HsaINT1023030 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000224020 | MIR181A2HG
Description
MIR181A2 host gene [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:37188]
Coordinates
chr9:124658467-124698631:+
Coord C1 exon
chr9:124658467-124658741
Coord A exon
chr9:124658742-124698244
Coord C2 exon
chr9:124698245-124698631
Length
39503 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGGGTAAGC
5' ss Score
8.84
3' ss Seq
CTACTCTGGTTTCTCTTCAGATC
3' ss Score
10.95
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
ATCATATAAATCTTTCGCCTTTTAAATCATGTATTAAAAAAAAAGAAAAAGGAAAAACAAAGATTTCTTTTAGATGCAGAATCTACCTACATTCGGCTGAAAATCAGATGGAAGAATCCACAGAGGAAAGGAAGGAAAGGCGAACTGTCCTGTGGAAAGCACAGCTGCAGGGATAGTAGAAAGTAACAGGCTCTCGATCCGTGGGAGGTGGTCACTTTGGAGGACAGATAAGTCATCCTCAGAGAACGAACACAATGAAGGAAATTCCAGCCTATTCATGTTCTCCTCTCAGGCTGTACCTCAACAAGATCCAACTGGACTTTGTGATCTCATAACCTGTCAAGGGGCCTGGCATGGAGTAGATAATAAATGTTTTTTTTAATCAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000224020:ENST00000429139:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
NonCoding
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains