MmuINT0180122 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000079509 | Zfx
Description
zinc finger protein X-linked [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:99211]
Coordinates
chrX:91347630-91368746:-
Coord C1 exon
chrX:91368407-91368746
Coord A exon
chrX:91347720-91368406
Coord C2 exon
chrX:91347630-91347719
Length
20687 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCGGTGAGT
5' ss Score
10.9
3' ss Seq
ACTGGCTTCCCTTGATTTAGGTG
3' ss Score
9.56
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GTGTTCTGGCTGATGAGAATTTAAAGGCCATGGATGAAGATGGACTTGAATTACAACAACAAGCACCAAACTCATTTTTTGATGCAACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000079509-Zfx:NM_011768:1
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.810
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: