MmuINT0179235 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000059475 | Zfp426
Description
zinc finger protein 426 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1920248]
Coordinates
chr9:20282577-20297190:-
Coord C1 exon
chr9:20296830-20297190
Coord A exon
chr9:20282699-20296829
Coord C2 exon
chr9:20282577-20282698
Length
14131 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTGAGC
5' ss Score
8.05
3' ss Seq
CTAACAGTTGTGTACAACAGGTG
3' ss Score
5.23
Exon sequences
Seq C1 exon
TCTTCCGGCTCTTATCTGCACTGAAGAGTTGCGGAGTTGCCTGGCATTCGTGAGTTCTGCGGTACAAGGACTACCTGGAGGCGGAGGGGGAGATAGAGAACGAGAGTGCAGAGCTCTGCTCCGCTTGCCACGGCGCCTCCGGGCGCGGCCAAGCCTGAGTCCTCTCTGGCTGTCAGTCGCCAGGCTGGGGAAGTGCCCAGAGGGCGGGCCTGGCGATGGCTGCGGCTACGATGCTGCTCTTCAAAAGCCGCCCAAGCAAATTCTGTGCGAAAGGCTCTTTTATTTTTCTCCTCAGAAATGAAATTTTGCCGGAGTAGTTGGAGTGATCAGCGCCATACACCTTGCGATTTCAGCGCCTCTG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GTGACAGAGTGCCACTGTCCACTGAAATTCATCAGCTGCACTAAAGCAAAGCTTGCCTCAGTGAAAGGAGTATTCATGCAGACTTCTGTGTTACAGGATGGCAGCTCCTGCTTCGTCCCATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000059475-Zfp426:NM_146221:1
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.968
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Skipping Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs: