MmuINT0179719 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000064141 | Zfp69
Description
zinc finger protein 69 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:107794]
Coordinates
chr4:120607672-120620174:-
Coord C1 exon
chr4:120619894-120620174
Coord A exon
chr4:120607799-120619893
Coord C2 exon
chr4:120607672-120607798
Length
12095 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGTGT
5' ss Score
6.99
3' ss Seq
CTAACTGTTGGATATTGCAGGAA
3' ss Score
6.02
Exon sequences
Seq C1 exon
CTCTGCTATCCCATGATGCTAATGGGACACAACAAGAAAGCTTAGCTGATGGAACGACCCCTGGCACCCCTGCAGCAGGATCCCATGATGGAGCGACCCCTGGCACCACTGCAACAGGATCCCATGATGAAGCGACCCCTGGCACCCCTGCAGCAGGATCCCATGATGGAGAGACCCCTGGCATCCCTGCAGCAGGATCCCATGATGGAGAGACCCCTGGCACCCCTACAGCAGGATCCCATGATGGAGTGACCCCTGGCACCACTGCAGCAGGATCCCAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GAATCGTTGACTTTCAAGGACATTGCCGTGGACTTATCCCAGGAGGAGTGGGGACAGCTGGCTCCTGCATACCAGGATTTGTATCGGGAGGTGATGCTGGAGAACTACAGAAACCTGGTGTCAGTGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000064141-Zfp69:NM_001005788:3
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=0.462
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0135222=KRAB=WD(100=100.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs: