MmuINT1024529 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000085201 | Nr6a1os
Description
nuclear receptor subfamily 6, group A, member 1, opposite strand [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:3649430]
Coordinates
chr2:38823341-38838408:+
Coord C1 exon
chr2:38823341-38823569
Coord A exon
chr2:38823570-38838268
Coord C2 exon
chr2:38838269-38838408
Length
14699 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CGGGTAAGC
5' ss Score
9.14
3' ss Seq
CTTTGTTTTCCTTATTGCAGTGA
3' ss Score
8.93
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
TGAAATGAAGCTGTGATAATGTGGTAAATATGGGGAGACACCAAGCTGTGGCTCTTGCGGACTTCAGCAGCACTGAAATGCAACACTGTGGGCTTTGGCAGCTGCATTCCGTACTCTGAAATTCTTATATCATTACTCTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000085201:ENSMUST00000151229:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
NonCoding
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types