MmuINT1024863 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000032172 | Olfm2
Description
olfactomedin 2 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:3045350]
Coordinates
chr9:20675574-20728229:-
Coord C1 exon
chr9:20728113-20728229
Coord A exon
chr9:20675724-20728112
Coord C2 exon
chr9:20675574-20675723
Length
52389 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAGGG
5' ss Score
9.46
3' ss Seq
CTACAGCCTTTCCTCCACAGACT
3' ss Score
7.65
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
ACTCTCTTCCAGAGCCCGGAGGAGGGCTGGCAGCTTTATACGTCAGCCCAGGCACCTGATGGCAAGTGCGTCTGCACAGCCGTGATCCCTGCGCAGAGCACCTGTGCCCGAGACGGTCGGAGCAGAGAGCTTCGGCAACTCATGGAGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000032172:ENSMUST00000034692:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.467 A=NA C2=0.053
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF123083=Noelin-1=PU(48.0=94.0)
Main Inclusion Isoform:
ENSMUST00000217198fB14018
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types