MmuINT0179296 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000055341 | Zfp457
Description
zinc finger protein 457 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2664334]
Coordinates
chr13:67397241-67407348:-
Coord C1 exon
chr13:67407286-67407348
Coord A exon
chr13:67397368-67407285
Coord C2 exon
chr13:67397241-67397367
Length
9918 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTTGGT
5' ss Score
6.36
3' ss Seq
TACTCTTCTTTTTGCTTCAGGAT
3' ss Score
10
Exon sequences
Seq C1 exon
CGCTTCTTCTCAAATTTGTGCAGCTGTCCTGTTGAGCGCTGCATTTGGATTTCTGCCATGGAG
Seq A exon
GTTGGTGCAGGGAACAGCACCATCTTGCAGATCTGAAGGACTGTGCAGGGTGGCGGATAGGGCACAGAGAGTGCCAACTTGGGCTTGTGAGACAGGAAGCTGCTGACCTTGAGGTGCTGTGCTGACCTAGGCTGGGCCACTGTCCCTGGGCACAGGTTTGAAGAGGAGAAGGTTGGAAACAGCAGGATGGCAAGGGCAGGCAGGGTCTGCTCACTGCCTGTGCCTGAGATGCTGACGGGAGCTCACGCATCTTTGCTGGGGAAACGTGCTCTGCCTAGCTGACGGGTTCTCCTGTGGTGGTTGTCAGATTCTTAGGACATACAGAACACGTGGACATCTAGCGCCCCATATACTTTATGTCCTAGAGATTACTCCTGGTTTGAGCTCACACAGCTTCCCAAAGGTCCTAGTGTCTAGGGACAGAGAGTCCTGTGACGGTGATTGTTGTGTGGGTTGTTAGTTACTTTTCCTTTGGAATGAATTGTTAGATTTATGGATGCCTTGGTTAGAGTGGGAATTTCCAATAGACATCTCTGTGACTTGAATCATCACAATACATGGCTATGTAGCCACAGAATAATCTTGTAATTGGTATGAACCTATGTTTGCCCAATCCAGATAATTATGGATTTTGCACATCAAATTAAAATCGCTAGACAGCAGTACCTCAACGGTTCTGAGTATGTGTTCTGTCCAAATTTGGACTTCTTTTCAGATGAGAGACGACTTGGTGTGATGAGAGATTGCTGGGTGGGGCTGGAAAGTCTGAAAGGGAAGAGGAAAATGGCTCTGCTCATCTGCCAGGCTCTGTAAATTGTTCTCTAATCTGCCAGGCTCTGTACATTGCTCTCTAATCTGCCAGGCTCTGTACATTGTACTATGTTTTCTTATCACATGATTTTCTTCTGTCTCTTCACATTGTCAGCAGCGTCTGAACTGTCCTAAATTTAACTGTCTTAAATATTAAATTTTCTGTCCCTCAATGTGACATTCAGGTTTACTGAGGCACCTTTAATAGTTTTAGGAAGAATTCCCCAAGTTTTTCAACTGCTTTGGAACAGCTGGAATATAAATTTGGAAAGCTGTTATACATTTGGGGTCTAATGATTTTTCACATAGGTTCCTGTCTATGCATAGTTCTCCTCCTGAAGGGTTAAGAGAATAGTTTAGTCCAGAGCCATTTGAATAGCCTTGATCTGAGAACACAGATTTACTTTAATCCAAATTCTATGCTCCAACATGGAATCAGTTTCATGGTTTTACAGAACAAAGAATGTCATTAACCAAGGAAAATTTAAAATACTTTGGTGTGAGTCGATAGAAGCATGTACTACGATATATGGGAGATATTCTATTCACCTAAGATACCATCTGCTGAGATTTTAGCTTTTGGATTCATAGAAACTTATGTTCTCCCTTGTCAGTGGATTCTGGGAGGTTTTTATCTATTGTCATAAGCTATGTGGTCCACTATAGAGTGAGGCAAGGACTGACCCTGAAGGTAAAACCAGCCCAAGGTAAGACAGCTAACCCTGAACCTGCAGAATTCCAGGCTCTGCCCCTCGGTGAACTTACACGTGGGCCATCAGACTCTGCACCCACAGACTCCTTACAAGAGTTTTGCATTCACAGAATACACACAGATTTTAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTCAAGATTTCTCCTCCACAGCCGCTCCCCCTATCTCAGGGGATCTTGCTTATATTATCACTCTTCAGTCAAACCAAGTGTTTGTGAGCCAGAGCTGGAGCCTGACCTACAGCATTCAAGTCTACTGTCAGGAAGCATGGGCTTCAGACCACCTTGTCCTAGCTACTGGAATTTTCAATGAGTTTGCAACCATATCTAGAATAAATAGACACTTCCTAGTTAATGTTACATATAACAGTTTATCAATTGGGAATTGTGTGCTGCCTTGTGCAACAAAACACAGTCCTTATAATATAGAAAGAGTACATGAGCATCGTCACATATAACTTACAGGCACCAAATATTTATTTATATGTATTTAAAATCAAACAGCCTAATTATTGAAGAGTGAACTTAAGTATATTCTATGATTCATTTCTGTCATCTCTGTGTTTTGAGGAGGAGTCAGGAGTCCTGGAATTCAAAGTCATCCTCTCCTTCATAGCCAACTCAAGGGAGCCTAGGCTACGTGAGACTCTGCATATTAAAAAGATTCTTAAAATGTTGTTCTTTGGGTGTTATAATAACTTCTTCATGTTCCTTTCACTTCTGAGCACCAGGGACCGGACAGAAATCCATCCAATTGACATCTTCTAATTATAAAGATGTTACATGGTATAGCATTGGAAATGTAAATGAGCTAAATACCTAATAAAAAATGGAAAAAAAAATAAAGATGTTACAAATGTGCTTTAAGAAGTTCTATGGGACGTACTTGAAATCTTAAATCCACATTTTCACTAGCATCCTTTTGTTAATGTTGGAGATTAGGAACTTGTTTCCATTTACCATGTGGGGAAAGGTTCTCCTCTTTGCCTGACTTGACTCTTCCTCTGATTTTCAGGAAAGATTAGTTATTGTTGCATATTCTTCTGTTTTTTTTTCCTGTCATGACCTCATGGGGATTTCTAATTTTACCTGAATTTTTCCTGAACAACTTGACACTCTGCAAATGGAAAATGACCACCACATCTACCACTATCCATCAAATCTGGTATCACCGACATCCATGCAGTAATGTGTCCTGGTGGAATACCCTCTTCTTCCTCCAGGAGGAGTCAGTCTCCTATGCTGTGCAGTCCTGACTTTTTCCTCGAAGGCTCTTTTCATTTCATCCTAATGTTACTGTGAGTGATGATATGAATGAAGGACTCACTGATTTTAACAAAGCCAGGCAGGAACCTTGTCACGTTTGATAAGTCATTTATGGAAAACTTTGAAGTGTCCTGTGTTGGGTGATGTCATTCAGTTCCTGGTGATAGTTGTGTACATGTCAAAGGTCATGAAATGAATACAAAAACCTTATTTGTGCTGATTTTGATGGGCATCAAAACAAGAAATGAATAACCCCGAGATGCATAGGTTGCTGTCAGTTTCTGCTTTTAAGTTAAAATATTTCAGTCAGTCTTTTGTGCCATGGAAATGTTAGTGATCCCCAAAAACACACAGGAGCCAATCTGATGCAACTCACAGCAGGGTCTTTATTCTACTCGAGCTGGCTGAGGTGCACCCCCCCTCCCCAGTGCACCACCATCATGCAGGACAGATTTTTTTGGGGGGGGGATGTCTACGGGGCAAAGCTTTATAGTAAGCAGCAAGCAGGGAATACATGTGCAAACATCTAATTGGAAAGCTCCTGTGGCCTTTAACATAATCGGCTGGTGCTGGGAGTCATATCATAAACTTAACTTCTGCTCCCCCTCTGCATTGGTGGTCATTAGGCAAGGGGTGGGTGTGATGGTTTGTATATTCTTGCACCAGGGAGTGGCACCATTTAGAGGTGTGGCCTTGTTGGAATTGGTGTGACCTGGTAGGAGTAGGTGTGTCACTGTGGGTGTGAGCTTAAGACTCTCACCCTAGTTGCCTGGAAGTCAGTCTTCCACTAGCAGCCTTTGGATGAAGACACAGAACAATCAGCCTCCTGCACCTTGCCTGCCTGGATGCTGCCATGCTCCCACCTTGATGACAATGGACTGAACCTCTCACCCTGTGAGCCAGCCCCAATTAAATGTTGTTTTTCATAAGACTTTCCTTGGTCATAGTGTCTGTTCACAGCAGTAAAACCCTGACTAAGACAGTGGGCTTGTAACCTGGGGGTGCAGGTTTGTTGGGGGAATAATCTATAGGCACTGATCTTGTTGAGGGTGTAACCTGGAAACTCTGGTCTTGTTTTGGATTAGCCTAGAGACTGGAACTAGGCTTGGGTTTTGTTGGGGGGGGGCAACTTGGAAACTAATGTTTGGTACCAGCCTGTTAGTTTATCTGAGTTCAAACTTAGGTCAGGGTCTCTAAAATGGAGTCTGAATTTAAAAGATTTGGCATCTTAAGTCCAAAGACACTTTTCTTCTTCTTTTTTCCCTCCCCCCTCTCTCTCCCCTCCCCTCCCTCTCTCCCTCCCTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTTTGATACTCCTGCTCTTGAAGGAACAACCCTCTAGTCCTACATTCTCTAGCACTTTTATCATGAAAGTATATTGGAGTACATTGAGGAATTTTCTGTTCCTGTTGACATGACCATGTGATTTTTGTCCATAATATTCTGTCATTTTTATTGACTTACACATTATGAACCATCACTTCTTTTAACAGATAAAGCCAATTTGTCATGGTTGATAATGTTTTTCACATGTGTTTGTGTTTTCTTTGTAGGTTTTTTTCCAAGTATTTTTTTTTAGACAGGGTTTCTCTGTATAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTTTGTAGACCAGACTGGCCTTGAACTCAGAAATCCGCCTGCCTCTGCCTCCTAAATGCTGGGATTAAAGCCATGAGCCACCACCGCCCAGCTTATTTTTTTTTTTTAGCATGTTGAATCTGACTACCTTATGAATATTGGCTACTGTGTTCTTTTGTTGTTGTACTTTGTGTTGGGTCTCTATCTGATTTTTTTTTATTACAGTGATAGTAGCTTCTTAGAAATAGTTTCTAGGTGGGCCTTCTGTTCTTATATTTATTTAATGGTTGAGGAAGGATTAGTTGTAGATCTTTGAATGCTGCAGAGAATTGTTGTGAACCCATAGAACGTTTTTTTCAGCTGGTAAACTGTTTATTGCAATTTCAATCTCCCCATTTGATTTGAGTCGGATTAGGTTGTTAATTTCTTCTCCTTTAATTTTGTTTATTTATATGTAAAACATACACAAGAATGAAAATAAAATCTCAAGAAGACTAAACCTTTGAGACCTGTTGAAACCATTCCTGTGGCTGA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Seq C2 exon
GATATGTTGTCATTCTGGGATGTGGCAATATATTTCTCTGCAGAGGAGTGGGATTGCCAAGGTCCTGCTCAGTGGGATCTGTACAGGGATGTGACATTGGAGAATTACAGCAACCTTGTGTTCCTGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000055341-Zfp457:NM_001003666:1
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0135222=KRAB=WD(100=95.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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INCLUSION PATTERN[edit]
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