MmuINT0180033 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000072623 | Zfp9
Description
zinc finger protein 9 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:99210]
Coordinates
chr6:118467239-118477424:-
Coord C1 exon
chr6:118477307-118477424
Coord A exon
chr6:118467366-118477306
Coord C2 exon
chr6:118467239-118467365
Length
9941 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGGGT
5' ss Score
8.23
3' ss Seq
GTTCTAATTTGTTTTCTCAGGGA
3' ss Score
8.59
Exon sequences
Seq C1 exon
GAGACCTGGAGCTGTGGCCTATGATTTCCTAGGACTTCACTCTCCCAACTTTAGAGGGTAGAACACCACCACTCCCCATCCCCGCTCTAAAACACTGCAGAAAATGACCAAGTACAAG
Seq A exon
GTGGGTACCTTAATTTGCTTAACTCTGTGCGTGCACACATATATTCAATGAGGGTTTTTGAAAGAGAATCTATGGGTTTGGAGAGTTGACTCAGCAGATGAGAGCAGTTGTTGCTGTTGCAGAGGACCCAGGTTTGATTTCCCAGCACCCACATGGTGTCTCAAAATCCTCTGTTACTCCAGTCCCAGGAGAGCCGATGCCCTCTTCTGACCCCCGCAGGTACCAGGCATTGACATGGAACACATACATACATGCAGACGGAACATCCATACACACAAAATCGTGAAATAAATCAATCTTTAAAACGATCGAGAATATATTAAGCTAGGAAAGTACCTTTAGGGTTGAATAAAACAGTAGTTCTGAAAGCATGGTCTGAAGAGCCCCGGGTGCCCTCCAGACCCTTGCAAGGGATCCTGCACCACCAAAGGTCATGCTATCAATGAGCAAATTGCATTTGTACTAATGGTGCAGAAGCAATAATACAGACCAATGACCATCCTGCATCACTTATAACAGTGGGGATGATGGAGGAGAGCAGCTGAGGAGAGATCACACAAGTTGAGCAGCAGAAATTGGGAGTTATGTTTACCTATGAAATGTATTGTATGTTTTCCATATATATTGTGTAGTGTTTACATATTCGCTGTATTGAGAAAGAACTAAAATTCTTTCCTATTTCCTTGCTGAAATTTCATCTTGGATACACTGCTCATTATATATTTGTGTCACAGTAAATAAGTCAGCCTTCTGCTCTGAACTGAGAACAATTCTTTAAAGCGGTGGTTCCCAACCTTCCTAATGCTATTACCCTTTAATACAGTTCCCCATGTTGTAGTGACTCCAACCATAAAGTTAGTTTCGGTGCTACTTTATAACTATAATTTTGATACTGTTATGAATTGTAATGTAAATATCTGTGTTTTCTGATGGTGTTAGGCAACCCCTGTGAAAGGGTCATTTGGGGTCATGACCCATAGGTTAAAAATTGCTGCTTTAAAGATATATGGTGACTTTGATTCATATTTAGCTTTCAATATAGCATGAAAGTGAGGAGCTTGCAAAAATATGACAGTGATATATTATTATCAGTGGGTTATTGCAAAGAGCTAAGTAAAAGACTTTTCATTTTGTTAAGAATATCCTTAAGGGAACAGTAAACACTATTACTTTGTGGCGATTAAAAGATAATGAGAATACACTTGTAATAATAATAGTACTAATGGCTTACTTTTCCTGATTCCTTATCATACTTTACATTCACATTCATCCTTAATGCTACTGTAAAAATTATTAATTTAGTTAACCCTTGACCCTTGAGTTCACGTCTTTTGAACATTTTGTGTGAGAAAATGGGATATTCCTATAAGGCCTTCTAAGCTACCCCTGAGTGGCAACGATTGGTACCCTAGGGCAAGTACCTGTGTGATTTTTATGCAAATATCATGACAGTTTTTCATGGGACATCTTATATATTGAAAGAACTGAAGTGGCAGAAAAACTATGGTTATTCAAAATTCACAAAGTCTCACTGTGTGGCCCTAGCTGTCCTGGAACTCACAGAGATCCTCCTGCCTGTCTCCAAAATGCTGGGATTAAAGGCATGCACCACCACATGCCCAGAAACAATTTAAAAAAAAAATATTATGAGCCGGGCGGTGATGGCACACACCTTTAATCCCAGCACTTGTGAGGCAGAGGTAGAGGCAGGTGGATTTCTGTTCTCCGAGAATTTGGTTAAGAAGAGTGAACCCGAATCTTTGGATATCCTTACAAGGGTGAATGGAATTGAAGATACTTTGAGATAGAAGTCTGAGTATGGCAGAGAGCTTTTCCAAGCCTTTAATTGGTTATGTATTAACATTTCAAAAATATTTTTTAAAAAATTCTTTAAGACTTTAGTACAATATATTTTGATCGCACTCACTCCCCGCCTTCAACTCCTCCCAGATCCACCTCCATTTCCCTGTTCACCCAAATTTGTATCCTCATTTTCAAGAAAAAGAACATTAAGTCCAATCTCTTTTGATAGATGTCACCTTCCATGTGAGCCAGACCACCCACAAGGAGTCACATCCTTAAAAAATGTTCTTCCTCTCCTGGCAGCTATCAGCTCCTCAGCTAGGGGAGGGGCTTCACACCCACCTTCCCTCCACAGGCTGGACTTTCATTGTCATGCACTTGCATAGGTCCTAAACATGATGGCATAGCCACTGTGACATTCGTATGTGCAACTGCCTCAGTGTGTCTGGAAAATACTGTTAAGTTGTAGTTTTTATCCACTGTCTCTGGCACTACAATCTCTACACTGATCCCTGAGAGTTGGGACAGAAGGGTGTGATATACCTGTCCCAACTGGGCCTATTTGGAGTCTCCTATTCTCTACACCTGGTCCAACTGTGGGTCTGTGTTAATCAATCTACTGCAGAAAGAAGCTGCTGTGAAAGGGTTGATAAATGCCTTAATCTTTGGATATAGTGATAAAATCATAGAGAGTAGTTTATTACTACATCCACTTAGCAAAATAATATTAGTAGGGTCTTCTGTAGGGCCTATGATCTAGCTAGCAATTGTTTTCACTCTAGTTAAGGGTACCAGGAATGAGTTCTCTGTGTGGCCTTAAAGCCAGTTGGTTACGCCTGTAACATATGTGCTACTATTGTATCAGTTGGAATATCTTACCAGGGTAATCACTGAGACTGTTTTTCTTTGCTGGCTATTGTGAATGCAATAGCAGTGAGCACAGATGAGCAAGTACCTGTGTAGTAAGATATAGAAGCCTTAGAATGGCATAGCTGGAACACATGATGGATATATTGCTAGCTTTCTGACTCACCATGTCTTAGTTGGGATTTTACTGCTGTGAATAGACACCATGACCAAGGCAACTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCCTTTTCAAGTTTTAATTTTTATACATTTTTTGTATTAAAAAGAAAAGCATAGTAATTACCACCAATTACAAAGGACTAGAGCAGGACCAGAATAATGAATGAATCACTTCAGCCTGGGAAGCAGACACTCTCAATAATATTAATGTTATAATACAAGATCATTCAAGTATTTTACATTTTTTCTTGTCCTGTTGATGTGATATCCTAGCACATGGTAAAGACAATGTATGAGCGTAGGTGGAACTTTCTCTGCAAAGCCCATGAGAGTTTTCCTTTCCTGTGAGAACTGGGCTCAAAGTTTTCTTCTGTCTCTGCCATCACCATGGCTGGAGGAGAGGATGGGAGCTGGGGAAAACCTAGGGGCCCTTTGACAAGAGACTCTGGAGTCCCATCCAAGGGGACAGGGGAACCCGAGCCTCTAGCACTCCCCACCATTAGCCTTGTCCTCATGCCCTTTCCCTCATGTCCAGACCTTCCTTCTTTTGTAAATGTCATCAAAAAGGAGTGGGAAGGAGCTCAAAAACAGAACAAAAACATTGAACAACTTGACCCGGGGCTCAGCACCTCTGTCTGAACCTGCGGTCTAGGCTGGAGCAGGGCCAGGCAGCCTTCCCTCCGAGTAGCAAATCTGCTCTGAGGCTCACAGGTTTGCAAACCACCATCTGCCCCTTGCTGGGGCCAGGTGGATGTCTAACCCTGCACAGGCAGAGGATGAAGGCGGTTCCATTTGGCAGGCTGTCTGTCTTAGGTCTTGGATTCCATGGGAAGATGGTGATGGGGAAGTGGCTTGCTCTGGTGCCCCCCCCCCCCGGCATACTTGTCACAGATATATCGGTCCTAAATTCAAGTGTGACCAAGGCAACTCTTATAAAAACAACATTAAGTTGGGACTGGCTTACAGGTTCAGAGATTCAGTCCAATATCATCATGGTGGGAGCATGGCAGCATCCAGGCAGGCATGGTACAGGTTGAGCTGAGAGTTCTACACCTTCATCTGAAGGTTGCTAGCAGAATACTGGCTTCTAGGTAGCTAGGATGAGGGTCTTAAAGCCCACACTCACAGTGACACATCTACTCTAACAAGGCCACTCCTACTCCAACAGGGCCACACCTTCTAATAATGCCACTCCCTGAGCCGAGCATATACAAGCCATTACACACCACCACACTGGTGCCCACAGTGTCTGGATCATCTCACTCCCACCCCCAGTGAATAAGTGTTCCCCTTTTCACATACCCATACCAATATTTATTGTCATTGGTTTCTTTGATCTCAGCCATTCTGACTAGGGCATTATGAAATCTCAAAGTCTTTTAAATTTGCATTTCCCTGATGGCTAAGGATGATGGACATTTTTAAAAAAGTATTTCTGGGCTAAAGAGATGGCTCACCAGTAAGAACTAGCTGCTTTTCCAGATGTCCTGAGTTCAATTTCCAGCACCCACATGATGCCTTTCAACATCTGATGTCCTCTTCAGTCATGCAAGCACACATGCAAATAGAGTACTCATAACAGCAAATACAACTCTCATATGCTTAAATTACATAAATAACTCTTTAAAAGAAGTGTTTCTCAGACATTTGTAGCTCATCTTTTGAGAATTCTTCTTCATTCTGTGTCCCATGTAAAAAAATTGGGTCGTTTTCTCGGTATTTAGGGTGGTTTTGTTGTTTGTATATTCTATTTGCTAGCCCTCTTTCAGCTATAGAGTTATTAAAGACCTCTTCTCAATCTGTAGGCTGCCTCTTTACTTGGATTGTATTGTGCTCTGCTTTACAAAAGTGTTTTAGTTTCTTGTGGCTCCAATTGTCATTTGCTAGTCTTAACGCTGTGCTATCAGAGTCCCACTGAGAAAGTATTTTCCTGAGCTTATACATTGAAGCATGTACCATACTTTCTCTTTAATGAGATTTAGGTCTTACATTAGGTTCTTGGTCCAATGGAGTTGAGTTTTGTGCAGGGTGAGAGATAAGACCTAGTTTCATTTTTCTACGTGTCGCCATCCAGTTTGGTCAGCACCATCTGCTGAAGATGCTGTCTTTTTTCTAGTATATAAAAAGGTGGCCCTGCGTGTATGGATTTATAT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Seq C2 exon
GGACCCGTGACATTAAGGGATGTTGCTGTGGAATTCTCCAAAGCAGAATGGAAGCTCCTGACCCCTGCTCAGAAGTCCCTTTACAAAAATGTAATGCTGGAGACCTTCAGTAACCTGTTCTCTGTGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000072623:ENSMUST00000161170:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0135222=KRAB=WD(100=95.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types