HsaINT0186583 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000175395 | ZNF25
Description
zinc finger protein 25 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:13043]
Coordinates
chr10:37957420-37971807:-
Coord C1 exon
chr10:37971708-37971807
Coord A exon
chr10:37957547-37971707
Coord C2 exon
chr10:37957420-37957546
Length
14161 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGT
5' ss Score
10.67
3' ss Seq
ACTGAAGTATGTTATTCCAGGGA
3' ss Score
2.08
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGATTCCTGGGGCTGCCAGCTAAGGTCCCTTATGATTTCTGCTCTGGCTTTGCAGTTTTCAGCCTTTCCCAAGAGCAGCAGAAAATGAACAAGTTCCAG
Seq A exon
GTGAGTCATTTACTTAGCCCTAACTTTGTTTCACTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTAATGAGTTTTATGAACGAGAGCCCATATACTAAATTAGAAACGTAGAAATAGTTAAAAATCACCTACAGGCAAAATACCGTTTGAATAAAACAGCAATTCTCAAAATGTGGTCTGCAGATCCCTGGGAGCTCCAAGACCCTCTCAAGGGATCTATGAGGTTGAGACTCAGAGTGCTAAGATGTAGATTGCCTTTTACACTGTTGATACTTGCACTGGTGGCATGAAAACCATGCTAAATAGGTTACTGCCTTTTTGGCATAAAGTAGACAATGACATTGATACTAACAAATGTGAATTTTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCGCTCTGTTGCCCAAGCTGGAGTGCAATGGTATAATCTTGGCTCACTGCAGCCTCTGTCTCCCAGGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCATGAGTAGCTGGGATTACAGGCACCTGCCACCATGCCCAGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGAAGGGGTTTCCCCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCAAATTCCTGACCTCAAATGATCCTCCCGCCTTAGCCTCCCAAATGCTGGGATTACAGGCGTGAGCTACTGCGCCAGGCCACAAATGTGATTTTAAAAATATATTTTATAACAATATGTCAACATTTGAGTAGTATTTCTGAGGTATATGTTTGGAGACAAACTCAAGCAATTTAGGAGGACAAAGTGATACAGAGAAGTGAGGAATGAGTTATAGGTTGATTAGGACAATGCTACCCTAAAATATAATGTTTGAGGAAAGTCCTGAATTAGAGAGAGAGCCAAGTAGAAATCTGAGGGAGCAGCATTGTGGGTAGGAAAAACAGCAATACAGACACCCCAAATCATGTTCCAGAAACAGTATGTAGGATATTGAAGCTAGAGAGATATGACTTAGGGAAAGAATGGTAAGAGGTAACATCAAAAAGGTAGAGGAAGCTAGAATATGTATGGCCCTGGTAGACTGTAGAAAACATTGAATTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTGCTCATTTAAAAATCATCCTTTACATAATCAAAGGAATGTACATAATGAAACCTGACCTTAGGGGGGAAAGAATTTAGCCATTCAATAATAAGGATGGTATAAACTATGGATTTTATATAAATGCCTTTTATCAGATGAAGGAAGTTCCCTTCTTTTCCTAGTTTGTTCAGAGTTTTTATCATGAATGGATCTTGAATTTTGTCAAATGTTCTTCTGCTTTTTTTGGGATAATCATGTTGTTTTTCTTTTTTAGTTTGTTAGCATAGTGAACTGCACTGATTGATGTTCAAATGTGGAATCAACCTTGCATTGCCAGGGTAAATTGGTCACAATGTGTTTATATTTTTATATATTGCTGAATTAGATTTGCTAACATTTTGTTGAGGATTTTTGCATCTATCACCATGAGGAATATTGATCAGTGATCAATATACTAGTAAATGTTTAATAATCAGATTTTAGGGGTTGGGATAGAAATCTGGTTTATACTGTTTACCAATTTCTGTGGTATAAATACTCCCACCATGGCAAATTTCAAGCTACAACATGCCAGCCAGATTCTGAAAACTTAACCATCAGCTCTTCTGAGCTGATACAAACTGGTGCCAGCAACCACTGTAGTTGTCATTTCTGGTGATGTTTTTGTTAGATTTGGGTCTCAGGGTCATGTGAGCCTTATAAAGTGAGTCGAGAATGGTTATTTTTTCTTGGTTTTATGGAAGAAATTACATATAATTGGTATTGTTTCTGGCTTATTGTTTGATTGAATTCACCAATGAAACCATTTAGGCCTGAAGTTGTCTTTGTTCAAAGGTTTTGTTTACTTGTTTTAATTGAAGTGAAATTCACATTCATCATTTAAAAGTATACAATTGTAAGGTATTAATATTTAGTACATTCACAGTATTGTGTAACACCACCTCTACCTAGTTACAAAACATTTTCACCATCCCAAAAGAAAACCCCATTCCCATTAAGCAGTCATTCCCTGTTCTCTCTCCCTCTTTCCCCTGGCAACCACTAATATGTTATCTATCTCTATGGATCTACCTAGTCTAGATATTTCGTGTAAGTGAGATCATACATTAGGTGACCTTTTGTATCTGCCTTCTTTTACTTAGCATGTTTTCCAGGTTCATCCACCTTGAAGCATGTATCAGTACATCATTCCTTTTTATGGCTAAAATGCCATTGTGTATATACACCACAATTTGTTTATCCATTCATCCATTGACAGACATTTGGGTGGTTTCCACTTTTTGGTTATTATGAATAATGCTGTTATGCAAATTCATCTGTAAGTATTTGATACCTATTTTCAATTATTTCGGGTATATACCTAAAAATGGAATTGCTGGGATGTATGGCAATTCTATGTTTAACTTTTTGAGGAACTGCCAAACTTCCACAGCAGCTGCACCGTTTTACATTCCCATTAGCAATGTACAAGGGTTTCAGTTTCTCCATATACCCCCAACACCTGCCATTTTTAAAATTATGCCCATTATAATTGGGGTGGGGGGGTGAAGTGGTATTGTTGCGGTTTTGCATTGCATTTCTTTAGAGATGAGTGATGCTGAACATCTTCTATTGTGCTTTTTTCTGCTATTTTTTTTCTAGTGTGCTTTTTGGCCATTTGTATATACTGTCATCAATTGGTATATGCAGGTGATTGGTTCCAGGACCCCTGCATGTACTTAAATCCACACATACTCAAGTCCTACAGTCAGCCCTTCAGAACCCACGTGTGCAAAAAATTGGCCCTCCATATGTGTGGGTTTCCAATCTTGCAAATACTACATTTTCAATCTATGTTAGGTTGAAAATAATCTGCATCCAAGCCTGTGTTGTTCAAGGGTGAGTTGTGTTATTTGGAGAAATGTACACTCAAGTTCTTTGCCCATTTCCTACCTGGGCTGTTTATCTTTTTGTTGTTGAATTATAAGAACATTTTATGGCCAGGCATAGTGGCTCATGCCTGTAATCCCAGCATTTTGGGAGGCCAGGGTGGGTGGATCACTTGAGGTCAGGAGTTCAGACCAGCCTGGTCAACATGGTGAAACCCTGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCTGGGCTTGGTGGTGCACACAGGTAGTCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCACTTGAACCGAGGAGGTGGAGGTTGCAGTGAGTCGAGATGGCGCCACTGCATTCCAGCCTGGGTGACAGAGCAAGACTCTGTCTTAAAAAAAAAAAAAAAATTGGCCGGGTGCAGTGGCTCATGCCTGTAATCTCAACACTTTGGGAGGCTGAGGCAGGCGGATCACGAGGTCAGGAGTTTGAGACAGGCCTGGCCAATACGGTGAAACTCCATGTCTGTTAAAAATACAAAAATCAGTTAGGCATGATGGCATGTGCCTGTAGTCACAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTCGAACCCGGGAGGCAGAGGTTGTGGTGAGCTGAGATGGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCAACAGAGGGAGACTCTGTCTCAGATGATTTGCAAATATTTTCCAGACTGTGTGTTGTCTTTTCTCCATTGTGACAATGTTCTATAATGCACAAACATTTCAAATTATGATGAAGTAAAATTTATTTTTCTTTTGTTTGTGCTTTTGGTGTCATATAGAAGAATCCATTGCCAAATTCAAGGTAGGCTATGTTTTCTTCTAAGAGTTCTACATGTTTAACTCATATATTTAGGTCATTGATCCATTTTGAATTGATTTTTGCATATGATGTGAGGTAGAGTTCCCATTTAACTCACGCATGTGGGTATTGAGTTTTCCCAGTATTATTTGATGAAGAGACTATTCTTTTCCCACTGAATGGTCTTGACAGCCTCGTTGAAAATCAGTTGGGGCTGAACGTGGTGGCTCATGCCTGTAATCCTAACACTTTAGGTGACCGAAGTGGGCAGATCTCTTGAGCCCAGGAATTTGAAACCATCCTGGGCAACATGACAAGACCCTGTCTCTGCAAAATACAAAAATTAGCCAGGTGGGTGGTGTGCACTTTTAGTCCCAGATACTTGGGAGGCTGAGGTGGGGGCATCACCTGAGCCTGGGGAGGTCCAGGCTGCAGTAAGCCATGACTGGACCATTGCACTCCAGCCAGTGAGACCCTGTCTCAGAAAAAAAAAAAAAAGAAGAAAATCATGTGGTCGTAGATACATGGGTTTATTTCTGAACTCAGTTCTATCCCATTAGATTGTATGTCTGTCCTTATGCCAGTACCTCACTGTTTTGATAACTGCAGCTTTGCAGTAAGTTTTGAAATTGTGAAGTGTGAGTCCTCTGACTTTATTCTTCTTTCCCAATGTTGTTTTGGCTACTGGGGACCCCTTGCAATTCCGTATGAATTGGAGGATAATCTTTTCCATTTCTGTGCAAAAGCCATTGGGAGTTTGATAGGGACTGGTTTGAATCTGTAGATTTCTTTGGGTAGTATTGTCATTTGAACCATATTAAGTCTCCCAGTCCATGAATACAGGATGCCATCTCATTTCTTTAGGTCTCATCTTAGTATAGCCAGCCAGCTCTCTTTTGGTTACTACTATTTTCGTGAAATGCCTTTTTCCATCCTTTCTTTTCAGCCTACTTGTGTCTTTGGATCTAAATTTAATTTTAGAAGGCATATATTTGAATCATGTTTTTAATATCCATTCAGTCAATCTCCACCTTTAACTCGTGAGTCTAATCTATTTAAAGTGATGTTTGATAAAGACTTACTTCTGCAACTTGGCATTTTTCTTCAACATACTTTATATATTTTCCTTTAATTCCTCCGTGATATGGTTTGGCTCTGTGTCCCCACCCAAATCTCATGTGAAATTGTAACCCTCAATGTTGGAGGAGGGGC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Seq C2 exon
GGACCCGTGACATTAAAGGATGTTATTGTGGAATTCACCAAGGAAGAATGGAAGTTACTGACCCCTGCTCAGAGGACTCTGTATAAGGATGTGATGCTGGAAAACTATAGTCACCTTGTCTCAGTGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000175395:ENST00000302609:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.143 A=NA C2=0.017
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0135222=KRAB=WD(100=95.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains