MmuINT0178673 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000057101 | Zfp180
Description
zinc finger protein 180 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1923701]
Coordinates
chr7:24085426-24097895:+
Coord C1 exon
chr7:24085426-24085506
Coord A exon
chr7:24085507-24097820
Coord C2 exon
chr7:24097821-24097895
Length
12314 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGAGT
5' ss Score
10.03
3' ss Seq
TTGTCTCATGTGTTTCTCAGAAC
3' ss Score
8.89
Exon sequences
Seq C1 exon
CTTGGCACCACGCCACACCTGGAGGAGACCATGGAGCAACAAGATGATGAGTCCCTGGAGTCCCTGCAGGCCTGTGTGGAG
Seq A exon
GTGAGTGAAGCCACCCTTCCCCCAGTGGCCTCAGCAATTTCCTGCCTGACCCCACAGCCCGAGCCTTAAAAATCTCTTTGCAGTATTTTAAGGGGTGTGGTCCCTCATGGGTGGCAGGCTTTTTTTTGTTTTGTTTTTGTTTGTTGTTATTGTTGTTTTGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATTTGCCTGCCTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGTGTGCGCCACCACTGCCTAGCAGTGTGGCAGGCTTTTTAAAAGATTAATCAACGTGTATATGTGCATGTATACACATATGTCGACGGGTATTTGCCTGTATAGAAGGCACCAGATGGTAGTCTCTTTACATACATGTTATCTTGAGAGATGGCCTTTCTTTGATGTTGTAGAGCAATTTCTTCTGATTGAAGTGTTCCCTCTGGATTGGGGGGGTGGGGGGGGGGTGAAATAAAATGTCACAGAGCTGATAAAGTGGAAAGCCAGGAGGGCTCCTTCCCTGAGGATAATGGAAGCCAACGGTTACAGAGGAAACTCTAAGGCACACTGCAGAGGAGCCCCCCTCAGGCCTGTTGAACTACCTGCAAACTGTACAGGAGTTCCAGGGATGTAGCCGATCCTGCTAGTAACCCTCACCCACACTCCTGCTAGTAATCCCATTTTAGGATTTCTATTGCTAACAAAACACCAACAAGCAAGTCGTGGAGGAAGGAGTTTATTTGGCTGTTTATCACCAGAGTAAATTAGGACTGGAATGCCAGCAAGGCAGGAAACTGAAGGCAGGAGCTGATGCAGAGACCATGGAGGAGAGCTGCTTACTGGCTTGTTTCCCATAGTTTGCTCAGCCTGCTTTCTTACAGAAACTGAGATTGGTATACATGGTTTTCCTTTCTGGCATGAATAAACACATATATGTTTCATCTCCCCAGGAAGAGTCTATCACACACCAAAGGCTAGCATTTCCCCTGATAAGCTGGAAGCCAGTAGGTCCTAGTGATTCTCTGCTCTCTGCCCCTCTGAGCTGGGGCTACAGGTATGCATGGGACATCTGGCTTGTTACCTGACTTCTGGATGTGAACTCTTAACCCTTGATCTCTTCTCGCCCCCCCCCACCCCCCCCCCGCCCCTCTAGCCCTCTGCCCTCTACCCTTTTAAAGTTTAAAGATTATTTTATTTACCAATTTTTAAGTTTGATTTGTGTGGGTATTTCATGCTTGCCTGGTGCCCAAGGAGGCCAGAAGAGGGCACTGGATCGGCTGGGCCTGGAGTTTTAGATGGTTGTGAGCCACTCTTAACATTGCTGGGAATTGAACCCAGGTCATCTGGAAGATCAGCCAGTGCTCTTAACTGCTGCTCTTATTTCTCCTGCTGGTGTTTATTTATTTTTAAAGGTTTATTTTTATGTGTCTGTGTGTGACTATATTCCACATGTATGTAGGTGCCCACAGAACCAGAATAGGGCATCAAATCCCCCAGAACTAGAGTTACAAGAAGCTATGAGCGACCCCTTGTGGTATGGAGGACTAAACTAAGGTCCTCTCTAAGAGCTTCGAGTGCTCTTAACTACTGGGCCACCCACCATCTTTTTTTAAAAAAACATTTTAAGGCAGGACAGGCTCTCGTGTGTTGAGGGCTGTCCTGGGACTCACTCTATAGCTAAAGATGACCTTCCTTCAACTAGGTATGCTCCTGTCTCCGCTTCCTAAGTACTGGGATTAGATGTGAACCACGACTTGTAGCCCAGAAAAGGATGGGGTTTTGTGCTTCTCCAATTCTGAGGAGAGTACAAAAGCCCAGTATCTCATTTAGAGTTAAATATGCCACCCAATTTTGTTGCAGGAAATATTAAAAAAGAACCACCTTTCCGCACTTGTGCCGGCAACTCTCTGCCCCAGAAGCCTGGCCAGCCATATACTGGCTGGCAATGGCCCGATCTGTTTTTATCTCCAAAAACAGAACTCCAAAATCTCTCCACCCAGCTCGCTAGGTTCCCACTGACGGGTCACTACCATGCCAGGCCCATGCTTCAATACCCCCACAGCCTTTGTGGGCACATCAGGCAAACCCGTGCTTTGCTGCTATACCTTTCTCTCTGGAACCCAGTTGCGTCCTCGCGAGAAGAGAAACACCGCACAAACTTAGTTCAGAAACAATGGTAACTAAATCTCTGGGTGCAACAACTAGAATCCTAATCTTGTAAGCGATATTAAATCTAAATTTTCCAGTGGTGAATCCGCCAGGAGACACTAGTAGCTACATCTTGTCCTCAGGCAAAAAGGACCCTCTCTCATGCCTCCTTTTCTCTTCCCCTCTCCAACCCGGAAGTCCCTCCTACTCGCCCAGTGATTGGCTCCTTTATTCACTAGGGAATTTGTTCACAAGAAGTCACCTGAGTACACAACTCATTCCTTGTCCTCAGCCCCTCCCAGGAGAGCAGAATTAGCATCAAAATACAGCACCAGGCCCATCCACAACACAATTTAAAGACCTCAGTTGAAATTCTATAAAATACATATTAAATGCTTTAGGTAATTCTTTCTGCAATGCTTTGAAACAGTGTCTAAGACTTTATAATGTGAGTTATCCTCAGTATGGCAATCTTTTGCCCGGTAACAATGTTACCACAATAAGCAGAACTTTTGAATCCAGCTATATTCTAGCTGGTCACTAAGATCTCCATAGGCTTTGACCAATCAGCTTACAAGAAACTAGGCTCTAATTCATAAGCCACTTATTTTTAAAACAATCCAGTAACACTTTCAAATGCCTTCTGGACATTATGGCAGGAACATTTTTTTTCTACAGATATAAGTTTAAAACTCTTACATACAAAAGGTTCTCAGTGGTGACCCATCACTAGATTTGCAGCCGAGCTATCTCTAATCTGTTGACTAAGCTCAGCTTTTCCTCCTTTCTCCCCACCTTGCCCTCTCCTGTTGAGTCTGTTTCCTATGTGTATGTTGAAATCCTGTATGCTTCTGTTCTTAATACAATGTTTTTATTCTTTTTTTCCTTACTTTATTTTTTTATTAGATATTTTATTTATTTGCATTTCAAAAGTTATCCCCTTTCCTGGTTTCCCCTCTGAAAACTCCCTATCCCATCTCCCCTCCCACTGCTTGCTAACCCACCCACTCCCACTTCCCTGTCCTGGCATTCCCCTACACTAGGGCATAGAGCCTTCTCAGGACCTAGGGCCTCTCCTCCCATTGATGTCCAATGAGGCCGTCCTCTGCTACATAAGCAGCTGGAGCCATAGGTCCCTCCATGTGTACTCTTTGGCTGGTGGTTTAGTCCCTGGGAGCTCTGGGGGATACAGGTTGGTTCATATTGTTGTTCCTCCTATGGGGTTACAAGCTCCATCAGTTCCTTTGGTCCTTTCTCTAGCTCCTCCATTGGGGACCTAGTACTCAGTCCAAAGGGTGGCTGAGAACATCCACCTCTGTATTTGTCAGACATTAACAGAACCTCTCAGGGGACAGCTATATCAGGCTCCTGTCAGCATAATCTTTGTTGGCATCCACAATAGTGTCTGGGTTTGGTGACTATATATGGGATGGATCCTGAGGTGGGGCAGTCTCTGTATGACATTTCCATCAGTCTCTGCTCCCTACTTTGTATCTACTACCATGGGTTCCCCGTTCTAAGAAGGACCAAAGTATCCATACTTTGGTCTTCCTTCCTCTTAAGCTTCATTTGGTCTAAGAATTGTATCTTGGGTATTCCAAGCTTATGGGCTAATATCCACTCATCACTGACTGTATACCATGTGTGACCTTTTATGATTGGGTTACCTCACCCGGGATGATATTTTCTAGTCCCATCCATTTCCCTAAGAATTTCATGAATTCATTGTTTTTAATAGCTGAGTAATATTCCACTGTGTAAATGTACCACATTTTCTGTATCTATTCCTCTGTTGAGGGACATCTGGTTTCTTTCCAGTTCATGGCTATTATAAATGAGGCTGCAATCAGCATAGTGAAGCATGTGTCCTTATTACATATTGGAACATCTTCTGGGTATATGCACAGGAATGGTATAGCTGGGTCCTCTGATAGTACTATGTCCAATTTTCTGAGGAACCACTATACTGATTTCCAGAGTGGTTGTACCAGCTTGCAATCCCACCATTGCTGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGGAAGGAAGTGAAATGAAATAGAAGTGGTCATTAAAAGTCTCCCAACCATAAAAAGCCTGGGACTCATCCTGTTTATCCTTTGTGTAGAAAAAGGCCACTGATTTGTTTGAGTTAATTTTATATCCAGCTACTGCACTGAAGCAGCTTATCAGGGTTGGGAGTTCTCTTGTGGAATTTTTAGGGTCACTTATTTATACTGTCATATCATCTGCAAATTGTGATATTTTGAATTTTTCCTCTCCAATTTGTATCCCCTTGATCTCCTTTTGTTGTCTAAATGCTCTGGCTAGAACTTCGAGTGCTGTATTGAATAGGTAGGGAGAAAGTGGGCAGCCTTGTCTAGTGCCTGATTTTAGTGGGATTGCTTGAAGTTTCTCTCCATTTAGTTTGATGTTGGCTACTGGTTTGCTGTATATTGCTTTTATTATGTTTAGGAATGAGCCTTGAATTCCTGATCTTTCTAAGACTTTAAAGAAGAAGGGATATTGAATTTTGTCAAATGCTTTCTCAGTACCTAACAAGATGATCATGTGGTTTTGGTCTTTGAGTTTGTTTAAATAGTGGATTACATTGATGGATTTCCATATATTAAAATATCCCTGCATCCCTGGGATAAAGCCTACTTGATCATGATGGATGACCGTTTTGATGTGTTCTTGGATTTGGTTAGCAAGGATTTTATTGAGTATTTTTACGTTGATATTCATAAGGGAAATTGGTCTGAAGTTCTCTTTCTT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Seq C2 exon
AACTTTGTTCTACCCCAAGAGATGATCATTGAAGTGGAGGGAGAAGATGCTGGGTCACTGGACATCATGCCTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000057101:ENSMUST00000203854:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.838 A=NA C2=0.517
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types