DreINT0108358 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000014053 | olfm1b
Description
olfactomedin 1b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040801-228]
Coordinates
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Coord C1 exon
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Coord A exon
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Coord C2 exon
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Length
30179 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAAGTAGGT
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Seq C1 exon
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Seq C2 exon
GTTTTACCCGCTAACCCAGAGGAGTCCTGGCAAGTGTACAGCTCGGCTCAGGACAGCGAGGGCAGATGTGTGTGTACAGTCGTGGCACCTCAGCAGACCATGTGCTCGAGAGATGCCCGCACCAAACAACTGCGCCAACTACTGGAGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000014053:ENSDART00000037265:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.065
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0081212=Ephrin=PU(7.2=36.4)
A:
NA
C2:
PF0081212=Ephrin=FE(44.1=100),PF123083=Noelin-1=PU(46.5=94.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]