGATGCCTCTTTCAGGCTGAACACACAGATCCCATTTTAGAGCTTTATACTTAGCAGCAAACAATCGGGGTGCCTTCTTTTCAGGTGGAAGGGGCACTGCCTTTTCAGGCAGGGGTGCTTTCTTTCCAGTTGTCTTCTTTCAGGCCACACAGATTCGGATTACTTGCCGGACCTAAACTGATTTTCACTAATCAGTGGGCTAGCTAGGCCCTGGATGAGATCCTAACTCTTTTGAGACACACACAGACTTTTGGGGCTTACCTCAAGAAGTCCCTGTTCAAGGTGTCATTAGTGATGCTGGAGGCCAGCCCTGGCTGTTCTTTCTTGTTCCTTCTTCTTGAGGCAGTGGAAGGAGAACATCAGTGCGGGTTAAGACTTGGTCTTATGAGGTATTTAGGGTTGCTGTATAATAATAAAATGTTTACCTATCTTAAATCTTAAGTCACTTTGCTTCGGTAGCTGGCCTGAAGTTCCTCTGAAGCAAGAAATTGTTTAGCACCTCATTGAAAAACAGCAGGGGATTCAGTAAAGTAGCCTTTGTTTCTATCTCCACAGGAACTGCTCAGCTCTAACACCCAGCCTGCTAGTTGAAGTTGCAGGAAGAAGAAGGGACAGTTTGAGAAGTGATTTTAGCCTTTATTTCTAAGTTCTAAAAGGCTTTCTATGAAAGTTCTCTAAGAAAAAAGTGGGGAAGAGGGTTGTCTTGGCTCTTTGTCCTTAGCACTCAGACATCTTTTAGAATACATGATCACATGGTAAAAAGTTCATCACAAGTTTACACATAAATTCAAATCAGAGAATGTTTACATGCCTATCCATAGGAGTAAGTATCTGGCTAAACATCCACTATCTGTCACTAGTTCTACAGGTTCATGGAGAGCTAAAAATCATAACTTTTGTGACTAAGTTATGGAGAAGTTTTGTATAGGTAAACCCAGTCAATATTTTATCTTCCAACCTTGCACCTATAGTAAATCCTTAGTTCCCTTTTTATGACCCTTTGTTAATTGTTTTACAACCTCTTGGAATGTACTTCAAGTTGTAAATGCCTGCTTGCTATCTCGGAAGCAATTAAGTGGTGACACGTGAAGGCTGACAGAGTTCTCATTGCAGTTTTGATAACAGAAAGGACTGAATGACAGTCCTATAATAAAAGAGCTTAATAATTACTAC

VastDB Features

Vast-tools module Information

Secondary ID

ENSMUSG00000087598-Zfp111:NM_019940:3

Average complexity

IR-S

Mappability confidence:

NA

Protein Impact

No protein impact description available

No structure available

Features

Disorder rate (Iupred):

C1=0.000 A=NA C2=0.260

Domain overlap (PFAM):

C1:

PF0135222=KRAB=WD(100=83.7),PF0036015=PHY=PU(25.3=46.9)

A:

NA

C2:

PF0135222=KRAB=PD(0.1=0.0),PF0036015=PHY=PD(73.6=10.2),PF0009621=zf-C2H2=WD(100=3.5),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.7),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.0),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.0),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.0),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.0),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.0),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.8),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.0),PF079757=C1_4=WD(100=8.1),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.0),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.8),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.8),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.0),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.0),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.8),PF134511=zf-trcl=WD(100=3.2),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=2.4)

Main Inclusion Isoform:

NA

Main Skipping Isoform:

ENSMUSP00000129484